等位基因的分离一般来说发生于减数第一次分裂后期：同源染色体分离导致等位基因分离；但如果考虑交叉互换或者基因突变的话也可能发生于减数第二次分裂的后期或者有丝分裂的后期。
在杂合子细胞中，位于一对同源染色体上的等位基因，具有一定的独立性；当细胞进行减数分裂，等位基因会随着同源染色体的分开而分离，分别进入两个配子当中，独立地随配子遗传给后代。基因分离定律与基因自由组合定律、基因的连锁和交换定律为遗传学三大定律。
基因分离定律限制因素1、所研究的每一对相对性状只受一对等基因控制，而且等位基因要完全显性。
2、不同类型的雌、雄配子都能发育良好，且受精的机会均等。
3、所有后代都应处于比较一致的环境中，而且存活率相同。
4、供实验的群体要大、个体数量要足够多。
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