blastp 序列比对

BLAST是BasicLocalAlignmentSearchTool的首字母缩略词，它实际上是一个基本的本地比较搜索工具。BLAST的基本原理很简单，重点是片段对的概念。片段对是指两个给定序列中的一对子序列，它们具有相同的长度，并且可以在没有空位的情况下形成完美匹配。

BLAST实际上是一组工具的统称，它不仅可以用来直接搜索蛋白质序列数据库和核酸序列数据库，还可以将搜索到的核酸序列翻译成蛋白质序列再进行搜索，反之亦然，以提高搜索效率(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)

把… 分类

比对

用蛋白质序列搜索蛋白质序列数据库

同源性

用核酸序列搜索核酸序列数据库

氨基酸

根据六条链将核酸序列翻译成蛋白质序列后，搜索蛋白质序列数据库

Tblastn

用蛋白质序列搜索核酸序列数据库。数据库中的核酸序列在搜索前要按照六条链翻译成蛋白质序列。

Tblastx

根据六条链将核酸序列翻译成蛋白质序列后，搜索核酸序列数据库，然后根据六条链将核酸序列翻译成蛋白质序列后，搜索核酸序列数据库。

按照搜索算法可以分为标准BLAST、PSI-BLAST、PHI-BLAST等。

一个

防扩散安全倡议

标准BLAST为了提高速度，牺牲了一定程度的准确性，牺牲的准确性不会对高度相似的序列，即亲缘关系较近的序列构成威胁，也不会掉。但是对于那些只有一点点相似的序列，也就是距离较远的来源，就有点麻烦了，而且很有可能被BLAST发现而被丢弃。

要解决这个问题，可以用PSI-BLAST。PSI是PositionSpecificIterated的缩写，中文是position specific iterated。PSI-BLAST的特点是一次又一次的搜索，从第二次搜索开始，在每次搜索之前，利用上一次搜索的结果创建一个特定位置的权重矩阵，以扩大本次搜索的范围。这样重复，直到没有新的结果产生。

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PHI-BLAST

PHI-BLAST不同于PSI-BLAST。PSI-BLAST是网络搜索，PHI-BLAST是精准搜索。PHI是Pattern-Hit Initiated的缩写，中文是模式识别。PHI-BLAST可以找到与输入序列相似且符合一定特征模式的蛋白质序列。模式是对特征的描述。

例如，N个糖基化位点的序列符合这样一种特定的模式:糖基化天冬酰胺后面必须跟一个除脯氨酸以外的氨基酸，然后是丝氨酸或苏氨酸，然后是一个除脯氨酸以外的氨基酸。

具体的模式可以用正则表达式来表示。所谓正则表达式，就是这句话的一种简单规范的文字写法。当N糖基化发生的位点序列符合特定模式时，正则表达式为N{P}[ST]{P}。

其中n是天冬酰胺，p是脯氨酸，s是丝氨酸，t是苏氨酸。{}代表括号中的氨基酸以外的任何氨基酸，[]代表括号中的任何氨基酸。知道了这些符号的含义，这个正则表达式就很好读了。PHI-BLAST可以根据给定的正则表达式对搜索到的相似序列进行模式匹配，符合正则表达式的将作为结果输出。

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三

SMART-BLAST

SMART-BLAST是标准BLAST的简单和增强版本。操作极其简单，简单到只需要输入序列。

SMART-BLAST操作简单，但是返回的结果不简单(下)。它包括三个与数据库中的输入序列最相似的序列，以及两个相似的序列，这两个序列可以显示在最彻底研究的物种之间的某种进化关系。图中黄色是你输入的序列，绿色是你在研究的最佳模式物种中输入的序列相似的序列。也直接给出了这三个序列的进化树。总之，SMART-BLAST可以帮助你从很多结果中选择你最想要的。如果你懒，或者不知所措，可以试试这个巧妙的BLAST。