赵焱 武汉理工大学赵焱课题组开发脚本 MS建模一键获取VASP输入文件POSCAR

在本文中，我们推荐并共享一个脚本xsd2pos.pl，通过Materials Studio获取VASP输入文件POSCAR。该脚本由武汉理工大学首席教授赵岩在帮助学生解决VASP计算问题时编写，解决了POSCAR的其他间接和非人工获取问题。相比其他方法，这个脚本更方便，相信会给从事VASP计算的同行带来便利。赵岩老师，怀着哺育天下学子的情怀，希望与大家分享。

下面简单介绍一下它的用法和解决的问题。在这里，我就不把剧本的内容介绍给你了。会编程的朋友可以自学。

施用方式

这个脚本适合用Materials Studio建模获得POSCAR，操作非常简单。

(1)将xsd2pos.pl脚本直接拖到xsd格式文件需要转换成POSCAR的目录下。在示例中，我们将TiO2_single.xsd转换为POSCAR。

(2)打开xsd2pos.pl，将第12行引号中的内容重写为要转换的xsd文件的名称。

(3)点击上面紫色框中的三角形按钮运行脚本，然后生成POSCAR文件，如下图。

问题解决

这个脚本的诞生源于赵岩的学生在使用cel2pos.pl脚本和Vesta生成POSCAR时，无法有选择地固定原子。为了解决这个问题，赵岩老师花了半天时间为学生们创作剧本。不得不说，赵岩作为计算化学专家，虽然不费吹灰之力就做出了一个剧本，但在繁重的教学科研任务下，半天对他来说是宝贵的。

一般在构建表面模型时，需要选择性固定几层原子来模拟体相结构。

下图是TiO2(101)表面结构模型，我们可以根据Materials Studio的要求轻松固定原子。在这个例子中，用黄色标记的原子被选择性地固定。

图中是用大家以前都很熟悉的cel2pos.pl把cell文件转换成POSCAR得到的原子结构信息。不是所有的原子都是固定的，手工固定需要做很多工作。

另外，另一个常用的方法是使用Vesta生成POSCAR。用这种方法得到的POSCAR如下图所示，相当于cel2pos.pl得到的POSCAR

而且我们可以用xsd2pos.pl脚本直接把原子固定信息写入POSCAR。如图，这里要注意的是，为了动力学而选择性固定原子时，必须存在“选择性动力学”。

现在你知道这个剧本有多厉害了。

这个脚本是前几天才诞生的，是根据VASP计算同行的需求分享的。可能有一些错误没有及时发现和纠正。如果您在以后的申请中发现任何错误，请给我们反馈(电子邮件:yan60@hotmail.com)，不胜感激。如果声明中有任何错误，请纠正，我们将虚心接受和纠正。

请点击原链接下载脚本。

本文作者是赵老师的学生何。

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