Cas9首先与crRNA和tracrRNA结合形成复合物，再与PAM序列结合侵入DNA形成RNA-DNA复合物结构，然后切割靶DNA双链使DNA双链断裂，从而达到基因敲除的作用。
本文通过基因工程对crRNA和tracrRNA进行修饰，将它们连接在一起得到sgRNA。融合RNA的活性与野生型RNA相似，但结构简化，更便于研究者广泛使用。通过将最初表达的sgRNA与最初表达的Cas9连接，可以获得表达两者的质粒，并且可以通过将质粒转染到细胞中来操纵靶基因。
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