菏泽学院图书馆其前身是创办于1949年的山东省菏泽第一师范学校图书馆，目前是菏泽市最大的图书馆，由北校区图书馆和西校区图书分馆及20个系资料室组成。图书馆下设办公室、采编部、流通部、阅览部、计算机信息服务部五个部室和西校区图书分馆。菏泽学院图书馆两个校区建筑总面积27300平方米，拥有图书资料262万册，其中纸质图书157万余册，电子图书104万余种。每年订购各类中外文报刊1万余种，其中纸质报刊近2100余种，电子期刊9000余种。馆内还拥有包括超星电子图书、馆藏书目数据库以及随书光盘数据库等在内的丰富的电子资源。图书馆设有11个书库，6个阅览室，另设三个自修室供学生课外自学。