expasy 推荐一个蛋白亲疏水性分析工具

氨基酸的疏水性反映了蛋白质的折叠，疏水区出现在潜在的跨膜区，对维持蛋白质的三级结构(如维持生物膜的结构)起重要作用。蛋白质的亲水性/疏水性图谱可以为蛋白质跨膜区的鉴定提供参考。下面是一个绘制蛋白质亲水性和疏水性的在线工具:ProtScale。

网站:

https://web.expasy.org/protscale/

序列输入

它的主页是这样的:

接下来以AQP1蛋白序列为例，看看如何用它来分析蛋白的疏水性。您只需要提供UniProt的登录号或者序列号，就可以直接点击页面上的链接查询Uniport数据库，如下图所示。关于Uniprot的用法，可以参考文章《听说画漂亮的进化树需要了解这两个数据库》。当然也可以直接把蛋白质序列粘贴到序列框中。

参数设置

氨基酸刻度选择默认的hphob。/kyte &: Doolittle，滑动窗口大小为9，线性加权模型，如下图所示。

ProtScale可以计算和显示所选蛋白质的50多个氨基酸尺度的图谱，氨基酸尺度是分配给每个氨基酸的值，如分子量、密码子数量、蓬松度等。最常用的尺度是疏水尺度，主要来源于非极性和极性溶剂中多肽分布的实验数据。

如果对所选的刻度感兴趣，可以点击刻度名称进入详细页面，查看具体氨基酸的刻度值和参考值，如下图所示，其中正氨基酸更疏水，较小的负氨基酸更亲水。

点击提交按钮后，会给出蛋白质的结构注释信息，点击蓝色数字即可选择分析区域，如下图所示。

如果没有选择，默认情况下会分析整个序列。当然你也可以自定义区域，因为滑动窗口的大小是9个氨基酸，也就是下图输入的16-124，点击SUBMIT得到的结果是20-120。

结果分析

在结果页面上，首先，蛋白质序列信息、所选区域中氨基酸序列的长度和滑动窗口的大小如下。

以下是最终结果。图中峰值高(正值)的区域代表疏水区域，负值的区域代表亲水区域。你可以点击下面的链接下载gif和PDF(会自动转换)图片和绘图数据。

保存数据的方法是右键点击对应的网页(如下图)，保存为txt文件。

这里的数据用空隔开，空可以在文本编辑期间用带搜索替换功能的tab“T”替换，直接粘贴到Orgin或Excel中进行自定义绘图。请注意，结果中数据的最小版本更便于绘制。

下图显示了整个蛋白质序列的分析结果，滑动窗口大小分别为9和19。最好用Origin绘制派生数据。当滑动窗选在19时，峰数较少，很明显整个序列有6个峰(疏水区)。

为了进一步确认更准确的区域，你也可以用TMHMM分析跨膜区的预测结果。一般来说，蛋白质的跨膜区是疏水区，膜外部分是亲水区。关于TMHMM的使用教程，请参见如何预测蛋白质的跨膜螺旋。”，为了对比预测结果，在Origin的“Stack”图中显示，如下图所示，说明TMHMM和ProtScale的预测结果非常一致。