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启动序列 一招搞定启动子序列查找

在研究基因转录调控的过程中,研究者往往需要构建某一基因启动子的荧光素酶报告质粒或预测与某一基因启动子结合的转录因子。

有很多网站可以找到启动子序列,比如pubmed,ensemble,UCSC等。,但是这些网站太强大了,装不下,还很迷茫,浮肿。不用担心,这里有一个超级友好的网站,可以快速简单的找到启动子序列,即:

真核启动子数据库

EPD是一个非冗余的真核POL II启动子子集,其转录起始位点已通过实验确定。该数据库包含来自几个真核物种的启动子信息。具体操作方法如下:

步骤1

打开网站

网址可以通过搜索引擎直接搜索,也可以在“生物大师”后台对话框回复“EPD”。

步骤2

输入被搜索基因的基因名称(此处基因名称指基因符号,是基因的正式名称),选择物种,点击搜索

步骤3

点击你想找的基因

步骤4

进入被检查基因信息的详细信息界面

步骤5

在检索序列下输入您要查找的启动子序列的起始和终止位置,然后单击获取序列。

同时还可以在搜索模体下拉菜单中找到TATA-box、GC-box、CCAAT-box。

这样就找到了启动子序列。要知道转录因子怎么预测,请听下分解~ ~

学霸福利芯片实验技术总结及相关细节。

图片来源:小草

标题图来源:丁香通行证

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