万能转换:R图和统计表将转换为发布级Word、PPT、Excel、HTML、Latex、矢量图等。
R包export可以轻松地将R绘制的图形和统计表输出到Microsoft Office (Word、PowerPoint和Excel)、HTML和Latex,其质量可用于直接发布。
在你和PPT高手之间,iSlideExcel改变了你的基因名称,30%的相关Nature句子受到了影响,NCBI也受到了影响。
特征
使用命令,可以将交互式R或ggplot2、Lattice或base R图表保存为Microsoft Word、Powerpoint或其他多种位图或矢量格式。完全可编辑的Powerpoint向量格式输出,支持绘图布局的手动清除。以Excel、Word、PowerPoint、Latex或HTML文档的表格格式保存统计分析的输出。r自定义输出格式。安装
导出包可以在Windows、Ubuntu和Mac上跨平台运行。但是,某些Mac发行版默认未安装cairo设备,因此必须手动安装。如果Mac用户安装了XQuartz,则此问题将得到解决,并且免费提供。
正式CRAN发布(不可用)
In('export ')
从Github安装(建议使用
In('officer ')
In('rvg ')
in(“openxlsx”)
In('ggplot2 ')
In('flextable ')
In('xtable ')
In('rgl ')
In('stargazer ')
In('tikzDevice ')
In('xml2 ')
in(“broom”)
In('devtools ')
dev tools :3360 install _ gith ub(' tomwen selers/export ')
软件包主要包括以下转换
graph 2 bitmap graph 2 office graph 2 vector Rgl 2 bitmap转换3D图片table 2 office table 2 spread sheet table 2 tex graph 2 bitmap 3360将当前r图片保存到BMP文件graph2png:
Graph2位图(x=null,file=' RP lot ',fun=null,type=c ('png ',' jpg ',' TIF ')
Aspectr=null,width=null,height=null,dpi=300,scaling=100,
font=if else()[' sysname ']=' windows ',' arial ',
Helvetica ')[1],BG=' white ',cairo=true,
Tiff compression=c ('lzw '、' RLE '、' JPEG '、' zip '、' lzw p '、' zip ')、
Jpegquality=99,……。)。
Aspectr:期待纵横比。如果设置为Null,则使用图形设备的纵横比。宽度:所需宽度(英寸);可以与所需纵横比aspectr组合使用。高度:所需高度(英寸);可以与所需纵横比aspectr组合使用。Scaling:可调整宽度和高度的比例。Font: PNG和TIFF输出中标签所需的字体:Windows系统的默认值为Arial,其他系统的默认值为Helvetica。Bg:所需的背景颜色(例如白色或透明)。指定是否使用Cairographics导出的cairo:逻辑。TIFfcompression:用于压缩TIF文件。Jpegquality: JPEG压缩的质量。准备开始
安装Export程序包后,首先调用它
利维
ary(export)用ggplot2绘图
library(ggplot2) library(datasets)
x=qplo, Pe, data = iris, color = Species, size = Pe, alpha = I))
qplot()的意思是快速作图,利用它可以很方便的创建各种复杂的图形,其他系统需要好几行代码才能解决的问题,用qplot只需要一行就能完成。
使用半透明的颜色可以有效减少图形元素重叠的现象,要创建半透明的颜色,可以使用alpha图形属性,其值从0(完全透明)到1(完全不透明)。更多ggplot2绘图见ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色) (往期教程更有很多生物信息相关的例子)。
鸢尾花(iris)是数据挖掘常用到的一个数据集,包含150个鸢尾花的信息,每50个取自三个鸢尾花种之一(setosa,versicolour或virginica)。每个花的特征用下面的5种属性描述萼片长度)、萼片宽度)、花瓣长度(Pe)、花瓣宽度(Pe)、类(Species)。
在console里展示数据图 (长宽比自己调节):
导出图形对象
# 需运行上面的ggplot2绘图 # Create a file name # 程序会自动加后缀 filen <- "output_filename" # or # filen <- paste("YOUR_DIR/ggplot") # There are 3 ways to use graph2bitmap(): ### 1. Pass the plot as an object graph2png(x=x, file=filen, dpi=400, height = 5, aspectr=4) graph2tif(x=x, file=filen, dpi=400, height = 5, aspectr=4) graph2jpg(x=x, file=filen, dpi=400, height = 5, aspectr=4)
导出当前绘图窗口展示的图
### 2. Get the plot from current screen device # 注意这个x,是运行命令,展示图像 x graph2png(file=filen, dpi=400, height = 5, aspectr=4) graph2tif(file=filen, dpi=400, height = 5, aspectr=4) graph2jpg(file=filen, dpi=400, height = 5, aspectr=4)
导出自定义函数输出的一组图
### 3. Pass the plot as a functio <- function(){ print(qplo, Pe, data = iris, color = Species, size = Pe, alpha = 0.7)) } graph2png(file=filen, fun=, dpi=400, height = 5, aspectr=4) graph2tif(file=filen, fun=, dpi=400, height = 5, aspectr=4) graph2jpg(file=filen, fun=, dpi=400, height = 5, aspectr=4)
转换后的图形:
与Office系列的交互
大部分图的细节修改都是用代码完成的,不需要后续的修饰;但如果某一些修改比较特异,不具有程序的通用性特征,或实现起来比较困难,就可以考虑后期修改。比如用AI文章用图的修改和排版。熟悉PPT的,也可以用PPT,这时R的图导出PPT,就要用到graph2office系列函数了。
graph2ppt: 将当前R图保存到Microsoft Office PowerPoint/LibreOffice Impress演示文稿中。
graph2doc:将当前的R图保存到Microsoft Office Word/LibreOffice Writer文档中。
函数参数展示和解释
graph2office(x = NULL, file = "Rplot", fun = NULL, type = c("PPT", "DOC"), append = FALSE, aspectr = NULL, width = NULL, height = NULL,scaling = 100, paper = "auto", orient = ifelse(type[1] == "PPT","landscape", "auto"), margins = c(top = 0.5, right = 0.5, bottom = 0.5, left= 0.5), center = TRUE, offx = 1, offy = 1, upscale = FALSE, vec = TRUE, ...)
- margins: 预设留白边距向量。
- paper: 纸张尺寸——“A5”至“A1”用于Powerpoint导出,或“A5”至“A3”用于Word输出;默认“auto”自动选择适合您的图形的纸张大小。如果图太大,无法在给定的纸张大小上显示,则按比例缩小。
- orient: 所需的纸张方向-“自动”,“纵向”或“横向”; Word输出默认为“自动”,Powerpoint默认为“横向”。
- vec: 指定是否以可编辑的向量DrawingML格式输出。默认值为TRUE,在这种情况下,编辑Powerpoint或Word中的图形时,可以先对图形元素进行分组。如果设置为FALSE,则将该图以300 dpi的分辨率栅格化为PNG位图格式。(栅(shān)格化,是PS中的一个专业术语,栅格即像素,栅格化即将矢量图形转化为位图。)
同样有3种导出方式
# 需运行上面的ggplot2绘图 # Create a file name filen <- "output_filename" # or # filen <- paste("YOUR_DIR/ggplot") # There are 3 ways to use graph2office(): ### 1. Pass the plot as an object # 导出图形对象 graph2ppt(x=x, file=filen) graph2doc(x=x, file=filen, aspectr=0.5) ### 2. Get the plot from current screen device # 导出当前预览窗口呈现的图 x graph2ppt(file=filen, width=9, aspectr=2, append = TRUE) graph2doc(file=filen, aspectr=1.7, append =TRUE) ### 3. Pass the plot as a function # 导出自定义函数输出的一系列图 graph2ppt(fun=, file=filen, aspectr=0.5, append = TRUE) graph2doc(fun=, file=filen, aspectr=0.5, append = TRUE)
导出到office(ppt和word)中的图形,是可编辑的:
其它导出到ppt的例子(设置长宽比)
graph2ppt(file="gg;, aspectr=1.7)
增加第二张同样的图,9英寸宽和A4长宽比的幻灯片 (append=T,追加)
graph2ppt(file="gg;, width=9, aspectr=sqrt(2), append=TRUE)
添加相同图形的第三张幻灯片,宽度和高度固定
graph2ppt(file="gg;, width=6, height=5, append=TRUE)
禁用矢量化图像导出
graph2ppt(x=x, file=filen, vec=FALSE, width=9, aspectr=sqrt(2), append = TRUE)
用图填满幻灯片
graph2ppt(x=x, file=filen, margins=0, upscale=TRUE, append=TRUE)
输出矢量图
- graph2svg: 将当前的R图保存为SVG格式
- graph2pdf: 将当前的R图保存为PDF格式
- graph2eps: 将当前的R图保存为EPS格式
函数参数解释
graph2vector(x = NULL, file = "Rplot", fun = NULL, type = "SVG",aspectr = NULL, width = NULL, height = NULL, scaling = 100, font = ifelse()["sysname"] == "Windows", "Arial","Helvetica")[[1]], bg = "white", colormodel = "rgb", cairo = TRUE,fallback_resolution = 600, ...)
- fallback_resolution: dpi中的分辨率用于栅格化不支持的矢量图形。
#需运行上面的ggplot2绘图 # Create a file name filen <- "output_filename" # or # filen <- paste("YOUR_DIR/ggplot") # There are 3 ways to use graph2vector(): ### 1. Pass the plot as an object # 导出图形对象 graph2svg(x=x, file=filen, aspectr=2, font = "Times New Roman", height = 5, bg = "white") graph2pdf(x=x, file=filen, aspectr=2, font = "Arial", height = 5, bg = "transparent") graph2eps(x=x, file=filen, aspectr=2, font = "Arial", height = 5, bg = "transparent") # 导出当前预览窗口呈现的图 ### 2. Get the plot from current screen device x graph2svg(file=filen, aspectr=2, font = "Arial", height = 5, bg = "transparent") graph2pdf(file=filen, aspectr=2, font = "Times New Roman", height = 5, bg = "white") graph2eps(file=filen, aspectr=2, font = "Times New Roman", height = 5, bg = "white") # 导出自定义函数输出的一系列图 ### 3. Pass the plot as a function graph2svg(file=filen, fun = , aspectr=2, font = "Arial", height = 5, bg = "transparent") graph2pdf(file=filen, fun=, aspectr=2, font = "Arial", height = 5, bg = "transparent") graph2eps(file=filen, fun=, aspectr=2, font = "Arial", height = 5, bg = "transparent")
转换3D图形
rgl2png: 将当前的rgl 3D图形保存为PNG格式。
rgl2bitmap(file = "Rplot", type = c("PNG"))
# Create a file name filen <- tempfile("rgl") # or # filen <- paste("YOUR_DIR/rgl") # Generate a 3D plot using 'rgl' x = y = seq(-10, 10, length = 20) z = outer(x, y, function(x, y) x^2 + y^2) rgl::persp3d(x, y, z, col = 'lightblue') # Save the plot as a png rgl2png(file = filen) # Note that omitting 'file' will save in current directory
生成的3D图形:
将生成的3D图形保存为PNG格式:
输出统计结果到表格 table2spreadsheet
- table2excel: 导出统计输出到Microsoft Office Excel/ LibreOffice Calc电子表格中的一个表.
- table2csv:将统计输出以CSV格式导出到表中(“,”表示值分隔,“。”表示小数)
- table2csv2: 将统计输出以CSV格式导出到表中(“;”表示值分隔,”,”表示小数)
table2spreadsheet(x = NULL, file = "Rtable", type = c("XLS", "CSV", "CSV2"), append = FALSE, sheetName = "new sheet", digits = 2, digitspvals = 2, = TRUE, add.rownames = FALSE, ...)
- sheetName: 一个字符串,给出创建的新工作表的名称(仅针对type==”XLS”)。它必须是惟一的(不区分大小写),不受文件中任何现有工作表名称的影响。
- digits:除具有p值的列外,要显示所有列的有效位数的数目。
- digitspvals:具有p值的列要显示的有效位数的数目。
# Create a file name filen <- "table_aov" # or # filen <- paste("YOUR_DIR/table_aov") # Generate ANOVA output fit=aov(yield ~ block + N * P + K, data = npk) # 'npk' dataset from base 'datasets' x=summary(fit) # Save ANOVA table as a CSV ### Option 1: pass output as object # 输出对象 table2csv(x=x,file=filen, digits = 1, digitspvals = 3, add.rownames=TRUE) # 屏幕输出导出到文件 ### Option 2: get output from console summary(fit) table2csv(file=filen, digits = 2, digitspvals = 4, add.rownames=TRUE) # Save ANOVA table as an Excel # Without formatting of the worksheet x table2excel(file=filen, sheetName="aov_noformatting", digits = 1, digitspvals = 3, add.rownames=TRUE) # 更多参数 # With formatting of the worksheet table2excel(x=x,file=filen, sheetName="aov_formated", append = TRUE, add.rownames=TRUE, fontName="Arial", fontSize = 14, fontColour = rgb), border=c("top", "bottom"), fgFill = rgb), halign = "center", valign = "center", textDecoration="italic")
原始数据的表格:
转换格式之后的,在console中的数据:
文件(csv和excel)中表格数据:
导出为Word中的表,再也不用复制粘贴调格式了 table2office
table2ppt: 导出统计输出到Microsoft Office PowerPoint/ LibreOffice Impress演示文稿中的表
table2doc: 将统计输出导出到Microsoft Office Word/ LibreOffice Writer文档中的表
table2office(x = NULL, file = "Rtable", type = c("PPT", "DOC"), append = FALSE, digits = 2, digitspvals = 2, = TRUE, width = NULL, height = NULL, offx = 1, offy = 1, font = ifelse()["sysname"] == "Windows", "Arial", "Helvetica")[[1]], pointsize = 12, add.rownames = FALSE)
# Create a file name filen <- "table_aov" # filen <- paste("YOUR_DIR/table_aov") # Generate ANOVA output fit=aov(yield ~ block + N * P + K, data = npk) # 'npk' dataset from base 'datasets' # Save ANOVA table as a PPT ### Option 1: pass output as object x=summary(fit) table2ppt(x=x,file=filen, digits = 1, digitspvals = 3, add.rownames =TRUE) ### Option 2: get output from console summary(fit) table2ppt(x=x,file=filen, width=5, font="Times New Roman", pointsize=14, digits=4, digitspvals=1, append=TRUE, add.rownames =TRUE) # append table to previous slide # Save ANOVA table as a DOC file table2doc(x=x,file=filen, digits = 1, digitspvals = 3, add.rownames =TRUE) summary(fit) table2doc(file=filen, width=3.5, font="Times New Roman", pointsize=14, digits=4, digitspvals=1, append=TRUE, add.rownames =TRUE) # append table at end of document
将表格数据导出到ppt和word中:
table2tex
table2html: 导出统计输出到HTML表。
table2tex(x = NULL, file = "Rtable", type = "TEX", digits = 2, digitspvals = 2, = TRUE, summary = FALSE, standAlone = TRUE, add.rownames = FALSE, ...)
summary:是否汇总数据文件。
standAlone:导出的Latex代码应该是独立可编译的,还是应该粘贴到另一个文档中。
add.rownames:是否应该将行名添加到表中(在第一列之前插入一列)。
# Create a file name filen <- tempfile(pattern = "table_aov") # or # filen <- paste("YOUR_DIR/table_aov") # Generate ANOVA output fit=aov(yield ~ block + N * P + K, data = npk) # 'npk' dataset from base 'datasets' x=summary(fit) # Export to Latex in standAlone format table2tex(x=x,file=filen,add.rownames = TRUE) # Export to Latex to paste in tex document summary(fit) # get output from the console table2tex(file=filen, standAlone = FALSE,add.rownames = TRUE) # Export to HTML table2html(x=x,file=filen) # or summary(fit) # get output from the console table2html(file=filen,add.rownames = TRUE)
导出到html或tex中的表格数据:
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