1.杀菌程度。灭菌程度是一次性口罩灭菌和不灭菌的区别之一。虽然两者都是在无菌车间生产，但无菌口罩的灭菌程度和标准会远远高于非无菌口罩，生产无菌口罩的车间的无菌水平会高于非无菌口罩。
2.微生物指标。一次性无菌口罩和非无菌口罩均为一次性医用口罩，均按YY/T 0969生产。然而，它们有不同的微生物指标。无菌口罩要求无菌，非无菌口罩对微生物要求有限。
3.保护效果不同。非无菌口罩是普通防尘口罩，不能有效帮助隔离细菌和病毒，只适合一般雾霾天，防尘防风。无菌口罩消毒后可杀灭或清除病原微生物，使其无害化；由于呼吸阻力小，滤料吸附力强，能有效隔离污染源。
4.医用口罩由口罩本体和紧固带组成，口罩本体分为内层、中间层和外层三层。普通医用口罩是常见的四层、八层、十六层等规格的纱布口罩。
工厂和车间广泛使用非无菌口罩。它们也可以在烟雾弥漫或刮风的天气里佩戴，而消毒口罩主要用于医院。
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