重庆市卫生信息中心是直属于重庆市卫生和计划生育委员会的市级卫生专业信息机构，也是西南地区规模较大的综合性医疗卫生专业信息机构，以及国家卫生计生委指定在重庆市唯一的医疗卫生查新咨询服务机构，主要承担重庆市卫生和计划生育委员会电子政务系统的建设和维护，开展全市医疗卫生信息资源整合项目实施、卫生统计直报、卫生政策研究等工作。
重庆市卫生信息中心内设办公室（总编室）、财务科、检验医学传媒部、《重庆医学》编辑部、信息技术部、统计与发展研究部、12320管理科、《现代医药卫生》编辑部等8个部门，拥有完善的现代信息技术手段，具备卫生信息收集、整理、分析、研究、传递和推广的良好服务条件，专业技术力量雄厚。