■2019-09-06 19:55:15整理:吴伟；改版:李继存
GMX将分子间相互作用分为范德瓦尔斯相互作用和库仑相互作用。范德瓦尔斯相互作用是一种短程相互作用，所以大部分能量反映在EVdw-SR中，而长程部分以色散修正的形式反映，即edeisper。-corr. coulomb相互作用，即静电相互作用，是长程相互作用。GMX在处理静电时可以采用两种不同的方法。截断和PME。前者用于孤立的集群系统，后者用于周期系统。如果用截断，库仑相互作用是简单的势之和，分解也很简单。如果使用PME，则截断距离中的短程库仑库仑阻塞比和长程库仑阻塞比。-倒数空中的recip加起来就是整个系统的库仑相互作用。这种方法也可以写成势积累的形式，但是太麻烦了，一般的程序都不会支持，导致无法直接将整个库仑相互作用分解成分子之间的贡献。因此，当用GMX计算两个或多个分子之间的分子间相互作用时，分子之间的范德瓦尔斯相互作用可以直接用能量群函数得到。但是如果用PME，分子间的库仑相互作用只能用相互作用的定义来计算。
理论是这样的，但在实践中，很多时候，我们需要计算的，或者说我们感兴趣的，是孤立分子之间的库仑相互作用，而不是一定浓度的周期盒中这些分子之间的库仑相互作用。所以，在你分解PME的库仑相互作用能之前，想想这是不是你需要的。如果没有，可以使用简单的截断方法，将截断值设置为无穷大，得到结果。
如果你决心分解PME库仑相互作用，继续往下看。
方式
体系中有A和B两种分子，离子和水。应该计算A和B之间的相互作用
1.使用gmx trjconv提取a和b的轨迹
gmx trjconv -f md.xtc -s md.tpr -n -o AB.xtc2.利用GMX重新运行方法，重新运行轨迹，计算AB系统中的相互作用。
首先需要AB系统的AB.tpr文件，所以先提取一个只包含AB分子的帧
gmx trjconv -f md.gro -s md.tpr -n -o AB.gro1.《GROMACS 使用GROMACS计算分子间相互作用》援引自互联网，旨在传递更多网络信息知识，仅代表作者本人观点，与本网站无关，侵删请联系页脚下方联系方式。
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