brower 这是一个神奇的网站：UCSC Genome Brower

有朋友在后台留言介绍UCSC基因组浏览器。其实小张很早就想介绍了，只是这个数据功能太强大了。就像NCBI一样，它包含了太多的信息，无法一两次解释清楚。人们使用NCBI最多的是一些功能，如pubmed和Blast。

大多数其他工具仍然相对较少，例如GEO:

UCSC号是一艘类似于NCBI号的航空母舰，里面装有各种战斗设备:

今天我们选择UCSC基因组浏览器。顾名思义，基因组浏览器根据基因组的位置、基因ID等信息进行浏览。从UCSC主页进入后，点击基因组浏览器:

在打开的页面上，我们可以看到显示窗口是我们查看结果的地方。除了映射和排序，底部还有以下功能框:

每个功能框包括几个数据源。比如在《基因与基因预测》中，有20个数据源，比如GENCODE和RefSeq Genes。每个数据源显示的结果可以包括五个不同的显示级别，即隐藏、密集、挤压、打包和完整。full是按前后顺序显示的，hide是隐藏的，也就是说，从底部显示的结果越多。

每个数据源都可以点击查看描述，比如RefSeq基因的描述:

让我们通过一个例子来看看以上各部分的含义。首先，我们检索一个lncRNA malat1:

当然你也可以在这里根据染色体位置进行搜索，直接在搜索框中输入位置:chr11:65，497，762-65，506，469，窗口中出现malat1的基本信息:

此时，我们的功能框中只有以下数据源没有设置为隐藏显示模式:

因此，显示窗口中只显示mRNA和基因信息。让我们通过调整功能框来看看不同的结果。

映射和测序:对于比对和序列信息，如气相色谱含量，我们将气相色谱含量调整为完全显示，然后单击刷新:

出现的结果:

我们在红框中看到了新的结果，我们知道设计引物时GC含量是一个重要的考虑因素。

基因和基因预测:在这里，我们将功能框的UCSC Alt事件设置为全显示模式:

例如，alt启动子意味着有多个转录起始位置，而cassetteExon意味着外显子出现在某些转录本中。

表型和文献:表型和文献，我们将OMIM现象基因座设置为全:

刷新后

点击查看614344之一查看疾病信息:

MRNA和EST:我们将人类MRNA设置为打包显示，将SIB Alt-剪接设置为全显示:

刷新后的结果:

这张图眼熟吗？

表情:表情。我们将GNF图谱2设置为完全:

刷新:

您可以选择组织来查看具体结果:

法规:要表达法规，我们点击ENCODE Regulation，在弹出的界面中选择四种类型:Tranion、H3K4Me1、H3K4Me3、H3K27Ac，然后提交

有点像我们在文章里看到的。我们可以通过单击缩小来缩小:

比较基因组学:比较基因组学，例如，如果我们需要看物种中的MALAT1有多保守，我们可以将Cons 20哺乳动物设置为全模式:

刷新:

当然，你也可以选择物种显示:

变异:显示结构变异，如SNP和indel，并将普通SNP设置为全显示模式:

刷新:

我们可以在malat1中看到snp位点。

重复:重复序列。在这种情况下，我们将reepearmackers设置为全模式。

刷新后:

一点补充

基本上几个功能框的描述都在这里。作为UCSC的众多工具之一，我们简单介绍了一下。从这些介绍中，我们发现这个工具功能强大，几乎包罗万象，但每个部分都涉及到一些基本概念，需要一些理解。例如，在最终的重复序列结果中，有与微卫星序列和疾病相关的研究:

微卫星不稳定结直肠癌相关肿瘤抗原的筛选、鉴定及其免疫治疗应用的研究广西高发肿瘤相关病毒感染和微卫星DNA不稳定性在淋巴瘤发病机制中的相关性及其作用研究利用微卫星不稳定性检测抑制DNA突变的研究CHD6基因拷贝数变异在微卫星稳定性结直肠癌发生中的作用及机制研究S100A8核移位通过SETD2介导组蛋白甲基化异常增加炎症相关结直肠癌微卫星不稳定性微卫星不稳定结直肠癌相关肿瘤抗原的筛选、鉴定及免疫治疗模拟人微卫星DNA脱氧寡核苷酸对TLR9活化诱导全身炎症应答的负调控机制基于DNA微卫星不稳定探讨从痰论治胃癌机制

下一次，我们将使用一个案例来说明如何从这个工具中找到想法。