1998年，寿光蔬菜批发市场由蔬菜产业集团有限公司监管，下设五个分公司。1999年3月，海南蔬菜批发中心在寿光蔬菜批发中心成立。此后，海南、广东和广西的辣椒和芸豆，江苏的莲藕，甘肃和四川的小葱，东北和内蒙古的土豆都在寿光收集，并转售到全国各地。国外蔬菜占寿光蔬菜市场份额的30%以上。同年，寿光-哈尔滨、寿光-湛江(海南)相继开业。2007年1月7日和8日，交通部部长李一行前往寿光蔬菜批发市场，就1995年开通“绿色通道”后，三条“绿色通道”的穿越费、过路费以及蔬菜运输商、经销商和生产者是否受益等问题进行了调查，并向部分蔬菜行业人士进行了详细询问。省交通厅厅长周秋田，省公路局局长范，潍坊市委副书记、代市长，寿光市委书记、刘伟，市委副书记等陪同考察。
依靠蔬菜种植的大发展，寿光蔬菜批发市场发展壮大。到2000年，全市共有蔬菜批发交易市场206个，其中寿光蔬菜批发市场年营业额13亿元，成为全国蔬菜集散地、价格形成中心和信息交流中心。2000年，寿光市依托寿光蔬菜批发市场，举办首届中国(寿光)国际蔬菜科技博览会，以展示蔬菜之乡的风采，加强技术交流与合作，营造繁荣的交易环境，倡导绿色市场文明。形成了以蔬菜为媒介，政府搭建平台，经贸唱戏，农民受益的经营方式。美食博览会每年举办一次，到2018年已经连续举办了19届。
2001年，寿光蔬菜批发市场全年上市蔬菜200多个品种，累计销售141亿公斤，其中寿光蔬菜占80%以上，辐射20多个省(市、自治区)，出口日本、韩国、东南亚等10多个国家和地区。2002年8月，寿光蔬菜批发市场建立了基于荷兰花卉流通模式的蔬菜电子拍卖系统，这是我国蔬菜流通模式的一次重大变革。
2003年7月，寿光蔬菜产业集团与深圳市农产品有限公司(股票代码:000061)合作，共同出资1.1亿元(其中深圳6000万元，寿光5028万元)成立山东寿光蔬菜批发市场有限公司，7月18日公司成立。市委书记，市人大常委会副主任黄，市委常委、副市长王茂兴，市委常委、副市长王，市人大常委会副委员长孙作胜出席了签约及揭牌仪式。新成立的山东寿光蔬菜批发市场有限公司，已成为首批151家“全国农业产业化重点龙头企业”、“全国十大蔬菜批发市场”、“农业部指定的中央生鲜农产品批发市场”、“农产品大流通双十大市场”之一。也是全国农产品市场协会副会长单位，银行系统AAA级信用企业。
2005年2月，中国蔬菜市场网成立，进行网上蔬菜交易。截至2008年，全国已设立电子交易分理处10余个，代表处42个，交易覆盖全国各省、市、15个国家，开户5500多个，交易额超过120亿元。
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