火山图 几行R语言代码即可绘制火山图？

火山地图

火山图常用来表现显著不同基因的表达，包含了两个重要信息:显著性和差异性。显著性是指p值小于0.05，差异常用FoldChange值>:=2作为筛选标准。

那么如何理解火山地图所包含的信息呢？首先我们需要知道火山图横坐标通常用log2表示，差异较大的基因分布在两端，纵坐标用-log10表示，t检验显著性p的负对数，p值越小越显著。所以-log10换算后，换算值越大，差异越显著。通常差异倍数越大，基因T检验越显著，所以左上角和右上角的数值一直是我们关注的。

如何画火山地图求建议？

肖睿今天将介绍如何用R语言绘制火山地图。

1.加载数据

temp <。- read.table

头部

>。检查基因表达数据，包括P值和倍值。出于火山地图显示的需要，时间值由Log2转换。

2.画火山地图

2.1火山地图的主要版本

库

p<。-ggplot)+xlab+ylab+

geom_point

p

2.2火山地图的高级版本

为了方便直观地显示基因表达的上调和下调，我们设置了筛选阈值，并相应地设置了点的颜色。

这里我们设置p : 0向上，p

temp $阈值 = "向上"

temp $阈值 = "向下"

temp $阈值 = "非"

p<。-ggplot，color = threshold))+xlab+ylab+

geom_point+

scale _ color _ manual) #设置点的颜色

p

这样画的火山图是不是更直观美观？最后，我们来润色一下细节。

2.3终极版火山地图

调整图片细节，移除背景并增加火山地图的面积线:

库

p<。-ggplot，color = threshold))+xlab+ylab+

geom_point+

scale_color_manual) +

geom _ hline)，colour = " grey "，size = 1.2，线型= 2)+#添加水平间隔线

geom _ vline，colour = " grey "，size = 1.2，线型= 2)+#添加垂直间距线

主题_恐惧+主题) #移除网格背景和标题标签

p

掌握几行代码，轻松绘制火山地图！

赶紧行动，画出自己的火山地图！

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谭迪供稿