气候上，横断山脉受高空西风环流、印度洋和太平洋季风环流的影响。冬季干燥，夏季多雨，尤其是干湿季节。雨季一般在5月中旬至10月中旬，降水量占全年的85%以上，很多地区超过90%，主要集中在6、7、8月份。旱季为次年10月中旬至5月中旬，雨量少，日照长，蒸发量大，空风干。
横断山脉的气候有明显的垂直变化。高原年平均气温14 ~ 16℃，冷岳最高6 ~ 9℃，河谷年平均气温20℃以上。南北向的山体阻挡了西部水汽的进入，如高黎贡山东坡的宝山，年降水量903 mm，年相对湿度70%，西坡的龙陵，年降水量2595 mm，年相对湿度83%。
横断山区的植被和土壤因气候和地形而异，可分为:1 .边缘热带季风森林-红壤带。2.亚热带常绿阔叶林-红壤、黄壤带。3.暖温带和温带针叶林-棕壤和棕壤带。4.寒温带亚高山森林草甸-暗褐色土壤和亚高山草甸土壤带。“十里不同日”是指垂直方向不同高度的不同气候类型。气候类型的不同造就了所谓的“一山四季”。
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