beaming 关于癌症基因检测！这是史上最全面的科普文！

随着生物技术在医学领域的快速发展和人们在细胞和分子水平上对肿瘤发病机制的深入认识，肿瘤治疗逐渐从前基因组的细胞毒性药物治疗时代过渡到后基因组的靶向治疗新时代。

说到基因检测，几年前临床医生向患者推荐时还是有疑问的。近两年来，基因检测已经成为癌症诊疗的标准动作，基本上每个癌症患者都有自己的一套基因检测报告。不得不说，一个病人一个方案的个体化诊疗时代已经到来。例如，如果患者患有癌症，不仅要进行病理诊断，还要进行全基因检测，寻找突变位点，然后为患者制定治疗方案，包括化疗、突变位点生物肽的制定和选择、家庭癌症风险评估。

许多癌症患者对癌症基因检测知之甚少。今天全球肿瘤学家网为癌症患者提供全面的科普，癌症患者在做基因检测前一定要仔细阅读这篇文章。

内容摘要:

一、什么是癌症基因

第二，什么是癌症基因检测

第三，什么是基于基因检测的靶向治疗

第四，对各种癌症基因检测技术的优缺点进行了比较

5.如何选择可靠的基因检测机构

6.选择哪种基因检测方案？全基因还是热基因？

7.癌症患者都需要基因检测吗？

八、基因检测用什么样的样本比较好？组织，胸腔积液还是血液？

9.癌症基因检测的价格是多少？

1.什么是癌症基因？

癌细胞和正常细胞有很多区别；其中最重要的区别是癌细胞中的很多基因发生了突变:有的基因缺失，有的基因重复，有的基因较长...

癌症可能会发生多种类型的遗传变化。四种主要类型包括:

1)单核苷酸变异体(SNV)，也称为点突变。SNV是由一个碱基的碱基替换产生的。这些可能导致编码蛋白质的氨基酸序列(错义突变)或蛋白质的过早截短(无义突变)。

2)连续核苷酸的小复制，涉及一个或几个核苷酸的插入或缺失，或涉及一个或几个碱基同时缺失和插入的复杂突变(indelsa)。这些类型的突变可能是“框内”的，这导致蛋白质中氨基酸的增加或减少，或者可能导致“框移位”，这通常导致蛋白质的过早截短。

3)外显子或基因拷贝数的改变。外显子拷贝数的变化包括包含整个外显子并影响蛋白质功能的结构域的大量重复或缺失。基因拷贝数的改变包括整个基因的扩增或缺失。

4)遗传物质的结构变异(SV)或大的结构异常，包括多条染色体之间或单条染色体内的断点引起的易位或倒位。这些通常导致融合基因和相关的融合蛋白。

一般致癌突变集中在不同患者肿瘤的“热点”突变。SNV的一些热点可能经常出现，而其他的则很少出现。例如，在所有黑素瘤中，40%有BRAF V600E突变，而BRAF L597S突变的发生率为

二、什么是癌症基因检测？

众所周知，癌症是一种具有遗传倾向的疾病，与基因突变有着千丝万缕的联系，而这些基因也在一定程度上决定了癌细胞的生长和分裂，这种突变也可能是遗传的。这时候就可以测试肿瘤的基因图谱，确定发生了哪些突变，这个过程就叫做基因检测。

在实际治疗过程中，基因检测可以帮助医生制定最佳治疗方案。例如，一些人患肺癌后，他们可以用基因检测来检测癌细胞中的EGFR。一旦发现突变，他们可以使用相应的靶向药物进行治疗。例如，有一些肿瘤非常难以诊断，需要依靠特定的基因变化来帮助诊断。例如，许多肉瘤像梭子一样又长又平。此时，如果在基因检测中发现ASPL-TFE3融合基因，腺泡软组织肉瘤的诊断将是接近的。

利用各种方法找出这些突变基因并仔细分析，可以帮助临床诊断，指导治疗选择，监测疾病复发和耐药性，预测生存期。

肿瘤基因检测范围从简单到复杂。最简单的测试只检测一种基因的一种突变。例如，只在BRAF位点c.1799找到一个特定的替代突变的测试

相反，最复杂的测试可以同时检测所有主要类型的基因变化，包括取代、重复、插入、缺失、插入、基因拷贝数变异和结构变异，包括倒位和易位。

3.什么是基于基因检测的靶向治疗？

在恶性肿瘤的治疗中，一个令人困惑的问题是:为什么采用相同治疗方案的同期同病理类型的恶性肿瘤患者在疗效(如生存期)上存在明显差异？

随着人类基因组计划的完成，研究人员发现同一类型肿瘤的细胞和分子生物学的差异可能是导致疾病个体化差异的原因，进而发现了一些与肿瘤发生密切相关的基因，即肿瘤的“驱动基因”。已知的肺癌驱动基因包括EGFR、ALK、KRAS、HER2、BRAF、PIK3CA、AKTI、MEKI、NRAS和MET。不同的驱动基因使患者对癌症治疗的反应不同，这是同类型同阶段癌症患者疗效不同的原因。

目前一些药物，如靶向药物，是针对某个肿瘤基因突变达到精确杀伤效果的，但不同肿瘤患者肿瘤驱动的基因突变存在差异。因此，通过基因检测，可以知道患者出现了哪些基因突变，哪些药物适合应用，达到了“量身定做”的效果，达到了“精准医疗”。

例如，超过一半的晚期肺腺癌患者携带EGFR、ALK、ROS-1等基因突变，因此这些患者有机会尝试有效率高、副作用少、生存期相对较长的靶向药物。甚至有超级幸运的病例，部分患者依靠几代靶向药物联合传统放化疗，生存时间超过10年、20年。

四、各种癌症基因检测技术优缺点对比大！

1.等位基因特异性聚合酶链反应

优点:灵敏度-需要1-5%的突变。不需要特殊设备。

缺点:靶向特异性，无法检测肿瘤DNA中可能存在的其他突变。

2.桑格双脱氧测序

优点:可以检测出各种未知突变。如果首次从样品中提取融合转录物的RNA，可以用于检测基因融合。不需要特殊设备。

缺点:劳动强度大，需要20-25%的突变DNA。外显子或基因拷贝数没有变化。

3.焦磷酸测序

优点:快速灵敏检测5%水平的突变DNA。

缺点:需要焦磷酸测序仪；在肿瘤DNA中可以检测到的突变类型是有限制的。

4.质谱仪

优点:灵敏，突变DNA检测可靠5-10%；测试多个基因。

缺点:需要质谱仪；SNV是特异性的，不能检测可能存在的其他肿瘤基因突变。

5.单碱基延伸测定

优点:检测突变DNA灵敏可靠，如果有5-10%；测试多个基因。不需要特殊设备。

缺点:SNV是特异性的，不能检测肿瘤DNA中可能存在的其他突变。

6.多重连接依赖探针扩增-MLPA

优点:快速同时检测多个突变。不需要特殊设备。可以探测到10%的目标SNV。

缺点:对于外显子或基因拷贝数变异的检测，需要突变的DNA以20-40%的水平存在。靶向SNV和外显子和基因拷贝数变异是特异性的，不能检测到肿瘤DNA中的其他突变。试剂盒可能不适合感兴趣的基因或突变。新鲜冰冻组织提取DNA的检测效果优于石蜡包埋组织。

7.荧光原位杂交

优点:易于检测基因拷贝数变化，靶向SVS，其他方法不易检测；基于细胞的成像可以检测少量细胞中的事件。

缺点:需要石蜡包埋组织的未染色切片；实体瘤中的大多数突变类型都无法检测到。

8.新一代测序-扩增捕获

优点:可以同时检测单碱基置换和更复杂的突变，包括单次测定中多个基因的重复、插入、缺失和插入缺失；需要少量的DNA。当测序到高“覆盖深度”(1000倍覆盖)时，该分析对检测低丰度突变是敏感的。

缺点:贵；需要一种完全不同于其他分子检测方法的DNA制备方法。基因拷贝数改变，无法检测到SV。

9.新一代测序-杂交捕获

优点:它可以在一次检测中检测许多基因的替换、重复、插入、缺失、插入、外显子和基因拷贝数的变化。探针也可以设计成在频繁重排的基因中捕获选择性易位断点，如Foundation One。

缺点:贵；需要一种与传统上用于测定其他分子突变的方法完全不同的DNA制备方法。需要更多的肿瘤组织；需要复杂的生物信息学。

10.下一代测序——全外显子组测序

优点:中等全面性。在同一个检测中，可以同时检测到许多基因的替换、重复、插入、缺失、插入、外显子和基因拷贝数的变化。

缺点:贵；需要完全不同于传统上用于其他分子突变检测技术的DNA制备方法。需要更多的肿瘤组织；需要复杂的生物信息学。

11.下一代测序-全基因组测序

优点:最全面。它可以同时检测全基因组中的替换、重复、插入、缺失、插入、基因和外显子拷贝数变化、染色体倒位和易位。

缺点:贵，产量低；需要与大多数突变检测技术传统使用的方法完全不同的DNA制备方法。需要更多的肿瘤组织；需要复杂的生物信息学；对数据存储和处理有巨大的计算需求。

12.数字聚合酶链反应

优点:灵敏度高，特异性强；相对便宜。

缺点:只能检测到已知的靶向突变；受检测到的突变类型的限制；每次检测只能检测到有限数量的突变。

13.Blishing技术

优点:高灵敏度和特异性

缺点:只能检测到已知的靶向突变；受检测到的突变类型的限制；每次检测只能检测到有限数量的突变。

5.如何选择可靠的基因检测机构？

目前全国有3000多家基因检测机构，有一批优秀的大公司，但也有一大批小机构，甚至一个小小的实验室就能为患者做癌症全基因检测，可能要花钱，耽误时间，但什么都检测不到。所以基因检测的第一步就是找权威的检测机构。对于外行的癌症患者来说，很难说哪个基因检测机构可靠。全球肿瘤学家网络为每个人总结了两个要点。测试前请了解清楚:

1.权威的基因检测公司有两个证书——CAP和CLIA被认为是临床检测行业的最高标准，得到全世界的认可！

为了规范临床检测提供者和临床检测试剂盒的质量管理体系，美国于1988年颁布了《临床实验室改进修正案(CLIA)》。在美国，临床检测实验室只有在获得CLIA许可证后，才有权接收和处理美国原产的临床样本，这表明了CLIA的权威和临床检测质量控制的重要性。

美国病理学家学会(CAP)在CLIA的基础上，依托病理学在疾病诊断中不可动摇的黄金标准地位，提出了自己对CLIA的解读，并制定了可操作的质量评价程序和认证体系。

CAP和CLIA的双认证被视为临床检测行业的最高标准，得到了全世界的认可！

2.选择FDA认可的基因检测更安全！

美国FDA已经发出警告，目前市场上不同基因的检测结果差异很大。一方面，不同公司相同产品的检测结果存在差异，可能来自测序原理或测序系统设计和生物信息学算法的差异；另一方面，不同临床机构对同一产品的解读标准存在差异，可能是由于对具有临床意义或潜在临床意义的同一基因的理解或治疗方法存在差异。比如对Brca基因检测结果的解读，不同企业或不同临床机构在解读规则和解读能力上存在差异。

目前，FDA已经批准了两种专门针对癌症患者的基因检测产品。如果患者不信任市场上的检测机构，选择FDA认可的检测相对更有保障。

2017年11月15日，FDA宣布基于第二代测序技术(NGS)的纽约纪念斯隆·凯特琳癌症中心(MSK)的癌症基因检测分析平台MSK-IMPACT开创了癌症基因检测未来的学术研究和商业发展，进一步拓宽了个体化医疗的道路。

2017年11月30日，美国食品和药物管理局批准基础医学的产品——基础一CDx(F1CDx)，用于胰腺癌的临床伴随诊断。这是首个突破性的NGS伴随诊断产品，可诊断任何实体瘤，在体外诊断领域具有里程碑意义。

6.基因检测方案如何选择？

看了上面的介绍，你有没有感受到基因检测的极端复杂性——确实，每个患者为了尽可能避免错过(不错过治疗机会，不浪费标本)，不花太多钱，应该做什么样的基因检测。这里有很多知识...

对于患者来说，检测什么基因也很重要。目前医院和各大基因检测公司针对不同人群有各种套餐，总结如下:

1.单个癌症物种的小penel检测:例如，对于肺癌患者，已知的驱动基因包括EGFR、ALK、KRAS、HER2、BRAF、PIK3CA、AKTI、MEKI、NRAS和MET，所以只能检测到这些常见的突变基因。目前国内权威的基因检测公司，如盘生子、世和等，针对不同的癌症类型，如肺癌18基因、脑瘤63基因等，都推出了检测项目。

优点:价格便宜。以肺癌为例，由于中国一半以上的肺腺癌患者携带EGFR和ALK突变之一，该方案具有成本效益。所以如果患者属于肺腺癌，经济条件一般，把有限的钱花在刀刃上更合理。

2.全基因检测:可以同时检测几十个甚至上百个癌症相关基因。例如，美国FDA批准的第一个NGS癌症体外诊断检测产品CDX基金会(F1CDX)可以检测324个基因突变，还可以检测TMB和MSI基因组特征。

优点:使用新一代测序技术最大的优点是覆盖面大，可以一次性全面了解情况，但比目前第一种方案要贵。当然，随着新测序技术越来越便宜，第一种方案肯定会被取代，但目前两者还是并存的。

3.多平台分子分析:实际受益于传统基因检测的患者不到10%！美国Carex精密生命科学有限公司是全球领先的分子科学创新者。它不仅提供了靶向治疗方案，还从DNA、RNA、蛋白质三个层面揭示了每个癌症患者的分子蓝图(一般二代测序仅基于DNA)，全面分析用药方案，将包括化疗、靶向治疗、免疫治疗药物在内的所有治疗方案准确呈现给临床医生和患者。

优点:是目前最全面、最准确的检测项目，帮助临床医生和患者发现所有潜在的临床有效药物，避免使用无效药物。

全球肿瘤学家网络提醒大家，每个患者都应该根据肿瘤的类型、疾病的阶段、之前的治疗、后续治疗的愿望以及家庭的经济承受能力，做出“个性化”的安排。欢迎咨询全球肿瘤学家网医学部相关专家。

7.癌症患者都需要基因检测吗？

广义来说，所有癌症患者都可以接受基因检测；狭义上来说，根据指南的建议，不同的疾病、不同的阶段、不同的患者适合不同的基因检测。

比如一个晚期肺腺癌患者，没有接受过任何治疗，家里经济情况一般，只是想看看有没有适合的靶向药物已经在内地上市了，就测试一下最常见的基因。

比如一个超级土豪是肉瘤，其他药物治疗都失败了，但他还是想试试运气，看看自己是否还有靶向药物可用:是上市还是处于临床试验研究阶段，是国内还是国外，他想知道。然后，他可能会选择尽可能多的、几十个、几百个甚至所有的基因跨越癌症物种。

但在癌症治疗过程中，有些人在接受靶向治疗前选择不做基因检测，这种治疗方法被称为盲测。与基因检测相比，盲检有其自身的优势，比如省钱省时。那么，什么情况下可以跳过基因检测，直接进行靶向治疗呢？

1.单一靶向药物:某些种类的癌症可能存在单一突变类型，没有选择靶向药物的余地。这种情况可以选择盲测，一旦没有发现效果，就需要其他疗法。

2.生存时间不乐观:对于一些癌症朋友来说，医生估计可能不到6个月，经济条件也不好。这种情况下，如果等半个月不确定的结果，风险太大，不如直接盲测，把钱用在刀刃上，以最高的概率去尝试，俗称“破财”。

当然，盲测也有自己的缺点。在基因检测之前，用药基本靠“猜测”，效果基本靠“祈祷”。所以在治疗过程中，可以咨询主治医生或者全球肿瘤学家网络后再慎重决定。

八、基因检测用什么样本做？

基因检测是检测肿瘤细胞的突变，因此需要获取肿瘤细胞。

临床上通常有三种方式:

1.肿瘤样本是在肺癌手术(或胸腔积液)期间获得的。

2.穿刺活检样本，通常在局部麻醉下，使用非常细的针获取少量细胞进行分析。这样创伤小，可以避免不必要的手术，对患者的影响也小。

3.“液体活组织检查”。肺癌液体活检主要是指通过分析血液中的癌细胞或癌细胞释放的DNA来判断癌症的突变类型。这是成功的，因为先进的癌细胞，或癌细胞的DNA，经常进入血液，现代技术可能会捕捉它们进行分析。

“液体活检”是目前最流行的技术之一。它最大的优点是无创，低风险，可反复采样。但目前组织病理学切片的基因检测准确率最高，被业界公认为金标准。虽然不是100%完美(比如空、时间、异质性等问题)。但是患者往往得不到足够的组织，或者组织标本很旧。在这种情况下，可以考虑勉强更换血液标本。我们一般推荐优劣顺序如下:最近手术或活检新取的组织标本>:1-2年内的组织标本>:最近的血液标本>:2年以上的旧组织标本。

9.癌症基因检测多少钱？

癌症基因检测的价格一般取决于要检测的位点数量。检测次数越多价格越高，整个基因检测应该是最贵的。不同的基因检测公司定价略有不同，但差别不是太大。在国内，单个癌症疾病的基因检测一般在10000+元，全基因检测在20000元左右。全基因在美国的价格略高，基础医学5万+元，嘉里多平台7万+元。患者可以根据经济条件和癌症类型选择合适的基因检测类型，建议去正规的基因检测机构。

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