集中管辖为主指定管辖为辅

跨行政区划的环境问题主要是指超越行政区划界限而引起的环境问题，即一个环境问题的影响打破了行政区划的界限。对此，海南省高级人民法院余德厚在《法学杂志》上发表文章《跨行政区划环境资源案件管辖制度研究》，指出:

新《环境保护法》提出了环境保护跨行政管辖的立法精神，为解决环境资源案件跨行政管辖立法不完善、相关条款原则性强、管辖冲突的现状提供了契机。继“专门管辖型”、“集中管辖型”、“巡回法院型”和“指定管辖型”在脉冲司法实践中的实践之后，对跨行政区划环境资源案件管辖中遇到的问题进行了探究。解决这一问题的途径应该是将跨行政区环境资源案件的管辖设计在顶层，以集中管辖为主，指定管辖为辅；其次，根据环境因素的特点和司法现状，有序构建跨行政区划的环境司法机构；同时，根据司法审判水平的规定和审判需要，提高环境审判机构的水平；最后，根据跨行政环境案件的管辖和审理特点，完善环境诉讼程序。