Biomarker的正确寻找模式

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Biomaker的正确寻找模式

Temporal expression profiling of plasma proteins reveals oxidative stress in early stages of Type 1 Diabetes progression

Journal of Proteomics IF=3.91

1型糖尿病（Type 1 Diabetes Mellitus，T1D）是一种自身免疫系统的慢性疾病，它是由胰岛细胞中的胰岛素分泌β-细胞的逐渐破坏和功能失调引起的。这类糖尿病多发于儿童和青少年，会进一步导致严重的胰岛素缺乏、高血糖和继发性并发症。

在1型糖尿病的临床诊断中，以胰岛自体抗体 (包括IAA、GADA、ia-2a和ZnT8A) 为标志物，来预测疾病的发生发展。目前，急切需要其他的血液标记来表明胰岛素分泌β-细胞的破坏过程，更早更准确地反映出1型糖尿病的进展。为了解决这个问题，来自美国的研究团队利用TMT的技术进行了相关探索。

在这项工作中，研究人员设置了9个时间点，用以描述T1D的发生发展全过程，通过TMT比较分析了T1D患者(n=11)和健康对照组(n=10)在这9个时间点的血浆蛋白组。

由于临床样本存在较大的年龄差异（0-14岁），研究人员逐个分析了每个临床样本，用了21个TMT -10标分别标记每个样本的9个时间点，并且使用等量混合的对照样本作为内参，分24级上质谱检测。这个实验设计利用TMT进行时间点的比对；而在T1D组和对照组的比对中，本质上和Label free的检测流程相似。因此，除了有表达丰度的差异结果外，在T1D与对照的比对中，也会呈现有无差异结果。本次实验共鉴定了2037个蛋白，其中有91个蛋白为对照组特有，而98个蛋白为T1D组特有。趋势统计分析结果显示，整个T1D进程中，共有13个显著差异蛋白。此外，在氧化应激反应中扮演关键角色的16个蛋白在胰岛自体抗体之前，就呈现出了和健康组较大差异的表达趋势。

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找到目标以后，研究团队进行了数据验证，利用ELISA检测了两个与氧化应激相关的酶：CAT(过氧化氢酶)和SOD1（超氧化物歧化酶），两者呈现出了和质谱相同的变化趋势。

最终，研究团队找到了比胰岛自体抗体更早的血液标志物：氧化应激相关蛋白在T1D组与对照相比都呈现了差异表达趋势，这是胰岛自动免疫和胰腺β细胞的压力应激的最早迹象。

然而，要想把这些标志物用在临床检验中，还需要继续进行多次大样本量验证和长期的临床验证...

讲完故事，让我们一起总结一下：

TMT在原理上和iTRAQ相似，iTRAQ的4标、8标和TMT的6标、10标可以很好地互补，从而更加灵活地满足各种实验设计。

疾病蛋白组研究中，数据验证必不可少。当需要验证的目标蛋白没有特异性很高的抗体时，可以使用质谱技术（PRM）进行验证，能够节省不少时间、人力成本哦~

TMT和Label free通过设计也是可以在一起愉快玩耍地~不同的实验设计对应不同的统计方法，数据的呈现方式也是各有不同。APT将和大家共同努力，继续探索更好的研究模式，让我们一起加油！

TMT在原理上和iTRAQ相似，iTRAQ的4标、8标和TMT的6标、10标可以很好地互补，从而更加灵活地满足各种实验设计。

疾病蛋白组研究中，数据验证必不可少。当需要验证的目标蛋白没有特异性很高的抗体时，可以使用质谱技术（PRM）进行验证，能够节省不少时间、人力成本哦~

TMT和Label free通过设计也是可以在一起愉快玩耍地~不同的实验设计对应不同的统计方法，数据的呈现方式也是各有不同。APT将和大家共同努力，继续探索更好的研究模式，让我们一起加油！

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