肿瘤细胞株 肿瘤里的基因突变数据库，你知多少？

在肿瘤研究中，经常涉及一些基因突变的研究，如KRAS基因突变和张文无突变的细胞系选择。

总之，选择突变基因和采用学科方向上合适的细胞系是一个纠结的问题，数据库的选择和利用就显得尤为重要。

下面介绍几个关于以上两个方面的数据库(基础科学研究中的临床样本数据和细胞系数据)。

首先是临床样本数据库，其中一个是国际癌症基因组联盟(ICGC)(网站:https://dcc.icgc.org/)，在这里可以查询到临床样本中你要查询的基因的突变情况。如图，打开首页快速搜索或者高级搜索。

以KRAS为例，在快速搜索中输入要查询的基因名称。

我们可以看到KRAS的摘要，一些基本信息和注释，包括涉及的反应途径和GO注释。同时，我们可以看到KRAS突变在临床样本中发挥了很大的作用，但目前还没有靶向药物。

我们可以在许多临床项目和不同的肿瘤类型中看到KRAS突变。如果有很多突变没有研究，可能有研究意义。当你下拉页面的时候，你还可以看到哪些站点突变比较多，这是很多其他数据库很难做到的。

可以看出，KRAS G12D突变最频繁。

当然这个数据库还有其他功能。例如，KRAS的胰腺癌突变最多。我们可以在高级搜索中选择胰腺癌，并检查基因。我们可以看到KRAS排名第一，继续点击最右边红色框中的光标。

我们可以看到突变和非突变生存曲线的对比，

ICGC还有其他功能，所以你可以自己探索。

第二个问题，基础科学研究中突变基因的研究一定离不开细胞，就像第一张截图文献中的细胞系选择一样，他们是怎么做到的，是一个个测序的吗？绝对不是这样。有几个数据库可以查看。

第一个，ccle(癌细胞系百科)，翻译成癌细胞百科，够牛逼的。网站:https://portals.broadinstitute.org/ccle,，里面有很多关于基因表达和癌细胞系突变的信息。主页简洁明了，哦对了，注册账号很简单。

比如像上面这篇文章，我们可以看看mRNA的表达和突变的水平，可以直接看看突变数据。

左边是KRAS突变细胞系。在下面的框中，还可以搜索你想要的细胞系是否有突变，并检查突变位点(右边的红色框)。在红框中，可以搜索突变位点，选择下一个实验需要的细胞系和突变位点。同时，CCLE还可以输入细胞系来检查基因表达谱和基因是否有突变及其突变位点。方法是相似的。例如，在主页上输入HUH7细胞系，得到下图，进一步筛选所需基因是否有突变。

还有一个数据库，COSMIC(部分癌症突变目录)，位于https://cancer.sanger.ac.uk/cell_lines.，相比CCLE，这个数据库没有CCLE完整，但是功能比CCLE多，不仅可以查询细胞，还可以查询突变基因的其他一些相关信息。主页如下

上面的红框可以直接输入基因查看基因相关信息，下面的红框可以查看细胞系(只有一部分，没有CCLE完整)。

基因是KRAS，细胞系是HUH7。

你可以从指南中看到很多信息。继续选择细胞系，

进入后，你可以看到这个细胞系的基本信息，以及circos图和突变基因。你可以搜索想要的基因，看看是否有突变。

当然以上数据库还有其他功能，有兴趣可以自己去探索。希望对大家有帮助，谢谢！