输给拜仁后，胡亚尼托离开皇马10年，而拉特科告别了教练生涯。而不是他们，是著名的舒斯特尔和海因克斯。
1987年夏天，皇马引进巴萨中场舒斯特尔，德国天才挤掉了胡亚尼托。然而，门星青年队教练海因克斯接替了拉特克，开始了他作为拜仁教练的第一个职业生涯。
欧冠四分之一决赛，两队再次相遇。拜仁依然是第一个领先，第一轮仅仅47分钟，拜仁又以3-0领先。似乎去年发生的一切都在重演。这时，被誉为“德国天才”的舒斯特尔站了起来，皇马在第88分钟和第90分钟各进两球，也为第二轮奠定了基础。然而，在第90分钟的进球中，尽管拜仁球员多尔夫尼受伤，马丁·瓦兹奎还是摔倒在地上，并发动了快攻，这引起了很大的争议。
下一回合回到伯纳乌后，拜仁变得无力反击。皇马2-0轻松获胜，最终复仇成功。
1999/00赛季小组赛:matthaeus的礼物是“8-3”
皇家马德里队列队向马特乌斯致敬
1999年，世界上最著名的足球是“黑色三分钟”。当时拜仁“老爷车”最强最弱的就是传说中的双中后卫队伍matthaeus加上队长赫尔默。最弱的原因是他们的体力因为年龄原因难以支撑90分钟。但拜仁输给曼联后并没有倒下，而是迅速重振雄风，重新招回了欧洲。
当时皇马正在卷土重来。1998年，在亨氏的带领下，32年后再次夺得欧冠冠军。上届冠军和上届亚军的这场比赛也是欧冠历史上两支球队唯一的小组赛。
观众喊道:再见，洛萨
但是对于拜仁来说，这场比赛有更重要的意义，那就是matthaeus的告别战！作为足球史上最著名的常青树，马休在20岁至40岁期间保持着世界顶级水平，被迭戈·马拉多纳誉为人生唯一的敌人。欧冠奖杯是他这辈子唯一没碰过的梦。经过两轮小组赛，matthaeus将前往美国告别欧洲足球。
在第一场客场作战中，拜仁以4-2发挥了强大的反客作用。回到慕尼黑奥林匹克体育场，拜仁凭借索伊尔、埃尔伯和齐格勒的进球以4-1击败皇家马德里，与1987年的比分持平。
Matthaeus含泪告别，但篝火还在继续，两队近期还会遭遇。
1999/00赛季半决赛:阿内尔卡的天才表现
阿内尔卡瞬间破门
1999年，皇马并没有改朝换代，依然是金沙的总裁。那年夏天，皇马引进阿森纳天才前锋阿内尔卡，位居足坛第二，但阿内尔卡整个赛季几乎没有进球。欧冠半决赛，由于球队受伤，博斯克给了阿内尔卡一个证明自己的机会。可能连博斯克都没想到，这个无法融入西甲的天才会成为他的救命稻草。
这一次，皇马领先客队。第一轮，正是因为阿内尔卡的进球和耶雷米亚斯的进球，皇马2-0获胜。
下一轮来到奥林匹克体育场，开场只有12分钟。高中锋伊恩克尔为拜仁率先进球，让全队看到了晋级的曙光。拜仁发动了无差别攻击。当皇马不堪压力的时候，又是阿内尔卡。正是他在第31分钟的进球让拜仁不得不再进三个球才能晋级。尽管埃尔伯在下半场为拜仁又进了一球，但他没能创造奇迹。
那个赛季拜仁4战3胜击败皇马，最后倒在皇马脚下。这是足球。
2000/01赛季半决赛:穿越皇马的梦想
仅仅一年后，两队又相遇了，还是欧冠半决赛，还是皇马！
哪里跌倒了，就要站起来，尤其是两队。在这段“恩怨史”中，似乎你总会来来去去，一个接一个。这一次，拜仁不会重蹈去年的覆辙。第一回合埃芬伯格的停赛给比赛蒙上了阴影，但埃尔伯的唯一进球为拜仁带来了宝贵的客场胜利。不过这场比赛的最佳球员是当时世界第一门将，以及欧冠第一次带上队长袖标的拜仁门将卡恩。是他一次又一次的坚持和反抗，让菲戈、劳尔、麦克马纳曼的投篮都失败了。
耶雷米亚斯破门而入
在奥林匹克体育场的下一轮比赛中，一场史诗般的比赛如期而至。这是一个让人永生难忘的疯狂游戏。或者埃尔伯，前8分钟帮助拜仁进球，但仅仅10分钟后，菲戈就帮助皇马扳平比分。如果皇马再进一球，他们就连续两个赛季进入欧冠决赛了。双方展开了一场小心翼翼的拉锯战，这次终结者换成了杰里梅斯，他在上赛季的铁腰比赛中丢了乌龙球，完成了自我救赎。禁区弧线远射为拜仁锁定胜局，帮助球队挺进决赛。
那个赛季，拜仁终于通过点球大战击败了瓦伦西亚，时隔25年再次夺得欧冠冠军。
2001/02四分之一决赛:齐达内击败埃芬伯格
埃芬伯格滑动铲齐达内
路很窄。改变卫冕冠军的身份后，两队再次相遇。旧战车旧了一年，新战舰升级了它的部件。
这两个赛季的绝对优势给了拜仁很大的心理优势，但是在01/02赛季，拜仁在联赛中被多特蒙德带走，球员的老状态开始逐渐显现。
在齐达内的带领下，皇马一路胜利，而难以被击败的埃芬伯格依然努力挽回一切。这次欧冠四分之一决赛，皇马领先客队。第一轮，格雷米在第11分钟为皇马攻入一球，帮助皇马成功拿下客场进球。之后双方又开始了拉锯战。坐在主场的拜仁直到第82分钟才被埃芬伯格扳平，点燃了气势。皮萨罗在第88分钟的进球帮助拜仁赢得了首轮比赛。
一周后，他来到伯纳乌，齐达内展示了他作为组织者的才华。赫尔格拉的进球让拜仁陷入绝境。但由于两队过于熟悉，双方前锋都很难进球。拜仁大反击时，小将古蒂抓住机会，在第85分钟又进一球，最终以惊心动魄的3-2总比分淘汰拜仁。
那个赛季，皇马最终凭借齐达内的飞仙击败了勒沃库森，获得了俱乐部历史上第九座欧冠奖杯。
2003/04赛季八强:银河战舰
两年后，两队在欧冠四分之一决赛再次相遇。此时，尽管皇马头重脚轻，但它有七位巨星，星光熠熠。c罗、齐达内、劳尔、贝克汉姆、菲戈、卡洛斯、卡西利亚斯的名字足以入选足坛。但是，在拜仁慕尼黑连续两年无缘德甲冠军之后，球队的新核心球员巴拉克总是让人觉得他是一个人。
但是，即使一直在走下坡路，处于低谷，拜仁也从来没有惧怕过自己的老对手皇马。在这场一边倒的较量中，拜仁领先，第一轮坐镇主场的拜仁以新前锋马凯第75分钟的进球领先。然而，8分钟后，30米外卡洛斯的任意球冲破了卡恩把守的大门。对于那个低级错误，狮子王卡恩还是有愧疚感的。
拜仁在下一轮来到伯纳乌的时候，表现出了血腥和顽强的坚持，但是依然无法阻挡皇马的进攻。这次是齐达内，他打进了帮助皇马击败拜仁的唯一进球。
那个赛季的两支球队可能什么都没想到，接下来的几年将是他们最低谷的时候。赛季结束后，拜仁主帅希茨菲尔德宣布告别。皇马主帅博斯克一个赛季前下课后，一个时代正式结束。
2006/07赛季16强:10.2秒
三年后，欧洲德比再次上演。当时两队都不再是热门球队，但同样的事情是拜仁主帅换成了临时接手扑火的希茨菲尔德。
虽然2006年在黑暗中给德国足球带来了新的曙光，但是拜仁的现状却没有办法改变。安联球场的巨额债务，每个赛季的低投入，一个互不相连的球队，巴拉克的离开。一切，让人看不到拜仁晋级的希望。皇马也是处境不好，银河战舰计划失败，联赛连败不佳，重建之路漫长。但是，这场看似无味的遭遇，依然达到了欧洲德比应有的水平。
皇马第一轮主场作战，拜仁上半场梦游般全阵型，贝克汉姆的帽子戏法帮助劳尔、赫尔格拉和鲁德·范·尼斯特鲁伊先后进球，皇马上半场3-0领先。下半场情况突然改变，巴西队长卢西奥头球破门。结束前，范博梅尔向下一个城市进行了一次突破性的远射。后者的开伞庆祝成为了拜仁球迷心中永恒的经典，以至于当他们成为拜仁历史上第一位外籍队长时，球迷们都称他为“伞主”。
