这个过程很长很煎熬，忽必烈直到死（忽必烈去世于1294年），都没有看到元朝与其他蒙古汗国关系正常起来。
（忽必烈像）
不过，之所以出现这种状况，其实还是忽必烈自己造成的。
蒙哥大汗战死在南宋四川钓鱼城后，在蒙古监国的阿里不哥就不断派人来联络忽必烈，让他回国参加商讨选大汗的事宜。但是忽必烈并没有回去。他担心有两点：一是担心回去后，就被阿里不哥给扣留。二是担心回去参加推选，自己并没有把握被推选为大汗。
忽必烈不会去，干脆自己找了些人召开忽里台会议，并宣布当上蒙古帝国的大汗。
这件事，不但让阿里不哥很不满，也让蒙古本土的很多宗王不满。当时基本上除了他的兄弟旭烈兀支持他外，没有人支持他。
于是，阿里不哥随即也召开了忽里台会议。出席阿里不哥举行的忽里台会议的，差不多包括蒙古的所有老牌宗王：一是术赤的孙子忽里迷失和合刺察儿；二是察合台的儿媳兀鲁忽乃（她丈夫哈剌旭烈已死，她是实际统治者）、察合台的孙子阿鲁忽；三是窝阔台的孙子尔赤（合丹的儿子）、海都（合失的儿子）；四是蒙哥大汗的儿子阿速台、玉龙答失；五是成吉思汗的兄弟帖木格的两个重孙子。这个阵容非常强大，阿里不哥在会上被推举为大汗。
可以说，阿里不哥被推举为大汗，非常具有说服力。
（攻打阿里不哥）
忽必烈当然不干了，于是提兵攻打阿里不哥。
忽必烈之所以敢率先自封大汗，最大的底气就是他兵强马壮，实力强劲。阿里不哥当然打不赢，所以这个仗打了四年后，1264年，阿里不哥向忽必烈投降。1266年，阿里不哥暴卒。
忽必烈虽然战胜了阿里不哥，但是并没有赢得蒙古其他宗王的支持。大家都各自为政，不承认忽必烈大汗之位，也不去朝见忽必烈。
忽必烈当时正在着手另一件重要的事情，就是发动对南宋的战争。这场战争，一直打到1279年，崖山之战后，忽必烈的元朝，才吞并南宋，实现了统一。
不过，忽必烈虽然把精力几乎都放在南方战事上，但是他也没有放弃瓦解那些不服从他的蒙古宗王。他先是准备搞乱察合台汗国，把一个亲附于他的察合台的重孙子八剌放回察合台汗国内，帮助他夺取察合台汗国的汗位。
不过，八剌回国夺位后，就叛变了忽必烈，与金帐汗国、窝阔台汗国联合起来，反对忽必烈。在这个过程中，察合台汗国的海都渐渐地成为了首领，带领大家和忽必烈作战。
忽必烈虽然双线作战，但是他毕竟兵强马壮，因此，在与另外三大汗国联军作战过程中，始终占据着上风。不过，却并不能把三大汗国瓦解。
（卷土重来的海都）
1269年，忽必烈派大将那木罕打败海都，海都逃走，不过随即卷土重来。1274年，忽必烈增加军队，派大将安童帮助那木罕打海都。没想到安童被部下昔里吉（他是蒙哥大汗的儿子）抓住，送给了海都。1286年，海都的联军一度和东道诸王联合起来，打到元朝的哈拉和林，后来被元军击退。
1294年忽必烈去世，他的孙子铁穆耳（元成宗）继位。元朝和三大汗国（主要是海都）的战争又断断续续打了很多年。1301年，海都在进攻元朝的时候，受了重伤，死在回去的途中。
海都去世后，海都的后人发生内乱。元朝大将海山（后来的元武宗）利用这一点，对海都的两个儿子拉拢加攻击，各个击破。在这个过程中，察合台汗国及金帐汗国都先后承认了元朝的宗主国地位。直到1309年，海都最后一个后人投降元朝，强盛一时的窝阔台汗国灭亡，元朝作为宗主国地位，最终才被所有宗王所承认。
总结一下，元朝在这差不多半个世纪的战争中，之所以最终能够打胜。一是元朝实力强劲，二是三大汗国联军互相之间勾心斗角，暗战不断。三是强势人物海都受伤去世。四是经过了半个世纪的人事变迁，相逢一笑灭恩仇。
（参考资料：《元史》《蒙古秘史》）
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