【excel怎么存为cvs】r语言rownames函数错误报告：生信差异分析DEG错误报告

这篇文章很长，所以记录了问题发生的过程，请耐心查看。

这种问题是百度长期没有详细教程做的。

[一个]

报告以下错误，你一定很困惑。

[01] rownames(设计)=colnames (mrnadata)

error in dim names(x)-dn : ' dim names '的长度[1]应等于显示范围

错误01

[02]row . names(Mr nadata)-Mr nadata[，1]

Errorin.rowname SDF-(x，value=value) :不允许重复的“row.names”

此外， Warning message:

non-unique values when setting ' row . names ' : ' matr 3 '、' pin x1 '、' sigle C5 '、' tmsb 15b '

错误02

[03]rownames(mrn adata)-mrn adata[，1]

Errorin.rowname SDF-(x，value=value):“row . names”不允许缺少值

错误03

[二]

一般的生日分析步骤如下。

数据库下载数据整理【ID转换、GTF文件过滤所需基因等】差异分析DEG差异分析可视化【PCA、盒子图、火山图、热度图】……。] 各种操作。

不巧今天又碰到钉子了。

DEG分析时发现一般代码无法执行。

group _ list=if else(substr(colnames(mrn adata)，14，15)) 10、' tumor '，' normal ')

design-model . matrix(~ 0 factor(group _ list))

colnames(design)=levels(factor(group _ list))

Rownames(设计)=colnames (mrnadata)

Design

rownames(design)=colnames(Mr nadata):[此代码执行错误]

image.png

以为正在运行的代码有问题，与其他代码相比大同小异。

那就是数据处理有问题。

请仔细比较自己的数据和教程数据。

教程插图如下：

image.png

自己的照片如下。

image.png

你看到区别了吗？区别在于红色正方形部分。

找问题很简单。

Row.names (mrnadata)-mrnadata [，1]

mRNAdata <- mRNAdata[, -1]

再次报错：

image.png

这里是需要去除重复值吗？：

#去除重复着代码： index <- duplicated(d$gene_name) table(index) d <- d[!index,] rownames(d) <- d$gene_name d$gene_name <- NULL #或者这样的代码： mRNAdata=distinct(d,gene_name,.keep_all = T)

可是还是报错。

回到点，我们是要干嘛？把gene_name变成行名。
以前使用代码时候没有出错。

难道是DEG分析包错误？我一般习惯用limma包。没办法，换成了熟悉的DESeq包。再次分析。

rm(list = ls()) load("mRNA_ex;) res <- results(dds, tidy=TRUE) #获取结果 res <- as_tibble(res) require(dplyr) res <- res %>% separate(row,c("symbol","ensemble","genetype"),sep = " \\| ") %>% dplyr::select(- c(ensemble,genetype)) %>% arrange(desc(abs(log2FoldChange))) %>% #排序。为了去重 distinct(symbol,.keep_all = TRUE) %>% arrange(desc(log2FoldChange))#再次按照log2FoldChange从大到小排序 save(res,file = "re;) res

然而，还是出问题了。每次都是在【把gene_name变成行名。】这个地方出问题。

看来跟包没关系。
图片展示：

这里同样的，需要把symbol变成行名

查看此处错误，再次百度。

row.names(res) <- res[, 1] Error in `.rowNamesDF<-`(x, value = value) : 'row.names'的长度不对 此外: Warning message: Setting row names on a tibble is deprecated.

image.png

【三】

tibble is deprecated. 这是个啥？百度。
离真相越来越近了，自己却浑然不知。
百度看了几个答案后，大概明白了，是tidyverse这个包出问题了。查看
这个网址，原来是开发包的人在搞事情。他把这个包的部分功能给GG了。

事已至此，找到真凶。可是既然不能用，怎么才能实现我们想要的功能呢？

再次百度。某乎有个回答。大概内容就是，先将数据保存为“.CVS”格式，然后Excel打开，然后借助Excel的功能，直接将“symbol”设置成行名。
。

数据稍小可以，大数据的时候崩了怎么办？
还得R出手吧！

再次百度寻求答案。
里面有答案。
最终解决方法如下：【需手动设置】

rownames(res)=as.vector(res[,1]))

image.png

自己把res$symbol这一行去掉就行了。
需要注意的是，res$symbol这一行由数据框格式变为：

class(res$symbol) [1] "character"

image.png

---

【03】rownames(mRNAdata)<- mRNAdata[,1]
Error in .rowNamesDF<-(x, value = value) : 'row.names'里不允许有遗漏值

错误03

这个解决办法：

#这里报错，有遗漏值。因此进行一下操作。 sum(mRNAdata$gene_name)) which(mRNAdata$gene_name)) mRNAdata<-mRNAdata[-203,] sum(mRNAdata$gene_name))

image.png

大功告成。

【四】

总结一下：
由于包的缘故，导致rownames调用失败。所以这个地方报错。其实仔细观察报错截图，每次都有rownames他的身影。

gene_name有时候会出现NA。需要去除后再分析。

温馨提示：表达矩阵的第一列是样品还是基因名，如果第一列是基因名，要把第一列设置成为行名，不然只有的差异分析会出错。

因此，学会了吗？解决不容易，请点赞，收藏，评论等，文明三连，拒绝白嫖。