珊瑚的颜色与其共生的藻类有关，如虫黄藻。当珊瑚中共生藻的数量减少时，会造成珊瑚白化。所以珊瑚骨本身的颜色往往是白色，有少量的蓝色和黑色。珊瑚表面有可以调节光线的彩色荧光色素，对珊瑚共生藻的影响和珊瑚对不同光暗环境的适应有重要作用。
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