细菌可以作为化石保存下来。科学家在35亿年前的古老地层中发现了类似蓝藻的化石。蓝色细菌比大多数细菌都大,可以分泌一层薄薄的细胞壁。蓝细菌可以形成大型层状结构,这种结构被称为叠层石。如果将这种叠层石磨成薄片,可能会在其中发现保存完好的蓝藻和藻类化石。

除了蓝藻,化石细菌不多。在某些化学条件下,细菌细胞被无机盐取代,形成活细胞的副本或假晶体。有些细菌可以分泌铁鞘,有时会形成化石。有些细菌可以钻入动物的贝壳或岩石中,在贝壳或岩石中形成微小的管道,所以我们可以通过分析不同时期动物贝壳化石的这些管道来间接了解它们。

此外,琥珀中通常保存着大量精致的细菌,有些细菌甚至可以在数亿年后存活。这种细菌产生的磁铁矿晶体可以在20亿年前的古老岩石中分辨出来,其大小为几微米,可能是最小的化石。

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