曹魏皇室在皇帝宗庙制度上采用郑玄“一祖二祧四亲庙”的七庙模式，司马氏篡魏之后，则采用和郑玄争执的王肃学说，依据王肃“一祖六亲庙”的七庙模式确定皇帝宗庙制度，不论郑说还是王说，都是认同七庙制度，区别在于二祧、四亲与六亲。
1，晋朝弃郑纳王的原因
首先解释一下，在郑、王经学之争中，司马氏屏弃郑玄学说而采纳王肃学说的三点原因：
- 其一：曹氏尊崇郑玄之说，司马氏篡魏后，为了表示变革曹魏旧制，必然不能继续采用郑玄之说，转而采用王肃之说。
- 其二：王肃是司马昭的岳父，司马炎的外祖父，有这样亲密的联姻关系，司马氏必定要支持王肃学说。
- 其三：因为曹魏不知道凝聚宗室力量，对亲骨肉多加防范，所以才让司马氏有机可乘篡夺江山，鉴于这样的前车之鉴，司马氏非常重视宗法血缘关系，采纳王肃六亲之说，就有培植宗族势力、扩大宗族影响、积极扶持宗室等原因，借此来巩固维护司马氏的皇权。
2，一庙七室的七庙制度基调之确立
高平陵之变后，曹魏的大权落入司马懿手中，嘉平二年（250）正月，司马懿在洛阳立宗庙，“二年春正月，天子命帝立庙于洛阳”。（《晋书》·宣帝纪）此时司马懿所立的还是卿大夫的三庙，之后司马懿死，司马师、司马昭兄弟相继掌权，在景元四年（263）十月，司马昭封晋公，次年又进为晋王，司马氏宗庙也随之增加到五庙，分别是：豫章府君司马量、颍川府君司马隽、京兆府君司马防、宣王司马懿、景王司马师。
泰始元年（265）十二月，司马炎代魏，建立晋朝，“迫尊宣王为宣皇帝，景王为景皇帝，文王为文皇帝”。
泰始二年（267）正月，有司请求依照古礼营建七庙，司马炎以国家初建，应该万事从简，不想效法周代营建那么繁琐的宗庙，应该学习有虞氏的简朴，以前朝旧宗庙即可，随即沿用曹魏宗庙，采纳一庙七室制度（同堂异室或者一庙多室），把从六世祖征西将军司马钧以下到文帝司马昭六世七人奉入宗庙。
上古清庙一宫，尊远神祗。逮至周室，制为七庙，以辩宗祧。圣旨深弘，远迹上世，敦崇唐虞，舍七庙之繁华，遵一宫之远旨。昔舜承尧禅，受终文祖，遂陟帝位，盖三十载，月正元日，又格于文祖，遂陟帝位，此则虞氏不改唐庙，因仍旧宫。可依有虞氏故事，即用魏庙。（《晋书》·礼上）当时在宗庙中受祭的就是征西将军司马钧、豫章府君司马量、颍川府君司马隽、京兆府君司马防、宣帝司马懿、景帝司马师、文帝司马昭这六世七人，为三昭三穆。按照礼法，始封之君为太祖，宣帝司马懿当为晋太祖，但因宣帝仍在武帝司马炎四亲之中，所以，只能太祖虚位。
最初司马炎以营建七庙工程浩大，权做一庙，仅仅过了半年，泰始二年（267）七月，就以魏旧庙规模狭隘，不能体现皇家尊严为由，改创宗庙。
七月，又诏曰："主者前奏，就魏旧庙，诚亦有准。然于祗奉神明，情犹未安，宜更营造。"于是改创宗庙。（《晋书》·礼上）太康六年（285），宗庙塌陷，群臣再次提出应该按照古礼营建七庙（七座宗庙）。武帝司马炎不同意，仍旧坚持一庙七室制度，他认为自从东汉以来都是同堂异室，去繁留简，还节约财力，没必要恢复到周朝的七庙，司马炎就趁着这次机会定下基调，所谓七庙就是一庙七室，并影响后世很多王朝。
六年，因庙陷，当改修创，群臣又议奏曰："古者七庙异所，自宜如礼。"诏又曰："古虽七庙，自近代以来皆一庙七室，于礼无废，于情为叙，亦随时之宜也。其便仍旧。"（《晋书》·礼上）太康十年（289），在宣阳门内营建新宗庙，“穷极壮丽”，宗庙建成后，司马炎亲率百官迁奉从司马钧到司马昭列位先祖神主于新庙。
3，司马炎的私心
晋朝的开基之祖、始封之君是宣帝司马懿，他的嫡长子景帝司马师在取代曹魏的过程中起到过非常重要的作用，如果司马师正常传位给儿子，就没有司马昭父子什么事了。问题是，现在司马师早死，由母弟司马昭接受他的一切政治资源，司马昭在选择继承人的时候也曾经纠结过，是把位置留给过继给大哥做嗣子的儿子司马攸，还是留给嫡长子司马炎？
- 虽然司马攸是自己的亲儿子，但已经过继给大哥，在宗法上就不属于自己的后裔，如果以司马攸做继承人，这基业可就是大哥一系的，自己就是个中途打工的。
- 如果以司马炎继承人，基业在自己这一系中传承下去，在宗法图上的表现出来的形式就是大哥成旁支，这样做好像对大哥不公平，可谁还没有个私心啊？
按照礼法，司马懿就是妥妥的太祖，始封之君开基之主嘛！但如果以司马懿为太祖，那他的大宗就是景帝司马师及其嗣子司马攸一系，司马炎就名不正言不顺了。
按司马炎私心来讲，自然是以亲爹司马昭为太祖，对自己以及后世子孙才是最有利最名正言顺的，太祖之庙万世不迁，其他三昭三穆亲尽则迁毁，等到司马昭前面的列祖列宗全部迁毁后，司马昭就可以正位太祖之位，宗庙里留下的一窝就都是司马昭、司马炎父子后裔了咯！
虽然说这个太祖之位于情于理于法都该是司马懿的，可也得司马炎他愿意啊！司马炎在禅代之后就追尊司马懿、司马师、司马昭三父子为皇帝，就是不定太祖之位，直到咸宁元年（275）十二月丁亥，建国十年后，才“追尊宣帝庙曰高祖，景帝曰世宗，文帝曰太祖。”经营了十年，在人情、舆论方面站稳脚步，而此时司马师的影响也已经遭到削弱，司马炎才明目张胆以亲爹为太祖。整个西晋都是按照司马炎的基调走的，努力把司马昭奉上太祖之位。
太熙元年（290）四月，司马炎驾崩，太子司马衷继位，是为惠帝，把老爹抬进宗庙安置，身为惠帝七世祖的司马钧就被迁毁，以下子孙按序升迁，太庙情形为豫章府君司马量、颍川府君司马隽、京兆府君司马防、宣帝司马懿、景帝司马师、文帝司马昭、武帝司马炎。
光熙元年（306）十一月，惠帝司马衷被害，弟弟怀帝司马炽继位，惠帝神主迁入宗庙，两兄弟的六世祖豫章府君司马量被迁毁。这时候太庙的情形是颍川府君司马隽、京兆府君司马防、宣帝司马懿、景帝司马师、文帝司马昭、武帝司马炎、惠帝司马衷。
怀帝司马炽被匈奴人掳走遇害，侄子愍帝司马邺继位，兵荒马乱之中并没有时间去搞宗庙那套。建兴四年（316），司徒梁芬曾提出给愍帝本生父吴王司马宴追上尊号，左仆射索綝等人引用魏明帝“外藩不得尊崇本生诏”反对，愍帝鉴于自己的权利并不稳固，国家也处于风雨飘摇，再去折腾尊崇本生的事，在礼法舆论上站不住脚，就采纳索綝的建议，只是加封本生父吴王太保。
随即愍帝就被匈奴人掳走，宗室司马睿在世家的支持下，在建康继位，才把怀帝神主奉入宗庙，又迁出颍川府君司马隽，此时太庙情形是京兆府君司马防、宣帝司马懿、景帝司马师、文帝司马昭、武帝司马炎、惠帝司马衷、怀帝司马炽。
通过元帝建武元年的晋宗庙表，看出什么问题没？前面司马师、司马昭兄弟都是同昭穆，现在到了司马衷、司马炽兄弟却成了异昭穆，如果惠、怀算同昭穆，就不该迁毁颍川府君司马隽庙的。
4，异昭穆与同昭穆
司马睿把惠帝、怀帝定为异昭穆是采纳太常博士刁协的意见，刁协主张为人后者为人子的宗法观念，兄弟及诸父继统者与子继父同，分昭穆，因此，把惠帝、怀帝兄弟视为两世，所以迁毁司马隽的神主。太常贺循反对刁协的兄弟异昭穆论，贺循认为“兄弟不相为后，不得以承代为世。······则怀帝自上继世祖，不继惠帝。······惠、怀二帝俱继世祖，兄弟旁亲，同为一世。”
贺循认为如果一直让同辈兄弟占据不同庙数，以后再有兄弟相继为君，那天子宗庙的昭穆就成笑话了。他建议天子七庙应该以昭穆排序，每昭每穆不一定只有一个神主，可以是多个啊！只要昭穆世数是七庙之数就可以。
从刁协、贺循的争执看，贺循才是有道理的一方，但在建武元年，司马睿还是采纳了刁协的意见，以兄弟为异昭穆，诸父继统者与子继父同。
建武二年（318）“三月癸丑，愍帝崩问至，帝斩縗居庐。”斩縗居庐是最重的服丧仪式，子为父、臣为君、为人后者为人子才行此丧服，司马睿是愍帝司马邺的族叔，此时两人关系也不是君臣关系，只能说司马睿是把自己视为司马邺的继承者了，因此才服这么重的丧。因为司马邺遇害，司马睿就在建康称帝，改元太兴。司马睿是宣帝司马懿的曾孙，武帝司马炎的堂侄，惠帝司马衷、怀帝司马炽的同宗兄弟，也是愍帝司马邺的族叔。
随着时间的推移，司马睿也觉得兄弟异昭穆弊端太多，因此，在太兴三年（321）议定庙制，认同贺循“兄弟相继不能毁庙”的观点，把兄弟相继定为同昭穆。
5，两晋君统的衔接
建武元年（317）三月，司马睿自称晋王，也曾暗戳戳的想给亲爹琅邪恭王司马觐追尊“皇考”的称号。司马睿的想法并没有得以实施就被太常贺循拍回去，“及帝践位，有司奏琅邪恭王宜称皇考，循又议曰："案礼子不敢以己爵加父。"帝纳之。”（《晋书》·贺循传）司马睿没有追尊本生的原因和愍帝类似，都是政权并不稳固，为了证明自己的合法性，只能以西晋君统继承人自居，遵循礼法，给天下人留下尊礼守法的印象。
司马睿入承大宗君统了，他本生的小宗琅邪王一系也不能断绝，建武元年五月，封爱子司马裒承袭琅邪王爵位，以奉恭王，“封王子宣城公裒琅邪王。”
太兴元年（318）三月，愍帝的死讯传回来，司马睿为那个倒霉的族侄司马邺服最重的丧仪“斩縗”，随即称帝，是为晋元帝。新宗庙建成，西晋惠帝、怀帝、愍帝三位神主被奉进宗庙，司马睿也参考东汉刘秀的例子，表示自己上承武帝司马炎，“上继武帝，于元为祢，如汉光武上继元帝故事也。”
随着怀帝入庙，兄弟异昭穆的问题就暴露出来，从司马防到怀帝司马邺，虽然有七室，但世数只有五世，堂堂天子宗庙已经沦为诸侯五庙了。宗庙问题必须得面对了，因此，在太兴三年（320）议定庙制。6，太兴三年宗庙定制
早在建武元年的时候，太常贺循就曾提出兄弟同昭穆，惠帝、怀帝、愍帝可以另立别庙，现在新太常华恒在贺循的建议基础上继续完善改进。
华恒赞同贺循兄弟同昭穆的见解，但是反对为某些先帝另立庙寝的见解，华恒认为七庙之数应该依据世数，而不应该依据神主数，现在应该把豫章府君、颍川府君父子俩请回太庙，以全七庙之礼。华恒的建议得到温峤、王导的支持，于是，已经被迁毁的豫章、颍川二府君神主重新回到宗庙昭穆之位上。
同时，按照尊尊之义，在宗庙世数不足七庙的前提下，惠、怀、愍三帝神主继续位列宗庙。当时太庙的形式是豫章府君司马量、颍川府君司马隽、京兆府君司马防、宣帝司马懿、景帝司马师、文帝司马昭、武帝司马炎、惠帝司马衷、怀帝司马炽、愍帝司马邺（十室，愍帝不列昭穆。）。
7，迁入与迭毁的反复
永昌元年（322）闰十一月，元帝司马睿驾崩，太子司马绍继位，是为明帝。司马睿入太庙，豫章府君再次被迁毁，但司马睿的神主位置仍在族侄愍帝之下。当时太庙形式为颍川府君司马隽、京兆府君司马防、宣帝司马懿、景帝司马师、文帝司马昭、武帝司马炎、惠帝司马衷、怀帝司马炽、愍帝司马邺、元帝司马睿（十室）。
太宁三年（325）闰八月，明帝司马绍崩，太子司马衍继位，是为成帝。明帝入庙，迁出颍川府君，当时太庙形式为京兆府君司马防、宣帝司马懿、景帝司马师、文帝司马昭、武帝司马炎、惠帝司马衷、怀帝司马炽、愍帝司马邺、元帝司马睿、明帝司马绍（十室）。
又在太庙西侧修建夹室，把之前迁出的三位远祖征西将军、豫章府君、颍川府君神主安放在西夹室，称为祧。咸康八年（342）六月，成帝司马衍驾崩，弟弟康帝司马岳继位，因为是兄弟相继，同昭穆，所以成帝入太庙，不用把京兆府君迁出，这样太庙就有十一室，太庙情形为京兆府君司马防、宣帝司马懿、景帝司马师、文帝司马昭、武帝司马炎、惠帝司马衷、怀帝司马炽、愍帝司马邺、元帝司马睿、明帝司马绍、成帝司马衍（十一室，成帝列庙不序昭穆）。
建元二年（344）九月，康帝司马岳驾崩，儿子穆帝司马聃继位。康帝入庙，京兆府君迁毁进夹室，太庙依旧是十一室，宣帝司马懿、景帝司马师、文帝司马昭、武帝司马炎、惠帝司马衷、怀帝司马炽、愍帝司马邺、元帝司马睿、明帝司马绍、成帝司马衍、康帝司马岳（十一室）。
西晋从武帝司马炎开始，就想把老爹文帝司马昭拱到太祖之位上，因此给司马昭上的庙号就是太祖，如果西晋没有灭亡，司马昭之前的列祖列宗之庙全部迁毁后，那司马昭自然就是名副其实的太祖，还享有万世不毁的地位。但是，西晋遭遇永嘉之乱，晋室南迁了，宗室司马睿成了皇帝，司马睿是司马懿的曾孙，却是司马昭的侄孙，对司马昭而言，司马睿就是旁支，虽然他表示入继武帝司马炎，在宗法上都算是司马昭的后裔，可如果让司马睿选择司马懿和司马昭谁居太祖之位，他肯定是选择司马懿啊！
司马炎千方百计想让自己老爹占居太祖之位的打算在东晋彻底落空。到康帝驾崩的时候，宣帝之上的先主都已经迁毁，从情理上讲，宣帝司马懿也该升到太祖之位（图表11），就可以展现太祖加三昭三穆六亲的七庙模式了。但当时却以宣帝是穆帝六世祖，仍在六亲之位，并没有升为太祖，其实没升位也好，过几年还得掉下来，多尴尬。
随后穆帝司马聃、哀帝司马丕、海西公司马奕都是兄终弟及，因此宗庙中神主没有被迁毁的。太和六年（371）十一月，穆、哀、废三帝的叔祖司马昱做了皇帝，司马昱是元帝司马睿的小儿子，自然是上继元帝，就把之前已经迁祧进夹室的颍川、京兆二府君神主复位宗庙序昭穆，太庙情形为颍川府君司马隽、京兆府君司马防、宣帝司马懿、景帝司马师、文帝司马昭、武帝司马炎、惠帝司马衷、怀帝司马炽、愍帝司马邺、元帝司马睿、明帝司马绍、成帝司马衍、康帝司马岳、穆帝司马聃、哀帝司马丕（十五室）。咸安二年（372）七月，司马昱驾崩，儿子孝武帝司马曜继位，司马昱入太庙，颍川府君再次被迁出。太庙形式为京兆府君司马防、宣帝司马懿、景帝司马师、文帝司马昭、武帝司马炎、惠帝司马衷、怀帝司马炽、愍帝司马邺、元帝司马睿、明帝司马绍、简文帝司马昱、成帝司马衍、康帝司马岳、穆帝司马聃、哀帝司马丕（十五室）。
太元二十一年（396）九月，孝武帝驾崩，太子安帝德宗继位。孝武帝入太庙，京兆府君再次迁出，太庙形式为宣帝司马懿、景帝司马师、文帝司马昭、武帝司马炎、惠帝司马衷、怀帝司马炽、愍帝司马邺、元帝司马睿、明帝司马绍、简文帝司马昱、成帝司马衍、康帝司马岳、穆帝司马聃、哀帝司马丕、孝武帝司马曜（十五室）。
义熙九年（413），琅邪王司马德文建议太祖正位，以宣帝文德武功、开宗奠基之功，宜正位太祖，万世不毁。同时建议应该把四府君神主迁出夹室，另外建立别室永藏，不用祭祀。就是说那些没有功德的远祖可以哪儿凉快呆哪儿去了。但大司农徐广认为永藏四府君是对祖宗不敬，应该让他们留在西夹室做为远祧祭祀。
当时晋朝已经步曹魏后尘，要仰刘裕鼻息，刘裕赞同琅邪王德文的意见，让宣帝司马懿正太祖之位，在太庙旁另筑别室，安放四府君神主，万世收藏不祀。晋朝从公元265年到413年，已经面临亡国的前夕，太祖之位才摆脱虚位的境况。
义熙十四年（418）十二月，司马德宗遇弑，弟弟恭帝德文继位，隔一年，晋朝就被刘裕取而代之。
8，猴格说
很多王朝在宗庙都有太祖之争，两晋也不例外，本来依照司马炎的计划，后世子孙总要把老爹司马昭拱到太祖为上名副其实的。却因为永嘉之乱，打乱了他的如意算盘，太祖之位到底被东晋天子给换了。
对司马睿来说，他自然要上承曾祖父司马懿，而不乐意承继伯祖父司马昭，如果他认司马昭为太祖，他这一系将失去立足的法统基础，所以，自然是要以司马懿为太祖。
晋朝的宗庙制度在过程中不断的汲取教训、去完善补充，既借鉴古礼和传统旧制，也没有拘泥于典籍和权威解释，而是适时的根据实际情况去变更，不但师法古礼、又兼顾情、礼，最后定型同堂异室不计世数的七庙制度，以及兄弟相继为同昭穆的制度，对后世的影响极其深远。
就是这样。
图表系猴格自制。
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参考资料：两晋太庙研究、中国帝王宗庙、魏晋南北朝宗庙制度、两晋天子宗庙迁毁、晋书、宋书等
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