云南中医学院图书馆位于呈贡新校中心位置，建筑体命名为“翰墨楼”，总面积20767平方米，其中图书馆使用的面积约16000平方米，有5个藏、借、阅一体的综合借阅区，2个电子阅览室，1个中心机房，1个基藏书（样本书）室，1个古籍书库和陈列室。全馆阅览座位1194个，上机座位206个。云南中医学院图书馆现有纸本藏书58.5167万册，纸质期刊372种，电子资源总量35TB，拥有中外文数据库16个，电子图书达36.88余万册。图书馆设综合办公室、采编部、读者服务部、参考咨询与信息技术部和信息检索与电子商务教研室等五个部门。