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上海交通大学医学院图书馆前身是1952年全国高等医学院校院系调整时，以原震旦医学院、圣约翰医学院和同德医学院的图书馆医学书刊为基础组建而成的原上海第二医科大学图书馆。并在两校合并后，正式命名为上海交通大学医学院图书馆，同时也称为上海交通大学图书馆医学馆。图书馆现总建筑面积达10199.50㎡。其中，阅览室3215㎡，设有阅览座位687个，包括四个主要供信息共享的专题阅览室、一个电子阅览室和一个古籍阅览室。总藏书量约为56.88万册，拥有医学类电子文献数据库35个，医学及相关学科电子全文期刊4000余种

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