医药保健品进出口商会由原国家商务部对外经济贸易部遵照《国务院批转对外经济贸易部1988年外贸体制改革方案的通知》组织成立的商务部下属六大进出口商会之一，也是由在中华人民共和国境内注册并从事医药保健品贸易与投资及相关活动的各类经济组织和个人依法自愿组成的全国性、行业性、非营利性的社会组织，旨在建立由政府的行政管理、企业的业务经营、商会的协调服务三部分组成的外贸新体制。
医药保健品进出口商会设有中药饮片分会、保健按摩器具分会、医用敷料分会、维生素C分会、甘草及甘草制品分会、植物提取物分会、西药制剂分会、膳食营养补充剂专业委员会、现代精油专业委员会等分支机构，主要对医药保健品贸易与投资及相关活动进行协调、规范，为会员及其他组织提供咨询、服务，维护对外贸易秩序，保护公平竞争，维护国家、行业利益及会员企业的合法权益，促进医药保健品贸易与投资健康发展，致力于成为中国医药保健品行业最专业、最权威的贸易促进机构。