菊粉是由果糖经β－１，２连接而成的线性直链多糖，末端常带有一个葡萄糖，聚合度ＤＰ通常为２～６０之间，菊粉实际上也是多种不同聚合度果聚糖的混合物。聚合度较低（ＤＰ＝２～９）的果聚糖通常称为低聚果糖，聚合度１０～３０的果聚糖通常称为多聚果糖。工业化生产的菊粉主要是从菊苣中提取并精制得到，而低聚果糖是以菊粉为原料，经酸解或菊粉内切酶的酶解而生成。
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