Shell是什么?

shell本身是一个命令解释器,介于操作系统的内核(kernel)和用户之间,可以执行系统调用及系统命令等,让用户以此来与操作系统实现互动。同时,它也用来指一种计算机程序语言(类似于C、Python等)。一个shell程序一般被称为一个脚本。

Shell语言的流派

目前,shell主要有两大流派:

sh:

burne shell (sh) burne again shell (bash)

csh:

c shell (csh) tc shell (tcsh) korn shell (ksh)

目前,大部分linux系统预设的shell都是bash。

Shell 编程概述

在 Linux 下有一门脚本语言叫做:Shell 脚本,这个脚本语言可以帮助我们简化很多工作,例如批量运行一些命令等,所以还是很有必要学习它的基本用法的,一个简单的 hello.sh 脚本像下面这样。

#!/bin/bash echo "Hello World!"

第一行 #!/bin/bash 标识该 Shell 脚本由哪个 Shell 解释:/bin/bash。将上面的两行内容写到文件hello.sh中,就可以执行了:

执行shell脚本方法1:

#这样可以省略第一行的:#!/bin/bashsh ./hello.sh

执行shell脚本方法2:赋予权限才可以执行:

# 赋予可执行权限chmod a+x hello.sh# 执行 文件的第一行必须指定执行shell的路径:#!/bin/bash./hello.sh# 结果Hello World!

Shell 变量

Shell 变量分为 3 种:

用户自定义变量预定义变量环境变量

定义变量需要注意下面 2 点:

等号前后不要有空格:NUM=10一般变量名用大写:M=1

使用 $ 符号调用变量,例如:

VAR="Hello Shell!"echo $VAR

注意:变量定义直接给变量取名字,变量值如果字符串中有空格等特殊字符需要用引号引起来,这样VAR变量中存储了一个字符串,再次调用变量的值需要加符号:$VAR

1. 用户自定义变量

支持字符串类型,浮点等类型,常见有这 3 个前缀:

unset:删除变量readonly:标记只读变量export:指定全局变量

一个例子:

执行./hello.sh 1 2 3 4 5 的结果:

运行结果:

2. for 循环

这是一个 for 循环基本使用例子,挺简单的,有点类似 Python:

3. while 循环

注意与 for 循环的区别:

运行结果:

shell命令应用:

其实我们打开的linux的终端也是一个shell,上面很多命令不用存到文件中也可以直接在终端运行;下面举例shell编程的运用;

1.利用循环批量生成命令,分别存储到不同的文件:

#注意:命令写成一行的时候用 ; 分隔不同语句块。for i in xaa xab xac xad xae xaf xag xah xai xaj xak xal xam xan;do echo "perl /share/work/huangls/piplines/01.script/kegg_update_get_anno.pl $i $i.anno $i.fa" >$i.sh;done

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