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通用引物 测序想要完美,引物的选择很重要

路遥说,人生的路虽然漫长,但在关键时刻往往只有几步,尤其是人年轻的时候。同样,科研之路虽然漫长,但决定成绩的只有几点,尤其是做实验的时候是否细心。

影响桑格测序结果的条件很多。详细描述了稳定单带聚合酶链反应产物的制备。今天,我们将分析另一个关键因素——如何选择测序引物。

测序引物不能等于PCR扩增引物,需要满足以下条件:

对比|通用引物优势明显

测序的通用引物一般根据元件(启动子、终止子等)来选择。)的载体,例如常见的通用引物T7是T7启动子,CMV-Forward是由CMV启动子设计的,M13F来源于lac Z基因。现在常用的引物还包括为一些载体设计的载体引物,如根据载体的绿色荧光蛋白基因设计的pEGFP-C-3。

测序公司通常会免费提供一些常用引物。这些经QC验证的引物质量保证较好。用载体的通用引物测序可以监测目标片段是否成功克隆到载体中(是否为/[/k0/)。考虑到通用引物的技术和成本优势,金建议你在实验中尽量选择通用测序引物。

一般在PCR产物(尤其是短PCR产物)测序结果不理想时,可以将PCR产物克隆到载体中,用载体的通用引物进行测序。特别是当PCR片段长度小于200bp时,建议你优先克隆到载体中测序。

配对|载体和位点是关键

通用引物只与载体相关,不受靶片段的限制。测序时,应针对不同载体选择不同的通用引物。

对于某个载体应该选择哪些通用引物,可以通过金伟志公司官网“服务资源”中的“免费通用引物”或者金伟志在线订购系统中的“通用引物选择工具”进行查询。

几种常见载体使用的通用引物

除载体外,引物结合位点对通用引物的选择也有很大影响。由于Sanger测序法的限制,最初的50bp-100bp测序通常不稳定,一般引物不要离克隆位点太近(建议大于50bp),否则可能检测不到一些靶片段。因此,T载体(pMD 18-T载体)的测序通常选择正向引物M13F(-47)和反向引物M13R(-48),但不推荐使用M13F和M13R。

pMD 18-T载体图及相关位点描述

说明:M13F和M13R在T载体的克隆位点两端都有结合位点,但离多重克隆位点太近(约30bp)。因此,通常选择距离克隆位点约50bp的正向引物M13F(-47)和距离克隆位点约60bp的反向引物M13R(-48)对T载体进行测序。

关于金

金是一家专注于基因组研究和基因技术应用的生物技术公司,提供基因合成、桑格测序、引物合成、分子生物学服务、基因组服务、高通量测序和标准服务。立足于生命科学领域,金已成为全球众多知名跨国公司和知名大学的战略合作伙伴和首选供应商!

引物合成:https://www.genewiz.com.cn/Public/Services/Oligo

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