长江鱼是四大鱼类的基因库。与上个世纪丰富的鱼类资源相比，基因库面临资源短缺。
根据农业和农村事务部长江流域渔政监督管理办公室(以下简称“长江办”)向《中国新闻周刊》提供的资料，长江作为世界上生物多样性最丰富的河流之一，分布着4300多种水生生物，鱼类424种，其中长江特有的有170多种。
青鱼、草鱼、鲢鱼、鳙鱼曾是长江最经济的鱼类，但现在繁殖数量越来越少，不到20世纪60年代的10%。野生种群的减少会带来长期的隐患。目前，我国93.78%的淡水产品是由淡水养殖的，这些养殖的鱼类有一半以上是人们经常食用的四大鱼类。
除了家养鱼类，珍贵鱼类的种类也在减少。2012年，江豚种群下降率从6.5%上升到13.7%。如果按这个速度计算，长江干流最早15年可能没有江豚。
除了江豚，其他稀有物种也不能幸免。长江办公室告诉《中国新闻周刊》，中华鲟和长江鲟已经多年未见，鲭鱼在2007年被宣布功能性灭绝。中华鲟数量锐减，野生河鲷数量极少。旗鱼的价格一度被提高到每斤8000多元的天价。长江上游受威胁的鱼类有79种，居中国主要河流之首。
长江里没有鱼虽然《中华人民共和国渔业法》明确规定禁止使用鱼、毒鱼、电鱼等破坏渔业资源的方法进行捕捞，甚至会因在捕捞季节使用电鱼追究刑事责任，但电鱼和“摇头丸”(“摇头丸”)是另一种非法捕捞方法。渔民们在水下撒开长长的渔网，网的网孔极小，所以长达2厘米的小鱼小虾也不能幸免。鱼一旦被挡住进网，就沿着网疾走，遇到预设的网兜就钻进去，逃不掉，不管大小，都被网住了。).
长江办公室的詹告诉中国新闻周刊，长江里的鱼越来越少，但是渔民的数量正在增加。没有渔网，没有电钓，很难捕鱼，更难喂船。对此，自2006年起，长江办的曹文轩就呼吁在长江流域全面禁渔10年。以四大鱼类为代表，长江主要经济鱼类有性成熟3-4年，关闭10年，繁殖2-3代。“再加上对捕捞的控制，尤其是电鱼捕捞，可能会恢复长江的渔业资源，至少会持续增加产蛋量。”曹文轩告诉中国新闻周刊。
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