【河马君】EVA，一个神一般的动漫

前言：我想写一篇对EVA(新世纪福音战士)的解释和分析文章。

一方面是因为对EVA发自内心的喜欢；另一方面也是因为EVA的故事背景过于宏大、深度吓人，导致目前市面上能找到的几乎所有攻略都是逻辑矛盾或残缺的，导致很多人（包括我自己）看了很多很多遍，却依然不敢说能讲清楚EVA。只把EVA当做机甲战斗的中二动漫，会令人感到非常惋惜和遗憾。此文历时2个月，搜集查阅各种网络资料几十万字，整理出一份前后逻辑条理清晰的EVA故事架构，全文超过2万字，完成后心里顿时踏实了很多，致敬那些年的青葱岁月，这里分享给大家，欢迎关注、分享、讨论。

《新世纪福音战士》又称EVA，也许你没看过，但大概率你听说过。2009年7月，由日本文化厅所举办的“日本传媒艺术100选”中，《新世纪福音战士》被票选为史上最经典动画。如果你不熟悉剧情，至少应该看过绫波丽的笑：

或者碇源堂托腮：

无论如何，这是一部神作，是一部突然间将动漫的艺术水平提高了很多层次的神作。在之前，大家对于动漫的定位是比较低龄、简单的，但从EVA开始，动漫开始涉猎心理学、意识流、心里分析、宗教、哲学等领域。

一、背景介绍

EVA由庵野秀明（庵野老痞子）执导，于 95-96年上映，其在电视上一经开播便掀起了日本动画业的新高潮，成为了日本动画史上“动画三大浪潮”之一（《宇宙战舰大和号》，《机动战士高达》，《新世纪福音战士》）。

庵野老痞子创造的是一个科技先进但是荒凉的世界，主角都不是那么的正能量，表面上是酷炫的机甲战斗，但几乎每一次都是在消极、孤独的主角心上插刀子。

我在这个动漫里获得的成长是这样的：小学每天盼望着放学，回家打开电视机看初号机暴走打怪兽；大学了，重刷电视版+剧场版，才慢慢体会到这不是传统的机甲动漫，而是一个神学范畴内对于生命价值的思考；工作了再刷，每一个鲜活的人物貌似都出现在我的性格里面，淀真嗣的消极、明日香的自大又自卑、绫波丽的内心空洞、碇源渡的狠与爱，美里的执着与伪装……

二、EVA故事背景和设定

EVA目前有很多版本，建议你先看95年的电视版本，一共26集。然后再看老剧场版两部：《死于新生》和《Air/真心为你》。虽然老版本后面有一些瑕疵，16集以后就能感觉到经费不足而导致动画的制作有些过于偏意识流。但这个观影顺序是目前比较完整的EVA故事体系，有始有终。2007年开始推出新剧场版，虽然制作精良，场面宏大，但是故事线和结局已经与原作偏离，建议先看老版本，新版本可做补充。

EVA的动画剧情起源于希伯来圣经，也就是犹太教的《旧约》。《旧约》后来被基督教吸纳为《圣经》全书的前部分，而《圣经》后一部分称为《新约》。

（1）使徒和人类是怎么来的？

很久很久以前，第一始祖民族出现，他们在名为“月”的载体中放入了生命的种子。之后产生了一颗“生命之树”，生命之树生长到了最顶点，并最终产生了人类的祖先，Adam（亚当）和Lilith（莉莉丝）。他们是世界上存在的雄体和雌体的最高形式。

而后生命之树瓦解，剩余的部分根须，便化成了朗基奴斯之枪。朗基奴斯之枪也就是后来的“弑神之枪”（名字是来自《圣经》，根据《圣经》记载，当耶稣被钉在十字架上，一名百夫长用枪刺伤了他的侧腹。这名百夫长就叫做朗基努斯），在《EVA》中朗基努斯之枪是唯一可以直接穿过A.T.Field（也称为心之壁）并有效杀伤使徒的武器。生命之树从此不再存在，但生命之树中的“光和水”，即能量与传输物质，构成了人类的灵魂。

46亿年前，亚当（被称为第一使徒）位于白之月中并伴随着一颗陨石撞击到远古地球。撞击后，白之月掉落在南极区域。同时，亚当繁衍出第三至第十六使徒并将其分散到地球各处，以准备在日后能够相互融合。

40亿年前，莉莉丝（被称为是第二使徒）位于黑之月中并同样伴随一颗陨石撞击到了地球。撞击后，大部分陨石被地球引力俘获并形成了月球，而黑之月则在碰撞中掉落在日本区域。莉莉丝和黑之月撞击地球，引起了第一次冲击。受第一次冲击影响，亚当及其他刚准备活动的使徒再次陷入休眠状态。莉莉丝是亚当的第一个妻子，但她是个魔女，后来和撒旦生下了恶魔之子lilin（指的就是人类）。按这个设定，人类的存在是有罪的。

（2）使徒和人类有什么区别？

使徒是亚当的后代，而人类是莉莉丝的后代。使徒获得了生命之果（即S2机关，可以不进食生存，自我再生），使徒拥有完整统一健全的心灵；而人类获得的是智慧之果，人类的A.T.Field（心之壁）的力量微弱，不足以维持一个总形态，只能分化瓦解以不同的个体形态存在着(心之壁这个概念很重要，后面会跟大家再说明下)。

简而言之，人类是“莉莉丝”的分身，而使徒则是“亚当”的分身。

（3）第一次冲击（First Impact）

莉莉丝和黑之月撞击地球引发了第一次冲击。第一次冲击的影响：首先，亚当及其生出的使徒次陷入休眠状态；然后，莉莉丝释放出LCL之液混入海水中之后，繁衍出了万物，也包括第十八使徒LIlin（人类）。简单来说，人类其实是原本不应该诞生在这个星球上的。所以，第一次冲击也可以称为人类的起源。

（4）死海文书：究竟讲了什么？

诞生不久，仍处蒙昧的人类各奔前程，其中有一些智者还知道曾经发生过的事情，这些事情被作为传说写进了死海文书。时光飞驰，当年的第十八使徒——人类，足迹已经遍步地球，凭借智慧发展出高度发达的文明，并以世界的主人自居。然而“心之壁”使人与人之间产生隔阂，心灵中充满冷漠与悲哀，孤寂感迫使人类开始寻找新的生存之道……

公元1947年，在约旦溪谷的洞窟中，一些吉普赛人偶然发现了死海文书，震惊了考古学界。其破译工作持续了很多年，终于取得成功。其记载内容令人震惊，不但指出人类与使徒的起源，还指出将来某一时刻由Adam与Lilith所生的必将归还本体（可以理解为新的轮回，重启），重新生长出生命之树并产生新形态的生命体（成神）。

在“死海文书”中有如此一段：“在2000年后的一天，古代的贤者会与LILITH进行事先约定好的仪式，届时所有的人类将会回归虚无。”（这段的确是摘自犹太教的典籍，绝对不是作者瞎编的），“古代贤人”所指的就是ADAM。

死海文书的规定补完成“神”所需要的部件：

Adam的身体和魂，Lilith的身体和魂，朗基努斯之枪，能控制补完过程的个体意志（Adam的魂）。（同时拥有生命果实与智慧果实）

死海文书中还预言智慧生物的人类最终会叛变Adam，篡夺补完的实际指挥权，改变其进程，因此将人类列为第18使徒——杀害第17使徒的使徒。

朗基努斯之枪——能穿透任何形态存在的AT力场，不会磨损，不会复制的永恒存在——代表神的意志、身份证明，是整个过程中的关键零件，可以看成是启动停止补完计划的“钥匙”。朗基努斯之枪在死海被发现，约在2000年6月打捞运往『白之月』的Adam所在地，后在2015年运往『黑之月』的所在地。

个体意志（17使徒）：未知，但按照死海文书的记载会在『约定之日』到来。

（5）整个故事背后的设定

设定1：生命会不断轮回，这是整个EVA背后的故事大背景。生命之树诞生了亚当和莉莉丝，而他们后续又繁衍出了使徒和人类，但后续使徒的目的是不断想办法回到亚当，跟亚当融合，回归生命的本质，重新诞生生命之树。但传说中是恶魔的子嗣的人类，因为智慧和心之壁的原因，却各怀鬼胎，并制定出了很多不同计划应对死海文书的预言。

设定2：使徒和亚当结合或者分离会产生巨大能量，引发冲击，这个能量是毁灭世界级的。

设定3：人类是莉莉丝与撒旦的后裔，所以人类的存在是有原罪的。使徒的目的是回归亚当，一方面引发第三次冲击毁灭罪恶的人类，同时与亚当融合后，成为新的生命形态，或者说成为神。

设定4：死海文书的预言，将来某一时刻由Adam与Lilith所生的必将归还本体，生命之树重启，产生下一次轮回。在这个预言时刻到来之前，使徒一定会苏醒来与人类为敌，人类要顺利完成回归就必须在此之前消灭全部使徒。

简单来说，就是生命终将轮回，使徒想要回归亚当引发第三次冲击毁灭罪恶的人类，但人类因为智慧和心之壁的存在，具有独立的意识，分化成了目的不同的群体，有的想要回归莉莉丝赎罪（Seele组织），有的想要自己成神（碇源堂），有的想要让人类永远存在下去（碇唯和剩余大部分的普通人）。由于心之壁的存在，人类的心灵所想是互相不可知的，这个设定成为了故事交叉矛盾的关键。（这个设定多么像三体）

二、EVA剧情故事线

1999年，当人们为“千禧年”的到来而雀跃欢呼的时候，任教于京都大学的冬月幸增教授与碇唯相识。不久之后，碇唯便将自己的男友六分仪源堂介绍给冬月教授。据说，源堂正在借与碇唯交往的机会，试图接近她背后的神秘组织SEELE。

2000年9月13日，在南极大陆上发生了一起给地球带来巨大浩劫的异变，造成海面水位上升、地轴扭曲。如同恐龙灭绝的传说，巨大的陨石撞击地球之后灰尘遮盖天空，造成全球性气温下降。经济崩坏、民族纷争、内战……世界人口急速减少，只剩下原来的一半。南极，成为了宁静的残亡地域。人类，并未象恐龙那样灭绝，但复兴的工作，却无比严峻。史称“第二次冲击”。

2001年，故事的男主角碇真嗣诞生。

2002年，源堂和冬月为了调查第二次浩劫的起因前往南极。联合国正式发表公告，称2000年9月13 日的世界规模的大灾害，是由于有超光速数倍的大质量陨石，冲击南极大陆所引致，其破害性相当于40亿年前的地球与小行星的撞击。但对于造成第二次浩劫的原因，却无人知晓。现实毕竟难以掩盖，在专家圈内，流传着一些保留下来的照片，在冲击造成的光影中，有一个巨人般的影像。也有在南极等地的幸存者称，在冲击波浪的中心，有数对巨大的翅膀。

2003年，联合国完成了对南极的调查，根据调查结果设立了位于箱根的人工进化研究所。冬月首次探访人工进化研究所，之后开始协助源堂。在人工进化研究所的地下有个广大的球形巨大空洞，而NERV本部就利用这个空洞而建造。此时，E计划始动，零号机也开始建造了。

2004年，进行了EVA启动实验，在幼小的真嗣面前，发生了事故，真嗣的母亲唯在实验中消失，拯救计划失败。自从唯的事件以后，没多久，源堂决定转移实行《人类补完计划》（在这之前的他们，其目的只是实行E计划而已）。

2007年，美里和加持分手。

2008年，赤木博士完成了MAGI的基础理论。跟随着母亲尚子，律子加入研究所，成为主要执行人。

2009年，葛城美里加入研究所。

2010年，NERV的中枢电脑MAGI完成的当日，开发者赤木尚子在掐死第一个绫波丽后自杀。人工进化研究所经过改编，成为了新的秘密组织NERV。

2012年，在参拜母亲的陵墓时，真嗣在其父的面前逃离出走。自此以后一直到2015年真嗣都未曾和源堂见过一面。

2014年，第二个绫波丽转学进入第3新东京市地壹中学校内。

2015年，使徒袭来！从第二次浩后经过了15年，人类总算能重新繁荣来。EVA已有3台可以实际使用了，而后也发现了三位14岁的少男少女可以担任EVA的驾驶员，人们不得不把未来的希望寄望在他们身上。面对重现的使徒们，肩上背负着人类存亡如此重大命运的少年们的战争现在开始了。

三位14岁的少男少女不断打败使徒后，终于迎来了最终的审判。

三、EVA真实故事线及各方势力的目的

上一节的剧情故事线是动漫里的故事线，但是你刚开始看，可能并不一定能看得很明白，接下来我以真实故事线及各方势力的目的来描述下整个故事：

远古，亚当位于白之月中并伴随着一颗陨石撞击到远古地球。撞击后，白之月掉落在南极区域。同时，亚当繁衍出第三至第十六使徒并将其分散到地球各处。

『白之月』——生命果实——在漫长的岁月中繁衍成数量极少的个体（LCL＋S2机关＋AT力场），个体无法复制，无法借助同类分辨自我，形态千奇百怪，使徒正是由此而来，其中第17使徒（渚薰）具有亚当的魂，是一个身份特殊的使徒（LCL＋S2机关 + 亚当的魂＋AT力场）。

莉莉丝位于黑之月中并同样伴随一颗陨石撞击到了地球。撞击后，大部分陨石被地球引力俘获并形成了月球，而黑之月则在碰撞中掉落在日本区域（后在此建立第三新东京市）。

『黑之月』——智慧果实——和Lilith的身体一起，繁衍出无数的智慧生命Lilin（LCL＋Lilith分散的魂＋AT力场），这些生命借助其母亲和彼此来确认自己的形体，即将AT力场具体化，即人类的由来。

莉莉丝和黑之月撞击地球，引起了第一次冲击，之后人类诞生。受第一次冲击影响，亚当及其他刚准备活动的使徒再次陷入休眠状态。有一些智者将曾经发生过的事情，作为传说写进了死海文书。

1947年，人类在死海偶然发现了死海文书和朗基努斯之枪，对其内容的破译解读令人震惊，不但指出人类与使徒的起源，还指出将来某一时刻由Adam与Lilith所生的必将归还本体（可以理解为新的轮回，重启），重新生长出生命之树并产生新形态的生命体（成神）。而Adam与Lilith所生归还本体时，会引发第三次冲击消灭世界上现存的生命。

死海文书的发现和解读，让人类了解到了自己的起源和未来将要发生的事情。联合国封锁了死海文书传递的信息，他们反对使徒回归亚当引发第三次冲击，希望按照人类自己的意志生存下去，并想进一步得到Adam、Lilith的科技奥秘（S2的动力，AT力场的作用）。于是联合国（UN）对死海文书中所述事件进行调查，调查进行得意外顺利，联合国（UN）方面很快就在南极和日本发现了装载Adam和Lilith的两个巨大垂直空洞，不管这是古代巨人、外星人遗迹、还是“神”，消息很快被封锁，并将此列为绝对机密。并且后续分两条线走——南极考察队和人工生物进化研究所。

同时迷之宗教组织Seele（在德语中是“灵魂”之意）成立，他们认为现在的人类是罪恶的，人类的心灵不应该是分布在一个个弱小的个体里。人类目前的形态存在是不完整的，需要想办法回归到一个无分彼此的完整灵魂，所有人合而为一，成为单一生命体。这个过程也是赎罪的过程。

于是Seele制定了“人类补完计划”：人类（无论是肉体还是心灵）都是由脆弱的物质构成的，非常容易受到伤害，而在人与人之间，心灵的世界是彼此隔绝的，要使人类向更高的领域进化，就必须使人的心灵摆脱躯体的束缚，重新回到人类的诞生之地“莉莉丝之卵”中。唯有如此，才能最终拆除人与人之间的心灵屏障，使不同的心灵世界能够相互补充，走向进化的终点——引领人类回归原始。

Seele后面成立了GEHIRN人工生物进化研究所（NERV的前身），同时在全世界招收研究人员，其中有一名是在日本京都大学从事研究工作的女学生碇唯，在1999年她所写的形而上生物学（关于人如何形成的理论，或者叫人造人理论，按照形而上生物学的说法，只要用光和水就可以合成人形）研究报告引起了生物学教授冬月的注意。同时注意她的还有一心要接近Seele的六分仪源堂，他只用了几个月时间就把唯泡到手，并由此也进入了Seele组织成为第十三位成员（这个数字注定他是背叛的犹大），后面六分仪源堂改名叫碇源堂。

根据死海文书，里面记载了亚当和朗基奴斯枪，并且预言了在不久的将来，使徒们会从休眠中醒来活动，而使徒一旦和亚当接触，便会引发人类灭亡的“第三次冲击”。Seele的“人类补完计划”的目的是人类自己回归莉莉丝，成为一个拥有完整灵魂的生命体，而不是被使徒引发的第三次冲击团灭。

2000年发现了白之月，里面有沉睡中的亚当。联合国向南极派遣了葛城考察队，葛城博士的计划：对于如何启动Adam，提出了Super Solenoid的理论，即S2理论，葛城认为，想要阻止使徒和Adam融合后产生的巨大能量，可以通过S2理论提供的方法将Adam身体里的能量平缓的释放出来，再将Adam还原为胚胎，以后即使发生融合也无法给人类造成大损失，在试验过程中可能需要用到朗基努斯之枪，于是把朗基努斯之枪运送到南极。

Seele派遣碇源堂加入了南极考察队，暗中收集S2资料以求在以后掌握补完的主导权，他在冲击前几日离开南极。南极实验中，因实验情况失去控制导致亚当（Adam）苏醒并释放其力量，张开翅膀，释放反AT力场，引起南极地区大爆炸，海平面上升，地轴偏转，大部分地区季节发生变化——第二次冲击。

引发第二次冲击的原因实际为人体接触实验——将人类的基因注入亚当。亚当以“光之巨人”的形态暴走，引发了世界级的灾难。Seele从死海文书中知道第二次冲击唤醒的不光是亚当，实际上所有使徒都已苏醒，只是它们还需要一段时间来积蓄能量。

葛城博士的女儿葛城美里，被其父亲牺牲自己救下，成为了第二次冲击后的南极考察队唯一生还者。后美里被南极打捞队所救，回到日本。年幼的美里患上了失语症，整整三年间没有说过一句话。

随后突然重新开口的美里仿佛是想把三年间没说的全部说回来，变成了一个十分聒噪的人。后来因为察觉到自己对父亲爱恨交加的感情，认为自己不能过正常人生活的美里与大学时代的情侣加持良治分手，带着为父报仇的情绪加入了NERV。加持良治后来加入了Seele，成为了一个神秘的角色。

2001年，第二次冲击之后的一年，男主角碇真嗣出生，并且所有EVA的驾驶员亦在这一年出生。

2002年，碇源堂和冬月（碇唯的老师，爱着碇唯）为了调查第二次浩劫的起因前往南极。

2003年，联合国和Seele完成了对南极的调查，根据真实调查结果设立了位于箱根的GEHIRN人工进化研究所（即NERV前身）。冬月首次探访人工进化研究所，之后开始协助碇源堂。在人工进化研究所的地下有个广大的球形巨大空洞，而NERV本部就利用这个空洞而建造。

联合国（UN）的计划是人类已经进化了自己，发展了自己的文明，应该朝前走，而不是回归，应竭力阻止补完的发生，阻止第三次冲击毁灭人类。

Seele则暗中开始执行神秘的三大计划，人类补完计划、E计划和Adam计划。

人类补完计划：拆除人与人之间的心灵屏障，使人的心灵摆脱躯体的束缚，让不同的心灵世界能够相互补充，走向进化的终点——成为永生的“神”（回到人类的诞生之地“莉莉丝之卵”中）。

E计划：为了消灭使徒并进行仪式，按照计划需要至少12台EVA。在当亚当计划开始之前是使用莉莉丝来制造EVA，但是在亚当再生计划开始后，二号机以后的EVA都是从亚当制造而来。

亚当计划：复原原始形态的亚当的计划。虽然也可以说是为了制造EVA（E计划）才复原的亚当，但Seele的赎罪仪式也有使用亚当来进行的计划（用渚熏）。而淀源堂为了自己的计划，也曾利用过亚当。

这里还要说明一下使徒的计划，使徒的目的是回归亚当引发第三次冲击毁灭罪恶的人类，因为他们是亚当的后代，可以看作拥有亚当的灵魂，使徒并不在乎人类补完计划，他们只想团灭人类。

简单来说，使徒的计划是回归亚当引发第三次冲击毁灭全世界；联合国（UN）的计划是阻止第三次冲击毁灭全世界，所以需要消灭所有使徒；Seele的最终目的是完成人类补完计划，所有人类回归一个主体，但不希望使徒团灭人类，那样人类只是灭亡，而没有得到心灵的补完；而E计划和亚当计划都是为了人类补完计划做的铺垫，并且对抗使徒的计划。一方面是需要创造出EVA和使徒战斗，避免使徒和亚当接触发生第三次冲击团灭人类；另一方面也需要为了执行人类补完计划的赎罪仪式而积累素材。

UN、Seele虽然最终计划不一样，但是在实行计划的过程中，有他们的共同点：制造EVA，抵抗使徒。从此，人工进化研究所GEHIRN开始逐渐向联合国执行机关Gehirun过渡（Seele成员拥有难以想象的权利和能力，可以操纵联合国决议），Gehirun又分为七个分部，分别在日本，美国，德国，中国，俄罗斯，澳大利亚，法国。UN决定先集合力量开发日本、美国和德国三个分部，EVA制造开始。

为了不同目的而加入人工进化研究所GEHIRN（后变为NERV组织）的人类，却恰恰因为人人都隔阂的心之壁，使计划在看似很有条不紊，却矛盾四起地前进中。

野心家碇源堂最开始的目的很可能是自己成为神，或者说创造神。和碇唯交往只是为了接近她背后的Seele。所以，他虽然表面上受Seele的指示在指挥NERV，但是在暗中他有着自己的成神计划。但后面却因为碇唯有着她自己的计划，故意导致EVA初号机实验发生事故，碇源堂发现自己其实是深爱着碇唯的，因此他也修改了自己的计划。

碇唯作为人类补完计划与E计划的主要实施者之一，暗中计划反叛Seele，她看清了Seele，也看清了碇源堂，她赞成Seele的表面目的——防止第三次冲击，但绝不赞成人类补完计划。她加入Seele其实是为了防止第三次冲击的发生，及研究如何用上EVA的技术，让真嗣（也可以说是全人类）活下来，人类得到“永生”，永远在宇宙中生存下去。

2003年，EVA的素体开始进入试验阶段，女主之一明日香的母亲惣流·恭子·齐柏林（Kyoko Zeppelin Soryu）是EVA计划德国分部的科学家。当明日香4岁时，参加了贰号机的同步实验，实验中发生事故，虽然她从这次实验存活下来，但是却被精神污染，发疯了。

2004年，碇唯利用初号机融合实验的机会，主动使自己的灵魂完全融合进了这部补完计划的重要工具中，以谋在关键时候阻止人类补完计划和取得S2机关。这样做还有一个目的，就是保护碇真嗣，作为母亲的碇唯，希望儿子能过普通人的生活。

碇唯曾跟她的老师冬月，说起过她的计划。冬月曾阻止过她，认为她没必要这么做，但她仍坚持这样做。还带真嗣来到现场，让他看“人类光明的未来”。冬月最终也没告诉碇源堂当年碇唯事故的真相——碇唯是以自己的意志留在EVA里的。后冬月加入NERV，协助碇源堂，但他加入的更大原因是碇唯。

同为人工进化研究所GEHIRN（后变为NERV组织）科学家的赤木直子，因为暗恋着碇源堂，一直在协助碇源堂做事。她并不知道碇唯的秘密计划，全力营救碇唯，但是碇唯拒绝回来，营救行动失败。

3岁的碇真嗣，亲眼看见母亲在实验中失去了物质形态。年幼的真嗣在对于死亡以及母爱还没有什么明确概念的时候，他的生活就此改变。碇源堂对碇真嗣也没啥父亲的情感，将他寄养在亲戚家，因此从小碇真嗣就觉得“我是一个不被需要的人”。

碇源堂对碇唯此举深感震惊，但他很快开始因势利导实行自己的一套补完方案，失去碇唯时才知道自己深爱着碇唯，所以碇源堂将计划调整成了自己成为神，和碇唯再相会。

碇源堂向Seele报告同步试验的结果，建议用人造人代替驾驶者，同时推荐冬月参与人造人计划，并以坚决执行人类补完计划的保证，以图换取制造人造人的关键资料。

Seele立场：他们对于联合国和其他组织并不放心，他们的确需要一个能在人工进化研究所GEHIRN（后变为NERV组织）忠实执行他们人类补完计划的仆人。碇源堂看起来是目前最合适的人选，因此同意了碇源堂的提议，附注两条：一是人造人属绝对机密，只有拥有进入Terminal Dogma权限的人才能知道（赤木直子和律子没有，葛城美里也没有）；二是人造人试验仅限于日本本部内。

一星期以后，碇源堂回到人工进化研究所GEHIRN，此时他已经拥有了自己的计划。碇源堂对冬月表明，要进行人成神的人类补完计划，但不是按照原来的剧本。新剧本为，融合亚当的胚胎，再和与莉莉丝本体融合，以达成“亚当与莉莉丝的禁断融合”这一冲击引发的条件，通过人造人（后来的绫波丽）来实施这个的计划。然后碇源堂自己成为引导补完的人，成为神一般的存在以创造一个符合他理想的世界来“和碇唯重逢”。

此后，通过各方面的努力，碇源堂成为E计划（UN的抵抗使徒的EVA计划）和A计划（Seele实现补完的Adam计划）的第一负责人，冬月成为第二负责人。这样，碇源堂未来变成了权倾一时的Nerv总司令。

这里得说明一下人类补完计划的条件，“亚当与莉莉丝的禁断融合”，但由于人类后面掌握了人造人和S2机关的技术，导致亚当和莉莉丝都是可复制的，因此人类补完计划也在不同目的的人类手里，有不同的方式。

人工进化研究所GEHIRN（后变为NERV组织）之后开始人造人实验和MAGI超级电脑的设计。

2005年，人造人实验初有成效，淀源堂在冬月的协助下，复制碇唯的DNA创造人造人的容器，然后准备加入其它受控制的灵魂。

2005年，葛城美里和赤木律子（赤木直子的女儿）在长野县第2新东京市的第2东京大学内相识，之后加持和美里相识。没多久，加持和美里开始同居。

2007年，美里和加持分手。

2008年赤木直子博士完成了MAGI的基础理论。跟随着母亲，赤木律子也加入了研究所，成为主要执行人。MAGI相当于NERV的大脑，由三大系统组成：MELCHIOR-1，BALTHASAR-2，CASPER-3，分别植入了赤木博士身为科学家、母亲与女人的人格。

2008年，明日香正想将自己获选为驾驶员的好消息告诉母亲时，却发现母亲已上吊自杀。

2009年，葛城美里加入研究所。

2010年，NERV的中枢电脑MAGI最终完成，当日开发者赤木直子也在研究所看到了第一个人造人——1号绫波丽。人造人计划也已成功，以人类的肉体（碇唯）+莉莉丝的灵魂，复制出了第一个绫波丽。碇源堂以“亲戚家的孩子”为借口，把她带在身边，主要目的是培养感情，有朝一日可以控制莉莉丝的灵魂，完成自己的“成神”伟业。

然而1号绫波丽并没有活太久，在MAGI系统完成之际，故意安排她用语言刺激赤木直子，导致对方情绪失控将其掐死，随后赤木直子自杀。赤木直子已经失去了利用价值，因此碇源堂选择直接丢弃。可怜的赤木直子，暗恋碇源堂而被利用，最终被人无情的抛弃，更可怜的是她的女儿赤木律子后面也步了她的后尘。

依据人造人理论创造出来的绫波丽，还是有很多的缺陷的，主要是在灵魂方面。首先，她无法自己成长，必须借助特殊的培养槽，来促使她的“身体”成长。所以动画中丽要定期回制造她的中央教条补充“营养”。

然后，为了使绫波丽体内那个不完整的莉莉丝灵魂控制AT力场使得她的身体是完整的，碇源堂、冬月和绫波丽自己都付出了很多的努力。为了使绫波丽不至于“变形”，冬月和碇源堂还为丽做了很多的“备份”，这些备份没有魂，是（LCL+AT力场）的组成，备份在培养液里，用制造凌波的心电图形维持其AT力场的形态。就算丽从NERV出来后，平时为了保障其安全，也安排她在几乎废弃的公寓楼居住，大概是为了防止被一般居民见到“液体人”突然溶化的恐怖场面……（作为莉莉丝灵魂的容器，绫波丽每次死亡之后可以将灵魂完全转换到一具新的克隆人容器身上，但记忆无法完全保留。）

2010年，人工进化研究所GEHIRN经过改编，NERV正式成立，EVA世界进入新的时期。

2012年在参拜母亲的陵墓时，真嗣在其父的面前逃离出走。自此以后一直到2015年真嗣都未曾和碇源堂见过一面。

2014年，第二个绫波丽转学进入第三新东京市地壹中学校内。

2015年，从第二冲击后，后经过了15年，人类依靠科技总算能重新繁荣起来。EVA已有3台可以实际使用了，而后也发现了三位14岁的少男少女可以担任EVA的驾驶员，人们不得不把未来的希望寄望在他们身上。面对重现的使徒们，肩上背负着人类存亡如此重大命运的少年们的战争现在开始了。

2015年6月14日下午12时30分，第三使徒出现，向人类的要塞都市——第三新东京市袭来，关东滨海区全戒严，战略自卫队机甲部队及N2雷（即No Nuclear无核武器，但威力不亚于核炸弹）攻击均宣告无效。碇源堂的机会终于到了，碇真嗣正在前来NERV的路上。

碇真嗣被碇源堂叫来NERV的表面目的是为了驾驶EVA初号机消灭使徒。这里需要说明下，A计划和E计划制造的EVA，它们是没有灵魂（初号机除外，初号机融入有碇唯的灵魂；二号机有部分明日香母亲的灵魂），所以需要适格者通过插入栓连接EVA，才能够驾驶EVA与使徒作战。

碇源堂想让完全没有意愿并且对他有些敌视的儿子碇真嗣成为EVA初号机驾驶员。真嗣开始当然是拒绝的，这时发生了两件事，一件是第三使徒在地面的战斗引起地震，天花板掉下很多建筑材料，眼看真嗣还没出场就要挂了，此时EVA初号机在没有插入栓的情况下竟然出手保护了真嗣。

另一件事，碇源堂（一向是不择手段）在劝说无效的情况下决定派遣重伤未愈的凌波丽驾驶初号机迎敌。

在看到凌波丽受到严重的痛苦折磨之后，碇真嗣对于价值底线的坚守战胜了自己的性格，他决定人生第一次尝试超出自己掌控能力的事情，于是他坐到了EVA初号机的驾驶室里，独自面对强大的未知之敌——第三使徒水天使。

开始当然是被爆锤的啦，第三使徒的攻击方式是由掌中发出光之枪攻击对手，并且可从眼状部位发射破坏光线。但是初号机为了保护真嗣的自身首次暴走，之后爆锤了第三使徒。

而后真嗣正式成为了EVA的驾驶员，进行着EVA的操作训练。同时也转学到第三新东京市的学校就读。认识了同班同学铃原东治和相田剑介。

第四使徒昼天使来袭，真嗣将从避难所里偷偷出来观战的东治与剑介救入插入栓。

第四使徒的两条触手有如两条高热的鞭子，能切割并溶解与其接触的物质。真嗣无视美里的撤退命令，用高振动粒子刀杀死了使徒。

第五使徒袭来，巨大八面体蓝色使徒，具备强力绝对领域和粒子炮，是攻守兼备的空中要塞。本体的下方还会伸出光子钻头，打算攻击地下都市。它以绝对领域来防御一切物理攻击，并立即使用粒子炮进行反击。

刚出击的初号机就遭到了高热加粒子炮的攻击，险些受到致命的打击。后被葛城美里制订的“八岛作战计划”，由初号机使用阳电子炮狙击，零号机防御，射穿了使徒身体，消灭了使徒。

凌波丽驾驶零号机执行防御任务保护真嗣驾驶的初号机进行狙击。击败第五使徒后，真嗣将丽从融坏的零号机里救出后，丽说：“对不起，这种时刻，我不知道该用怎样的表情面对你。”，而真嗣的台词是“我认为微笑就可以了”，然后，动漫史上最有名的微笑出现了。

由于EVA对付使徒的昂贵的维修费，而且常常造成重大的”灾害”，为此民间团体也推出了迎击使徒专用无人驾驶机器人JA。美里与律子也受到了邀请参加JA的发布会，律子对JA的设计及性能提出质疑，但是反被嘲笑EVA的功能不佳。但试运转中，JA突然陷入了不能操作的状态，美里单身冒着JA炉心熔解的危险，进入JA内部关闭系统，但JA操作系统的的密码，已被人修改。幸而在初号机的配合下，终于推出了JA的控制棒才幸免于难。这场看似意外的事件，美里心里却很明白，JA的暴走及被删改的程序，都是NERV所为。

赤木律子之所以会放心的让葛城美里去阻止JA，是因为她确信JA会在爆炸前恢复正常，因为结尾她说：“除了葛城一尉的行动外，一切都照剧本进行。”也就是说，没有葛城去阻止的话，JA一样会停止。葛城自己也说：“奇迹是被某人准备好的。”可见赤木律子也是一直在为碇源堂倾尽心力的执行计划。

从德国的NERV第三支部，送来了EVA二号机。在担负护送任务的太平洋舰队，美里与真嗣一行初次面对第二适格者明日香，此外美里以往的恋人加持良治也同乘返回日本。途中，舰队遭到水中的第六使徒鱼天使（拥有鱼的外型，适于水中作战）的攻击。明日香将真嗣拉入二号机驾驶舱后一同出击，但装配着无法进行水下攻击的B型装甲的二号机，很快就被使徒吞入口中。美里提出零距离射击计划，众人摆脱困境并将使徒歼灭。

明日香亦转入了真嗣所在的班（三大主角都在同一个班），成为了最受欢迎的人物。

在纪伊半岛海湾出现了持有分离合体功能的第七使徒音乐天使，配合不协调的明日香与真嗣，立即遭到戏剧般的攻击。经分析，只有同时击中分离的两个使徒核心才能消灭第七使徒。

于是，美里将明日香亦领回家来与真嗣同住，并进行协调统一的特训。

数日后在战场上，需要在62秒的音乐结束之前击溃使徒，两人配合完璧的“舞蹈”坚持至最后数秒时崩溃，但使徒已被消灭。从此美里、真嗣、明日香和企鹅PENPEN同住一个屋檐下。

在浅见火山熔岩中发现了第八使徒胎天使的幼体。由明日香来执行首次使徒捕获作战。二号机装备了耐热耐压的D型装备后潜入熔岩一千米以下成功地捕捉了使徒的幼体，但在上升过程中，幼体开始急速孵化成成体，状如古代的生物硬骨鱼，可在高温高压的熔岩里进行高速移动，是环境适应能力惊人的生物。作战计划不得不由捕捉更改为歼灭。在熔岩中苦战的明日香受到真嗣提出有关“热膨胀”原理的问题的启发，利用冷却液成功地消灭了使徒。

在一次实验中，NERV本部的电力供应忽然中断（人为破坏，来自人类阴谋破坏而陷入危机的NERV），仅有的后备电力被用于维持MAGI系统。正当NERV处于一片混乱时，第九使徒雨天使由海岸登陆。第九使徒为巨大的蜘蛛状生命体，探查到NERV本部的位置，并以强酸进行攻击，溶解了第3新东京市的装甲闸门，计划入侵地下都市。第三新东京市内的真嗣、丽与明日香，听到警报后，努力寻找可到NERV的通道。同时，碇源堂他们用自己的手为EVA的发进作好了准备。三机发射后，联合作战成功地击毁使徒。

在卫星轨道上出现了迄今为之最大的一个使徒第十使徒空天使，躯体成对称的几何形，而且它本身即是一颗威力巨大的炸弹。可以将部分身体从大气层中降下，加速以绝对领域攻击。它的本体，在探测到NERV的位置后照准加速坠落下来。

在碇源堂不在的情况下，美里制订了用EVA三机共同利用AT力场抵挡的计划并取得成功。为此，碇源堂从南极发回了贺电，表扬了真嗣，真嗣也因此找到了“乘坐EVA战斗的理由”——被父亲认可。

NERV本部在进行模拟体测试实验时，蛋白壁上发现异常，经MAGI判明为细菌规格的第十一使徒恐怖天使。该使徒能够急速分裂、增殖、进化，控制模拟体后开始侵蚀MAGI系统，并提速NERV自爆。

对此，律子进入MAGI尚未被侵蚀的CASPER3，依靠她母亲的残存记忆为使徒写入了进化（自灭，因为进化的终点是死亡）促进程序，之后使徒歼灭，即“进化的终点就是死亡”。

人类补完委员会召开了特别召集会议，对NERV的成绩作总结。对于使徒侵入一事，碇源堂予以否认。与此同时，机体互换实验正在进行中。丽可顺利乘坐初号机，但真嗣却受到了来自零号机的精神污染。又一次陷入暴走状态的零号机，拼命地攻击观察室的窗户。这样的情形，在美里的心里引起了不少的疑问，但律子却对于暴走的原因予以保留。近结尾时，零号机持着隆基努斯之枪走向莉莉斯。

在京都的废屋里与一个奇怪的女性交谈后，加持良治依旧执行他对NERV的侦探工作。第二日，真嗣与源堂一起来到唯的墓前，明日香则去应付约会。晚上，美里、律子与加持一同参加了友人的结婚宴会，在回来的途中，美里向加持吐露了自己的心声。翌日，在进行间谍工作的加持被美里发觉。于是，加持将她带到了被NERV隐藏的莉莉斯面前。到了这个剧本时，美里与加持的关系已经很明了了。依旧思慕加持的美里，在她面前，友人们结婚的事实使她动摇。加持与谜之女性的密会以及在类似于脑与脊髓装置中的丽，为这一话增添了神秘色彩。

第十二使徒夜天使来袭，这是一个球体状使徒，外表遍布黑白色条纹，但这个浮游在半空的物体，却不是使徒的本体，球体下地面上巨大可吞噬物质的黑影才是它的本体。真嗣驾驶初号机出击，结果被使徒的虚像所迷惑，落入了使徒本体的虚数空间。由于无法脱离，真嗣将生命维持系统打开，等待救援。十六小时后，生命维持到达限界，在模糊的意识中，真嗣似乎看到了母亲。另一方，律子打算牺牲真嗣来回收初号机，但使徒忽然被初号机撕裂开来。

EVA四号机的S2引擎搭载实验在美国进行，结果美国的NERV第二支部与其半径89公里以内的设施从此消失。剩下的三号机的启动实验，转至日本的松代进行，而且驾驶员将由新挑选的第四适格者来担任，而这个第四适格者是真嗣的同班同学铃原东治。

三号机运到后，美里也前往松代指挥启动实验，但她没告诉真嗣有关东治成为第四适格者的事。实验中，三号机失控，原因是被第十三使徒霰天使寄生。EVA三机出动拦截使徒，零号机与二号机相继被击败。真嗣得知三号机内有驾驶员后拒绝执行任务。于是源度命令打开初号机的DUMMY PLUG系统（可以代替适格者的“傀儡系统”，原理是将适格者的思维方式、记忆等备份并输入PLUG），将三号机撕成了碎片。

当得知三号机驾驶员仍生存而稍得安慰的真嗣看到工作人员抬出了奄奄一息的东治时，他发出了绝望的悲鸣。震怒的真嗣叫喊着要破坏NERV本部，各种暴踩NERV本部的金字塔设施。碇源堂立即调高了LCL的浓度使真嗣窒息昏迷，收回了初号机。

被逮捕后的真嗣决意再也不乘坐EVA了。但正当他准备离开NERV本部时，第十四使徒力天使袭来，二号机被破坏，零号机的特攻亦无效。在避难中，真嗣在瓜田中遇到了加持。在加持的引导下，真嗣再次坐上初号机，对已侵犯至发令所的使徒发起了猛攻，但在几欲胜利的瞬间，内部能源耗尽，完全沉默。就在真嗣又一次陷入绝望时，电源初号机再启动，以400%的同频率暴走将使徒击倒。并且，像野兽一样吞食着使徒的尸体，也就是在这个时候初号机获得了的S2机关。

同频率400%是真嗣的肉体与初号机融合的结果。经调查，真嗣已溶解于LCL之中。于是，律子忙着布置营救真嗣的计划，但似乎在十年前就已有过类似的营救计划失败。经过了一个月的时间，驾驶舱被打开，流得满地的LCL中，只有真嗣的作战驾驶服。而正当美里抱着真嗣的驾驶服痛苦万分时，真嗣的身体突然顺着LCL滑了出来。

两天后，加持与美里在旅馆中密会，加持将装有“最后的礼物”的胶囊，交给了美里。

Seele绑架了冬月，力图从他那儿了解NERV的真实情况。面对质问，冬月回忆起许多往事。1999年任大学讲师时初次见到碇源堂、2000年的“第二次冲击”、人口进化研究所、以前的学生、后成为碇源堂妻子的碇唯之死、赤木直子博士的死亡与NERV的诞生……不久，冬月被加持救出，但加持却被不明的人枪杀。

随着近来明日香的同步值不断下降，她担心自己被强迫调离EVA驾驶岗位的日子也会随即而来。于是，第十五使徒鸟天使出现时（全身发光，外型类似鸟类的使徒，是非物理攻击性最强的使徒），她便不顾命令主动出去迎击使徒。但在受到使徒的精神攻击后，她的精神几欲崩溃，无法作战。最后，在碇源堂的命令下，由绫波丽驾驶零号机使用隆基努斯之枪将位于卫星轨道上的使徒击溃。

第十六使徒袭来，直径一公里左右的环状带，外形可随意变化，只要与其接触到，连精神也会被其侵食的第十六使徒子宫天使将绫波丽的零号机捕获，而明日香因为同步值低下而无法操作二号机。于是，碇源堂启动冻结中的初号机去为丽解围。但是，丽为了保护真嗣，开启了自爆程序与使徒同归于尽。

而当真嗣正为此痛苦的时候，丽又出现在他面前。

当夜，因被元渡出卖意志消沉的律子，将真嗣与美里带到了制造丽的器械面前。

第三新东京市在多次经受使徒侵袭之后，到处是战斗遗留下来的废墟。在夕阳西沉的湖边，真嗣遇见了一位少年，他就是由Seele来的第五适格者－－渚薰。经过沟通，真嗣对这位少年产生了好感，但渚薰的真实面目却是第十七使徒。他带领着二号机，来到NERV地下的亚当处。但在追来的真嗣面前，他却要求真嗣将他杀死…

第十七使徒被消灭后，NERV的工作似乎已经结束，各个部门的职员们正在祥和的气氛中谈论以后的去向。这时，NERV本部突然遭到了战略自卫队的袭击。原来战略自卫队得到消息称NERV企图引发“第三次浩劫”，于是他们标榜着“保护全人类”的口号对NERV的工作人员进行了惨无人道的大屠杀。杀死了渚薰以后，碇真嗣无法再振作起来，整天沉浸在痛苦的思考中，无心去应付战略自卫队以及来自人类补完委员会的EVA量产机的攻击。

为了与碇唯再会而被制造出来的绫波丽，在与碇源堂约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。无论是作为容纳碇唯灵魂的容器或是“人类补完计划”的道具，她的命运也会就此结束（再生？），而已感到自我灵魂存在的丽的抉择是真嗣。

最终，莉莉丝把选择的权利交给真嗣：重新创造世界或所有人类融为一体。当所有人的AT立场消失后，人与人之间将不存在隔阂，这种世界正是极其内向与他人总是存在隔阂的真嗣所幻想的。认真地思考后，他终于明白，所有人类融为一体心灵间不存在隔阂虽然很美好但也是很虚幻的一种伪幸福，这是逃避现实懦弱的表现，原来的现实世界虽然痛苦但是更真实。