蛋白质三级结构 整套蛋白生信分析高级篇：三级结构及功能预测

通过前面的研究，我们对SagA蛋白的同源序列、结构和功能有了一定的了解。我们能不忍心做实验吗？放心吧，我们再进一步分析，让论文内容更丰富，画面更美观，预测功能更精准，我们一定会痛打那些刻薄的审稿人！

1.PDB三维结构检索

网站:https://www.rcsb.org/.我们以前向你介绍过这个数据库。可以参考蛋白质结构研究的介绍。你(我)都知道吗？；源自35分自然分题两个网站，全面实用！；如何查询蛋白质数据库的所有信息

该三维结构图可用于与其他功能相关蛋白的三维对比，也可用于后期的分子对接。三维结构图可以在几分钟内让文章变高。

一般来说，保守氨基酸越高，越有可能是功能位点，其突变对功能的影响越大；结合口袋是指蛋白质与其他分子相互作用的区域，应该包含功能位点，这对我们做分子对接非常重要。如上所述，我们可以看到SagA的第488位氨基酸His是高度保守的，其突变对功能的影响很大，所以我们推测它是蛋白质作用的关键位点，这与文献报道是一致的，所以如果你以后想成为功能缺失蛋白，突变这一点是可以的。

这里发现了两个可能的结合位点。我们来看第一个，它位于氨基酸149的位置，也显示了蛋白质中的三维图形。

3.三大功能图书馆札记

我相信三个数据库(KEGG/COG/EggNOG)的功能注释对于做组学分析的同学来说是比较熟悉的。你没看错，单个蛋白质也可以做功能注释。说到底，这三个功能数据库是很多蛋白质功能的集合，只要我们能从其中检索到自己的蛋白质，就能发现它们的功能。

3.1 https://www.genome.jp/tools/kaas/电力公司

搜索界面:

结果分为三个部分。

cog.txt

cog-class.txt

cog.raw

3.3蛋酒http://eggnogdb.embl.de/#/app/emapper

结果只有一个文件，非常简洁。也提示SagA具有水解肽聚糖的功能。

通常在做功能标注的时候三个数据库一起使用，使得结果更加准确全面。

总结:蛋白质信息的分析通常涉及同源序列的查询和比较(基础部分)。蛋白质的一级结构包括信号肽、跨膜片段、保守结构域分析(高级部分)、蛋白质的三级结构和功能分析(高级部分)。全部干货都发给你了。赶紧上手。送什么样的张文要看怎么做实验，做一些体外验证会得2-4分。也有可能把CNS发好。请参考这两份文件:PMID: 31297099(微生物学前沿)和PMID: 27708039(科学)。