南京审计学院图书馆现由浦口馆和莫愁分馆组成，馆舍总建筑面积达35257平方米，共有阅览座位3568个，馆舍布局合理，功能完善，设施先进，无线网络覆盖全馆，除了传统阅览室外，还专门设有水榭交流区、学术研讨室、研究生导师工作室、博士沙龙、素质教育区等；设有办公室、信息咨询部、采编部、技术保障部、读者服务部和莫愁分馆等机构。南京审计学院图书馆馆藏资源丰富，拥有各类图书140万册，电子图书310万种，中文电子期刊9000余种，外文电子期刊3000余种，中文数据库26个，外文数据库9个，存储资源容量达70TB；订购中外文期刊1714种，中外文报纸157种。