神经递质的化学本质是一种简单的碳氢衍生物，以中间氮原子为效应原子的碳氮化合物。它的化学名是单胺或乙酰胆碱。
还有其他种类的物质，如大脑中的神经递质，可分为四类，即生物胺、氨基酸、肽等。但在中学生物学中，神经元之间的神经递质是指乙酰胆碱类物质。另一种神经递质抑制剂叫去甲肾上腺素，其化学本质不是蛋白质，而是儿茶酚乙胺。
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