昌吉职业技术学院新校区位于昌吉国家高新产业开发区，占地853.8亩，距离昌吉市飞马转盘25千米，建筑面积24.3万平方米，计划投资概算5.83亿元。其中，教学楼建筑面积11.9万平方米，内设教室364间，实训室180间，可满足15000名学生理论教学和实习、实训需求。新校区包括12栋教学楼和图书馆，9.1万平米的生活区。该校新校区将利用地缘优势，积极与高新产业开发区的百余家企业对接，做到校企零距离，为学生就业奠定良好的基础。新校区在2012年年底开工建设，2014年9月正式投入使用。
占地面积新校区的计划目标是：高出发点、高标准，富有高等职业教育特点的校园环境和建筑风格，努力体现完善的功能布局、独特的空间结构、良好的生态环境、现代化的高等职业技术学院。
2013年11月昌吉职业技术学院、昌吉卫生学校、昌吉中等职业技术学校3校整合，3校整合后组建新的昌吉职业技术学院，保存昌吉卫校、昌吉中等职业技术学校、昌吉技师培训学院的牌子，待昌吉职业技术学院新校区竣工后，统1迁至新校区内。
计划目标昌吉职业技术学院主要开设制造类、土建类、计算机类、电子信息类、财经类、医学类等8类41个专业，在校生近万名，招生范围触及全国多个省区。近5年毕业生平均就业率达98%以上，连续5年就业率居全疆高校前列。
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