哥本哈根大学、丹麦自然历史博物馆和地球遗传学中心的Eske Willerslev教授带领一个团队，从2800年到5000年前的亚洲人和欧洲人的牙齿DNA中找到了最古老的鼠疫耶尔森菌，将这种细菌的起源向前推了2000年。同时，研究人员还发现了导致细菌毒性增加而导致黑死病的遗传变异，表明鼠疫是欧亚大陆人群中的地方病，其发生时间比历史记载的大流行至少早了3000年。
14世纪的黑死病造成数百万人死亡，其病原体是鼠疫耶尔森氏菌，1500年前在古墓中首次发现。
埃斯克·威勒斯列夫和他的同事分析了青铜时代101名亚洲人和欧洲人牙齿的DNA。这些人生活在2800年至5000年前，其中7人发现了鼠疫耶尔森菌DNA。研究人员还确定了导致细菌毒性和鼠疫增加的基因变化序列。此外，DNA分析显示，青铜时代传播了一个类似黑死病毒株的毒株，但只有最近的毒株含有ymt基因，可以帮助耶尔森菌寄生在蚤类内脏。古代的鼠疫耶尔森菌没有寄生跳蚤的能力，鼠疫罕见是有道理的。
研究人员推测，鼠疫耶尔森氏菌在5783年前开始分支，比以前认为的要早2000年。鼠疫耶尔森菌的祖先存在于公元前4000年末，至少在公元前3000年初就在欧亚大陆广泛传播。欧亚大陆人口的鼠疫流行比历史记载至少早3000年。
但由于缺乏关键致病基因，不像后来引起三次流行的鼠疫耶尔森菌菌株，这些古老的菌株很可能无法引起黑死病，只能引起肺鼠疫和败血症鼠疫，这可能是公元前4000年底至公元前3000年初人口减少的原因之一。
最近的古基因组学研究证实，在青铜时代，欧亚大陆发生了大规模的人口迁移和变化，伴随着深刻的社会和经济变革。根据Willerslev教授的研究，鼠疫的爆发可能与这些人口统计学事件有关，要么是鼠疫推动了人口流动，要么是人口流动带来了鼠疫。
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