今天有人问我，两个公司一批样品排序后，如何合并OTU表进行后续分析。
这个问题之前有几个人问过，现在好像很多人都遇到过这个问题。本文就简单回答一下，给出我的建议。
首先，不管是不是同一个测序公司，其实没有两个OTU表可以直接合并！原因很简单:两个OTU表中的每个OTU不一定对应一个物种。涉及几个因素:
1.嵌合体的识别和去除在每次操作中都会有细微的差异。
2.因为Uparse算法本身相对松散，所以从每次运行中获得的OTU表会略有不同。剩下的算法都差不多。
3.每个OTU的代表性序列的选择可能不同。
这导致相同的fasta文件运行两次，结果不会完全相同，数据量越大，差异越大。
所以直接合并OTU表是没有意义的，需要先和公司合并两次fasta文件，才能得到OTU。
建议
可能一批数据在公司测试过几次。我的建议是不要结合fasta文件来获取OTU进行分析。
首先要做的是检查不同批次之间是否有较大差异。
可以分组不同批次，先做PCA或DCA，看看批次是否明显分离。
如果分离明显，说明样品本身可能发生了变化；或者公司的数据库建设、测序平台等因素对结果有很大影响。测序结果必须谨慎使用！
建议再测试一下~
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