我国《仲裁法》及其司法解释规定，当事人必须在仲裁协议中指定仲裁机构，否则仲裁协议将被视为无效。人民法院在审理确认仲裁协议效力的案件过程中，发现当事人在仲裁协议中有以下三种不明确的约定:
第一，仲裁机构的名称约定不准确。比如北京有两个商事仲裁机构，一个是北京仲裁委员会，一个是中国国际经济贸易仲裁委员会。但在某些案件中，双方当事人约定仲裁机构为“北京仲裁委员会”和“国际贸易仲裁委员会北京分会”，名称不准确。严格来说，这些仲裁机构是不存在的。
第二，已经商定了一些仲裁机构。如果仲裁协议规定“争议应提交北京仲裁委员会或中国国际经济贸易仲裁委员会仲裁”。
三、约定仲裁地点但不约定仲裁机构。一是规定一个相对明确的仲裁地点。如“提交朝阳区仲裁委员会管辖”、“由北京仲裁机构管辖”；另一种是简单的同意由某个地方的仲裁机构管辖。例如，仲裁协议规定仲裁机构为“贷款人所在地仲裁机构”、“提交仲裁申请的仲裁机构”、“非违约方/非违约方所在地仲裁机构”。
如何确定仲裁机构在上述仲裁条款中做出的约定是否明确，建议从以下几个方面进行处理和把握:
首先，仲裁条款采用字面解释和客观解释的方式进行解释。《仲裁法》司法解释规定，仲裁协议中约定的仲裁机构名称不准确，但能够确定具体仲裁机构的，视为已经选定仲裁机构。仲裁协议约定两个以上仲裁机构的，当事人可以选择其中一个申请仲裁；当事人未能就仲裁机构的选择达成协议的，仲裁协议无效。仲裁机构名称约定不准确，但合同解释后可以获得唯一仲裁机构的，只约定仲裁地点，但合同解释后仲裁地点所指地理范围内存在唯一仲裁机构的，视为明确约定仲裁机构。
二是调查缺陷原因，合理分配举证责任，准确理解当事人的缔约意图。法院应询问当事人，缺陷是否是由于文书错误、对仲裁机构名称理解错误，或者根本没有就仲裁机构的选择达成一致而造成的，合理分配举证责任，并进行综合认定。合同解释后，可以确定唯一的仲裁机构，主张仲裁机构协议不明确的一方应提供证据证明对仲裁机构协议有其他解释。合同解释后不能确定仲裁机构或者有两个以上仲裁机构的，主张协议明确的一方应当承担举证责任。当事人未达成补充协议，主张仲裁机构同意的一方明显未履行举证责任的，一般视为无效。
第三，要树立尊重仲裁和意思自治的司法理念，不要轻易否定仲裁条款的效力。中国社会经济正在发生深刻变化，社会矛盾的多样化要求纠纷解决方式也应有多样化的选择。仲裁是一种基于当事人意思自治的纠纷解决方式，具有自主性、灵活性、快速性和保密性等优点，在民商事领域发挥着独特的作用。仲裁条款的存在在一定程度上表明了当事人将争议提交仲裁的意愿。然而，在实践中，仲裁协议的缺陷是不可避免的。法院在处理有瑕疵的仲裁协议时，不应轻易否定仲裁条款的效力，应在司法监督的同时充分发挥支持、保障和促进仲裁的作用。
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