萨尔瓦多内战,中美洲联邦的内部纷争

中美洲联合省在独立前是一个社会结构复杂的地区。在土地肥沃、劳动力众多的危地马拉和萨尔瓦多萨尔瓦多内战，西班牙地主建立了以大地主为基础的强大的封建结构。相对贫瘠的洪都拉斯和尼加拉瓜则发展出商业和贸易经济。哥斯达黎加吸引了缺少资本的西班牙移民，建立了以欧洲自耕农为基础的较民主的政治结构。该国独立后即分裂为保守集团和自由集团，前者主张建立强有力的中央集权政府，保持教会和军人的特权，并维持旧有的土地占有制度；后者则主张实行向各省分权的联邦制，废除神职人员的特权，实行土地改革。从自然条件上来说，中美洲的各省之间缺乏交通手段，各个地区的地方观念根深蒂固，造成地方村镇和乡村对于国家首都的嫉妒，并导致内部倾轧，最终导致联合省的分裂。
1825年，曼努埃尔·何塞·阿尔塞被第一届议会选为总统，他在危地马拉大主教的支持下试图抵御自由派的影响。由于萨尔瓦多省进行了许多反教会的社会改革，并且传播来自法国的自由思想，他派军队侵入萨尔瓦多，引发了内战。自由派领袖之一、洪都拉斯人弗朗西斯科·莫拉赞击败了阿尔塞的军队，解放了萨尔瓦多，然后凭借着来自尼加拉瓜和洪都拉斯的援助，侵入危地马拉，放逐了危地马拉大主教，阿尔塞总统逃亡墨西哥。自由派赢得了对国家的控制。原危地马拉省长何塞·弗朗西斯科·瓦伦迪亚成为过渡总统，莫拉赞则于1830年当选总统。
莫拉赞执政时期，通过没收教会财产而推行了社会改革，废除了什一税，设立了学校和医院，吸引外国移民，并制订了开凿尼加拉瓜运河的计划。但是流亡中的保守派从西班牙得到了支持，并在萨尔瓦多发动叛乱，使其退出了联邦。在尼加拉瓜和哥斯达黎加的帮助下，莫拉赞于1832年收复了萨尔瓦多。
1834年，中美洲联邦首都从危地马拉城迁至萨尔瓦多首府圣萨尔瓦多。在新的总统选举中，何塞·德·巴列获胜，但在就任前病死，因此莫拉赞继续担任总统。他的严厉统治开始导致人民不满。1836年至1837年，危地马拉发生霍乱，保守派通过教会向印第安人散布“自由派有意通过霍乱来灭绝印第安人、夺取其土地”的谣言，引发了危地马拉的暴乱。1838年，由拉斐尔·卡雷拉（Rafael Carrera）领导的危地马拉印第安人军队击败了政府军，莫拉赞逃到萨尔瓦多。