南京医科大学图书馆现有五台校区和江宁校区二处馆舍，建筑面积约2.5万平方米，设有阅览座位2000余席。实行“大开间，全开架，查、阅、借、藏一体化”的“大开放”的服务模式，阅览室每周开放93小时，全天24小时开放网上资源。在借阅服务基础上，开展代查代检及原文传递服务；查收查引、查新服务；学科服务及定题服务；各类信息资源培训服务等。南京医科大学图书馆目前拥有纸质文献91万余册，数据库52个，中、外文电子图书72万余册，中、外文全文电子期刊约38000余种。馆藏书刊以基础医学、临床医学、口腔医学、预防医学、药学、生物学为收藏重点，同时收藏化学、数学、物理学、计算机、管理学、社会科学及文艺类书刊等。