虽然雍正的政治才能很卓越，但他的武功比之老爹康熙和儿子乾隆则差多了，也正是在雍正时期清朝八旗军遭遇了在近代史鸦片战争之前输得最惨的一次败仗，这就是雍正时期的清朝与卫拉特蒙古准噶尔部爆发的和通泊之战，这一仗清朝军队全军覆没，王公贵族几乎全部阵亡，输得非常惨，雍正更是险些为此战被气死。
和通泊之战其实算是康熙时期三征噶尔丹的延续，准噶尔部在康熙初期在首领绰罗斯·噶尔丹的带领下逐渐走向强大，噶尔丹趁康熙忙于平三藩和收台湾之际，用武力统一了卫拉特蒙古各部，建立起了准噶尔汗国，此后噶尔丹趁机扩展吞并，最终在中亚称霸。
随着准噶尔汗国的崛起，噶尔丹的野心也越来越大，因此他不止局限于中亚地区，在沙俄的支持下开始逐渐想向东蚕食吞并清朝边境。
因此当噶尔丹开始成为清朝边患时，此时康熙已经肃清国内局势，他也正有准备着手对付噶尔丹，于是就开启了康熙三次亲征噶尔丹。
噶尔丹后来遭到了侄子策妄阿拉布坦和康熙联合夹击，最终噶尔丹败亡。康熙虽然打败了噶尔丹，并且收服了噶尔丹的部众，但噶尔丹所建立的准噶尔汗国还存在，只是统治者换成了他的侄子策妄阿拉布坦。
噶尔丹的首领位置最初是属于策妄阿拉布坦之父僧格珲台吉，但僧格珲台吉死于内乱，噶尔丹为亲兄报仇接替了首领之位，后来噶尔丹称霸中亚，他担心侄子策妄阿拉布坦的身份威胁到他的地位，于是他开始打击迫害策妄阿拉布坦，最终逼得策妄阿拉布坦联合康熙攻灭了他。
因此噶尔丹死后策妄阿拉布坦理所当然的取代了他的位置，当时准噶尔汗国已经被康熙打的损失惨重，因此策妄阿拉布坦主动向康熙求和，康熙也就认为策妄阿拉布坦从此不敢轻举妄动，于是罢兵。
但实际上策妄阿拉布坦野心并不比其叔噶尔丹弱，之后在沙俄的扶持下，策妄阿拉布坦又在康熙晚年开始侵犯清朝边境。
康熙五十七年（1718年）春，策妄阿拉布坦用诡计攻入了西藏拉萨，杀害了清政府扶持的和硕特部拉藏汗，彻底吞并了和硕特部汗国，囚禁了活佛达赖和班禅。
康熙得知此消息后极为震怒，但此时康熙已经年老力衰，他本想亲征策妄阿拉布坦，考虑到身体原因只得派了十四子胤禵为抚远大将军，代替自己御驾亲征。
这场战斗一直持续到康熙去世，在康熙去世后，胤禵大军对战策妄阿拉布坦已经几乎快打到准噶尔汗国的老巢伊犁，但由于胤禵是雍正的政敌弟弟胤禩一党，所以雍正顾忌胤禵在前线掌兵，于是以亲信年羹尧为抚远大将军替代了胤禵。
而策妄阿拉布坦得知康熙去世后，一面派人去向雍正求和，一面又派人去挑唆青海和硕特部罗卜藏丹津反叛清政府，就这样雍正只得同意了策妄阿拉布坦求和，年羹尧的大军就转到了青海平定罗卜藏丹津叛乱。
自从策妄阿拉布坦被胤禵打败后，准噶尔汗国又陷入国力损失惨重情况下，这种情况下准噶尔汗国又老实了下来，雍正也乐得边境安宁，因此在年羹尧平定罗卜藏丹津叛乱之后，准噶尔汗国与清朝进入了相对和平时期。
此后准噶尔汗国一直利用沙俄来制衡雍正，当时雍正也不想陷入一面对沙俄作战，一面又要对付准噶尔骑兵的双面作战情况中，因此雍正对沙俄和准噶尔汗国都是一忍再忍。
到了雍正五年（1727年），策妄阿拉布坦病逝，雍正趁此机会接触沙俄，希望沙俄的女皇叶卡捷琳娜一世尽快签署明确中俄中部边界线的划分条约。叶卡捷琳娜一世也想趁机在谈判中占尽清朝的便宜，于是她一面表现出欲扶持策妄阿拉布坦之子噶尔丹策零与清政府开战，又一面又表现出也想尽快与清政府明确边境划分。
在这种情况下，清朝与沙俄签订了《布连斯奇条约》，在这款中俄条约中沙俄占到了比和康熙签订的《尼布楚条约》更大的便宜。不过清朝也就此杜绝了中俄边患问题。此后沙俄对准噶尔汗国的支持从明面转到了暗地里支持。
在搞定沙俄之后，雍正获的消息，噶尔丹策零组建了炮兵队，还主张不与沙俄亲近，同时组织军队准备侵扰清朝边境。在这种情况下雍正采纳了大学士张廷玉的意见，决定趁噶尔丹策零立足未稳之际主动出击防御。
雍正七年（1729年），雍正以黑龙江将军傅尔丹为靖边大将军，率三万满蒙八旗军从北路发兵讨伐噶尔丹策零；又任命川陕总督岳钟琪为宁远大将军统率汉八旗三万余人从西路发兵讨伐噶尔丹策零。
清军两路大军势力强盛，噶尔丹策零当时并没有集结大批兵力，因此狡猾的噶尔丹策零使出了缓兵之计，雍正八年（1730年）他主动向雍正求和并将之前逃到准噶尔汗国境内的发动青海叛乱的罗卜藏丹津献给了雍正，于是雍正命令傅尔丹和岳钟琪暂缓进兵，并召二人回京商议前线军务。
噶尔丹策零一听说清军主帅被召回京城，这一下他就来劲了，他立刻派出了两万骑兵奇袭了西路清军的后勤补给基地科舍图马厂大营，岳钟琪所统率西路军的军马辎重被噶尔丹策零劫走大半，粮草几乎被毁，损失惨重。
相对来说傅尔丹的北路清军大营还比较平和，不过这只是暴风雨的前奏而已，后来损失最惨重就是傅尔丹所统率的北路清军。
噶尔丹策零如此挑衅清军，傅尔丹和岳钟琪把前线战报报告给雍正，这让雍正也十分震怒，于是雍正下旨两路大军继续进军准备围攻噶尔丹策零。
雍正九年（1731年）傅尔丹率军进驻科布多（现今外蒙科布多省），这个地方属于外蒙的要塞地区，傅尔丹决定在此处修筑城塞作为大军驻扎基地。
噶尔丹策零得知傅尔丹进驻科布多并修筑城塞，他就决定要引诱傅尔丹主动出兵，于是他使用了诈降计。
噶尔丹策零先是派手下故意被清军抓获，然后假意投降，并向傅尔丹交代出假消息准噶尔部集结了3万大军准备分兵两路进犯北路清军大营，一路大军已到附近，还在等待另一路大军到来。
傅尔丹果然中了诈降计，他把这个假消息信以为真，于是他打算利用噶尔丹策零军队未集结完毕之际，出其不意奇袭噶尔丹策零的大本营，这样就能一举击溃噶尔丹策零，那自己也就立下了头功。
因此傅尔丹传令命一万前锋部队沿着科布多河向西进发，自己则率大部队在后压阵，并留下五千人马镇守科布多河以东准备切断准噶尔军队的通道。按照傅尔丹的部署来看战略确实很不错，但前提得是他获得的是真消息，不过很可惜他中了诈降计。
噶尔丹策零为了继续引诱傅尔丹军队冒进，他又故意让手下被傅尔丹军队抓获，然后故意告诉傅尔丹准噶尔军队有两千余人屯驻在博克托岭，傅尔丹听后急令前锋部队进攻这两千余准噶尔军队，其实这两千军队是噶尔丹策零的弱兵诱敌之计。
这两千准噶尔军队与傅尔丹的前锋部队一触即溃，随后傅尔丹率主力军与前锋部队会合共同追击败逃的准噶尔军。随即清军追击进入到了博克托岭大峡谷，傅尔丹到了这里之后才知道中了噶尔丹策零的诈降诱敌之策，准噶尔军队在博克托岭大峡谷埋伏了两万铁骑，这两万蒙古铁骑如天神一般突然冲了出来，清军立刻阵脚大乱。
傅尔丹所统率的清军一瞬间就被噶尔丹策零的准噶尔铁骑包了饺子，傅尔丹知道中计赶紧传令军队向和通泊一带撤退，清军奋勇杀出准噶尔的包围圈向和通泊逃去。
和通泊是博克托岭大峡谷周围的一片溪水绿地，傅尔丹打算让军队向这撤退就是为集结军队再往科布多撤退。
噶尔丹策零当然不会放傅尔丹跑回科布多，清军在科布多建设有城塞，准噶尔骑兵善于野战而短于攻坚，噶尔丹策零千方百计诱使傅尔丹出兵就是为了将清军引诱到博克托大峡谷发挥准噶尔骑兵野战的优势，所以他是决不允许傅尔丹跑回科布多据城抵御的。
仅用了三天时间噶尔丹策零就追击上了傅尔丹，当时清军驻扎在和通泊，还在等待陆续撤回来集结军队，但噶尔丹策零却早已追至，他根本不给傅尔丹安营扎寨的机会，充分发挥了准噶尔骑兵机动性强的优势，直接奇袭了清军。
清军突围出博克托大峡谷时就已经付出惨重代价，这时正是残兵败将士气低落，还没来得及休息又被准噶尔军追击上，所以这一战注定了曾经盛极一时的满清八旗军惨败。
在这次和通泊之战中清军四位将军临俘自尽，一位副将和七位王公大臣在混战中当场阵亡，傅尔丹带来的三万余满、蒙八旗军死伤殆尽，只剩两千余人保护傅尔丹拼死杀出重围，可以说北路清军被噶尔丹策零打的是几乎全军覆没。
由于傅尔丹率领的都是满、蒙八旗军，绝大多数将士都死在了和通泊之战中，这导致了当时京城殡葬行业异常火爆。
这就是因为京城旗人最多，八旗制度是战事一起，八旗子弟全民皆兵，当时京城很多八旗家族的子弟都上了战场，而八旗子弟既有钱还非常好面子，家里面出了这种为国捐躯的亲人，自然要将其风光大葬，所以这直接导致了京城中殡葬行业异常火爆。
傅尔丹全军覆没也导致了西路岳钟琪军队独木难支，虽然岳钟琪比傅尔丹更加沉着冷静没有中计，岳钟琪更是一度攻占了乌鲁木齐，但由于清军补给不到位，岳钟琪所部军队攻进的太深入了，因此岳钟琪最终遭到噶尔丹策零偷袭补，岳钟琪在哈密之战中被噶尔丹策零击败，给功亏一篑。
和通泊之战让雍正十分震怒，此前在雍正八年时，雍正就因为最得力的助手怡亲王胤祥去世大病一场，几乎险些丧命，当时已经宣召张廷玉等重臣面谕遗诏了，但后来雍正又挺了过来，太医告诫雍正一年之内要保持心态平和，不可动怒。
结果一年后又发生了和通泊之战清军全军覆没，这让雍正十分恼火，雍正这一番大怒也险些导致他旧疾发作。因此傅尔丹和岳钟琪下场非常惨，兵部为了平息雍整怒火，建议将傅尔丹和岳钟琪斩立决，以儆效尤。
不过雍正并没有因怒将二人诛杀，他念及傅尔丹与岳钟琪之前的功绩，将二人的斩立决改成了斩监候，就这样二人一直被囚禁起来，直到雍正去世，乾隆继位之后才将二人赦免，后来二人又被乾隆重新启用官复原职，岳钟琪更是为乾隆的十全武功做出过一定的贡献。
傅尔丹和岳钟琪的战败后，虽然雍正换了主帅，将二人抓了起来，但这也让清军压力非常大，傅尔丹有勇无谋战败还说得过去，岳钟琪却是雍正朝最为智勇双全的大将，岳钟琪常年在西北前线任职，曾经跟随胤禵击退过策妄阿拉布坦还配合年羹尧平定了罗卜藏丹津叛乱，可以说岳钟琪是年羹尧因恃宠而骄被赐死之后雍正在西北最为倚重的大将。
岳钟琪对阵策妄阿拉布坦时几乎是屡战屡胜，但这时却败在了策妄阿拉布坦儿子噶尔丹策零手下，一时之间仿佛整个大清都没人能奈何得了噶尔丹策零一般，这让雍正十分苦恼，雍正开始十分重视准葛尔汗国的问题，雍正认为对噶尔丹策零“若不迅行扑灭，将来必为蒙古之巨害，贻中国之隐忧”。
在雍正苦恼之时，他突然想到了一个人，这个人就是康熙第十女固伦纯悫公主的丈夫也是雍正的妹夫固伦额驸博尔济吉特·策棱。
