在线制图 最简单漂亮的免费在线生信绘图工具（收藏）

如果不想写代码，可以有一个力度很大的热图，还需要易用，可定制，并且得到矢量图。在看这个帖子之前，那是一个梦想，看完之后，你可以让你的梦想成真。

关于这个神器:圣心宝典团队开发的在线绘图工具E Chart已经开始面向公众beta，包括各种形式的热图、线图、直方图、盒子图、泡泡图、韦恩图、进化树、火山图、生存分析等等。

图形支持

设计并实现了14种常用于寿险分析的图形。(公测，无需注册)

整体界面

第一个条目是网站显示和图形演示界面。R中支持的颜色名称和代码在轮播图中紧密提供，方便绘图时查询和使用。用户可以点击右上角的按钮全屏查看。单击下面的每个演示图，进入相应的绘图页。

数据格式

根据绘图需要，输入数据格式支持宽格式和长格式两种格式。

Wide format是每列一个变量，更像是常见的基因表达数据，比如每行一个基因，每列一个样本，适合可读性好的矩阵。

Long格式最简单的格式是两列，一列包含所有变量类型，如上面提到的示例，另一列包含所有值。常见的基因表达矩阵从Wide格式转换为Long格式后有三列，一列是GeneID，一列是样本名，另一列(通常命名为value)是基因表达值，表示对应的基因在对应样本中的表达量。这种格式便于程序处理，也适用于不规则数据。

不熟悉本网站开头输入数据结构的用户可以尝试给定的默认输入数据，并根据其格式编辑自己的数据。注意将表类输入数据进行制表符分割。

绘图布局

图纸页面布局请参考下图，并提交数据和所需参数。如果您想调整布局并添加更多元素，可以在相应的部分进行有针对性的更改。成功绘制的图片将显示在页面底部，并提供下载功能。绘图后，可以继续调整参数，使绘图满足需要。

折线图

线图支持两种输入格式，基因表达趋势图使用通用的Wide格式，除了样本是行，基因是列，在Excel中很容易转置；如有必要，稍后将提供在线处理功能。

宽格式没有必需的参数。输入数据后，直接单击“绘图”进行绘图。

再复杂一点，添加标题，X轴，Y轴标题，调整图例位置，旋转X轴，得到正确的图形。(黄色字体是对应的参数，绿色文本是参数设置的值)

折线图还支持长表格格式。需要特别注意值列，列名必须是value。在这种格式中，有强制项需要指定哪一列是X轴的X轴变量，哪一列是分组信息(图例信息)的图例变量。同时需要指定X轴是数值型的连续还是字符串型的离散(数字可以当作数值或字符串，可以根据图形含义的需要选择)。然后可以点击Plot进行绘图。

此图可进一步美化，如增加垂直标记启动子区，横轴改为生物意义标记，线条更圆润不违背潮流，改变线条的颜色和排列顺序等。注意使用的符号是英文符号，颜色可以是名称(见首页颜色表)也可以是颜色代码(颜色参数旁边有调色板，可以获取颜色代码，写在颜色设置框中)。

浓缩分析气泡图

富集分析气泡图只需要输入Long格式的输入格式，这也是去东部之前推荐的网上GO富集分析工具的格式，最好是用GO和富集分析直接输入。

输入数据后，必须填写的参数有X轴类型、X轴信息所在的列名、Y轴信息所在的列名、点的颜色变量和尺寸变量。详见下图(黄色字体为对应参数，绿色为参数设置值)或根据网页提示填写。直接点击绘图进行绘图。

如果只有一组数据，X轴变量一般选择Genetic(连续变量)；在多组数据的情况下，X轴通常选择样本组(用于识别分组的列)。

这是另一种情况。生成用作X轴变量，样本组用作形状变量，改变点的颜色。

热图

热图的输入数据主要包括数据矩阵(宽格式)和注记矩阵(不需要注记)。

在最简单的情况下，只需输入数据矩阵，然后单击绘图进行绘图。

您还可以选择是按行还是按列聚类，在X轴上标记倾斜角，标准化和更改颜色。

设置颜色的方式有很多种，可以提供两种边界颜色(白色、蓝色(颜色类型设置为连续，表示最小值为白色，最大值为蓝色，生成一系列色标))；如果只有有限的数量，并且您想要单独指定颜色，您可以选择“颜色类型”作为“离散”。

另一个重要的功能是添加评论和改变评论项的颜色。添加评论相对简单。如果是行注释，文件第一列与数据矩阵第一列一致；在列标注的情况下，文件的第一列与数据矩阵的第一行一致，其他列根据分组信息自由标记。系统会自动为注释指定一种颜色，这通常就足够使用了。

如果要自定义颜色，就比较复杂了。根据图中的例子，需要给连续变量Count赋值一个颜色向量，也就是说Count列的值从白到红从小到大赋值。离散变量类型，您需要为每个值指定颜色。类型和计数是注释矩阵中的列名，需要根据需要进行修改。如果是离散变量，每个值也需要修改。

箱线图

只需输入数据矩阵，指定图例变量和Y轴变量。

稍微美化一下，调整图例位置，Box方向，x，y，Title等。，箱式

如果有数据的子组，需要同时指定X轴变量、图例变量和Y轴变量。

散布图

直观，指定哪一列是水平轴，垂直轴，用于着色，形状和大小(大小可以是一列或一个数字)

条形图

你只需要按照格式输入数据，就可以绘图了

如果需要显示误差线，需要使用长格式，指定哪一列数据是平均值，哪一列是标准差。

火山地图

至少需要2列数据，所以设置较低的阈值。

也可以提供计算出来的差异基因。如果你需要标记基因，你需要提供一栏(栏中所有非'-'都会被标记)

维恩图

直接上图

翻转视图

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