第一个篇章是大蛇篇，发生在《拳皇94》、《拳皇95》、《拳皇96》、《拳皇97》。
第二个篇章是Nests组织篇，发生在《拳皇99》、《拳皇2000》、《拳皇2001》。
第三个篇章是遥远彼之地篇，发生在《拳皇2003》、《拳皇11》、《拳皇13》、《拳皇14》。
至于上面没有提到的《拳皇98》、《拳皇2002》、《拳皇12》、是没得剧情的。
接下来我们来开启大蛇篇章。
《拳皇94》
世界各地的格斗家都收到一份邀请函，信后的署名是R。
这是一封拳皇大赛的邀请函，格斗家都好斗，遇到这样世界级的比赛，不去肯定会悔恨终身的，于是草薙京、红丸，大门五郎代表日本去参加比赛。
草薙京来到举办拳皇大赛的航母上，比赛一路过关斩将，遇到很多高手，终于快要拿到冠军，见到这次拳皇大赛的邀请人R了。
R是卢卡尔，精通武术，有个怪癖是会将手下败将制作成雕像给来收藏，其中，草薙京的父亲草薙柴舟已经被卢卡尔打败，草薙京对这一切并不知情，而且还赢了卢卡尔。
如果得不到，那就毁掉，卢卡尔输给草薙京后，引爆了航母，当然，只是拳皇大赛的场地没了，格斗家们全部生还，就连卢卡尔也只是下落不明。
《拳皇95》
为了复仇，卢卡尔再次以R的名义，向世界各地的格斗家发送拳皇大赛邀请函，很不幸的是，收到邀请函的美国队，因为不敌八神庵，邀请函被抢走，八神庵与比利和如月一队出场。
3个人原本互不相识，如月是因为和极限流（龙虎之群主角团）的仇恨。
比利是吉斯的手下，所以和特瑞、安迪（饿狼传说主角团）是对立的。
八神庵是想干掉草薙京。
由于拳皇大赛以3人为一组，于是3人联合组队。
《拳皇95》的BOSS是草薙京的父亲草薙柴舟，在《拳皇94》后，卢卡尔想用大蛇之血洗脑草薙柴舟，派手下麦卓和薇丝去监督草薙柴舟，却因为草薙柴舟没有控制好力量，不幸烧伤了薇丝的手
所以在《拳皇98》、《拳皇13》中，薇丝会表现的很憎恨草薙柴舟。
最后草薙京打败了自己父亲，卢卡尔爆发大蛇之血，亲自战斗，但也不敌草薙京和八神庵，卢卡尔想更进一步激活大蛇之血，反而被吞噬自爆。
看到卢卡尔被大蛇之血吞噬后，八神庵说出被反噬的原因，是因为卢卡尔没有继承大蛇的血脉，无法真正的驾驭这力量。
卢卡尔消失后，八神庵觉得比利和如月连累了自己，没有让他有机会和草薙京战斗，于是把比利和如月打伤，八神庵和比利、如月也就接下来仇，也正是因为如此，让比利和如月有了不错的交情。
《拳皇96》
又到了一年一度的拳皇大赛，但这次大赛由神乐一族举办。
神乐千鹤在年幼时，亲眼目睹自己姐姐被高尼茨杀害，世代守护的大蛇封印也被高尼茨解开。
多年后，神乐千鹤为了找到传说中三神器家族后裔，举办了拳皇大赛，草薙京也来参赛了，因为获得了2届拳皇冠军，草薙京已经不再训练，认为自己是无敌的存在，却在参加拳皇大赛前，高尼茨遇到草薙京，草薙京一招被秒。
草薙京备受打击，又开始重新训练，而八神庵和卢卡尔手下麦卓、薇丝组队一起参赛。
在结局中，神乐千鹤遇见草薙京和八神庵，说出来三神器的真相，草薙一族和八神一族，神乐一族是1800年前封印大蛇的守护者。现在大蛇封印被解除，复活大蛇还需要八稚女，所以现在三神器家族必须团结起来，再次封印大蛇。
神乐千鹤也想试试草薙京的实力，想看看草薙京打败卢卡尔是真的有实力，还是因为运气好，草薙京也没让神乐千鹤失望，直接打倒了神乐千鹤。
神乐千鹤看到草薙京有着如此实力，便对草薙京说道，自己是"镜"神器的守护者，负责看护大蛇的封印，现在封印已经被破坏，破坏封印的人比卢卡尔还要强。
高尼茨是夺走卢卡尔一只眼睛，并赐予了卢卡尔大蛇之血的人。
谈话到一半，突然大风席卷而来，神乐千鹤被打成重伤，而打伤她的人正是高尼茨。
高尼茨是大蛇四天王之首，拥有驾驭风的属性，这次来就是来铲除三神器家族。
草薙京看到高尼茨，原来他就是高尼茨，那个在拳皇大赛前几招解决草薙京的人，就是高尼茨。
最后草薙京还是用练出来奥义，打败了高尼茨，高尼茨战败后夸赞了草薙京成长如此之快，并在众人面前自尽。
在八神庵的结局中，八神庵早已知道麦卓和薇丝的身份是大蛇一族，只是不想揭穿，而麦卓和薇丝也并不是卢卡尔的手下，只是高尼茨派去监视卢卡尔获得大蛇之血会变成什么样子，在卢卡尔死后，八神庵成了新的监视目标。
麦卓和薇丝背叛了高尼茨，和八神庵一起打败高尼茨，高尼茨被打败后对着麦卓和薇丝说："你们也离死不远了，快逃命吧。"
麦卓和薇丝只是当这是败者的嘴硬，由于大蛇封印被解除，受到影响的八神庵开始暴走，杀了麦卓和薇丝。
另一个重要人物也在此作登场，就是莉安娜，通过和高尼茨对话，知道了高尼茨是她的灭门仇人，高尼茨告诉莉安娜有大蛇之血，应该和他一起复活大蛇，莉安娜拒绝了。
剧情后面在拉尔夫和克拉克劝导下，莉安娜决定鼓起勇气面对自己的人生。
《拳皇97》
为了复活大蛇，大蛇三人组抢了美国队的邀请函，来参加拳皇大赛，想通过格斗家的力量，来解开大蛇封印。
邀请函总是被抢的美国队
这一届除了大蛇三人组，还有一个山崎龙二，也是继承大蛇之血的人，但没完全觉醒。
在《拳皇97》中，由于大蛇封印彻底解除，八神庵和莉安娜的暴走，后都被制服。
大蛇3人组为了完全复活大蛇，将三神器的草薙京、八神庵、神乐千鹤送到了异次元空间，想要大蛇复活，就还需要一个八稚女中最关键的一个"奇田稻姬"，即草薙京的女友雪。
三人准备去捉，却被三神器阻止，打败大蛇三人组后，三人只好决定以克里斯为载体复活。
一番战斗后，终于大蛇消失了，但大蛇并不会死，只要地球的意志还在，大蛇就会永存，接下来大蛇凭借大蛇之血让八神庵暴走，并操作八神庵，让八神庵杀死草薙京。
不过出乎意料的是，暴走的八神庵直接攻向大蛇。就在此时，八神一族的祖先进入草薙京的精神世界，并告诉了草薙京八神一族血之诅咒的事，在600年前妒忌草薙一族，于是和大蛇签下契约，接受大蛇之血，并改名八神一族，与草薙一族大战了数百年，如今封印大蛇，才能拯救八神一族。
于是草薙京和神乐千鹤一起攻了上去，三神器家族封印了大蛇。产生了大爆炸，草薙京最后想起了自己的女友。爆炸过后，草薙京被Nests组织捉走、八神庵重伤，神乐千鹤被救。
自此大蛇篇落幕，Nests组织篇拉开序幕。
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