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截至2013年12月，学校拥有10所二级学院和43个专业
>。>。>。科研平台
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学校拥有教育发展文化研究中心、机电研究所等科研机构，隶属于牡丹江地区文化研究会，并参与成立牡丹江极地艺术研究会。
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截至2013年12月，学校拥有中央支持的重点建设专业2个，省政府支持的重点建设专业6个，省级精品课程5门。校内实验室和实训基地104个，校外实训基地125个。机电一体化、动画设计制作、计算机信息安全存储被教育部确定为国家骨干教师培训基地。
学生在杭州国际动漫节、第十三届全国高校机器人大赛、全国3D数字创新大赛、首届全国速度记录技能大赛、省物流技能大赛、首届省动画设计大赛、省大学生计算机应用作品大赛等国家和省技能大赛中获得75项大奖。大型文化活动获奖17项。2007年，牡丹江大学10个项目被评为黑龙江省教育厅财政支持项目。
中央政府支持重点建设专业
机电一体化技术，动画设计制作
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