bow 短序列比对好帮手---Bowite的使用

前面

在两个问题中，我们介绍了短序列比对软件bwa和SOAPaligner在微生物测序分析中的应用。本期，我们将介绍另一个常用的短序列比对软件蝴蝶结。Bowtie是一种超快速的短序列比对工具，内存消耗少，比对结果可以方便地应用于后续的一系列分析。目前软件有bowtie1和bowite2两个版本，其中bowite2的使用最为广泛。

01

Bowtie1和Bowtie2的主要区别

A) Bowtie1出现较早，所以对50bp以下的序列测序效果较好，而bowtie2主要针对50bp以上的序列测序。

b)领结2支撑对齐空

c)蝴蝶结2支持局部对齐或整体对齐

d)领结2对最长序列没有要求，但领结1最长不能超过1000bp

02

安装软件

a)安装蝴蝶结2

下载:http://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/;例如bowtie2-2.1.0-source.

编译:解压下载的文件，让终端解压后进入一个目录，比如bowtie2-2.1.0，运行“make”。如果编译时没有异常，编译后单独运行:chmod 777 bowtie2和。/蝴蝶结2；如果没有问题，会出现bowtie2的使用信息

添加环境变量:查找隐藏文件”。profile "或类似文件，并在该文件后添加PATH，如:export PATH = $ PATH:/home/lib/program files/bow tie 2-2 . 1 . 0/

# #将安装路径添加到此处的路径中；最后，注销或运行源代码。/profile，这样bowtie2。0可以在任何当前目录中使用。

b)安装蝴蝶结1

下载:http://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/;例如领结-1-0.0-src.

安装和bowtie2一样，最后环境变量可以用对应的路径替换；

03

bowtie1的使用

A.构建参考文件(GENOME.fa):

bow tie-build GENOME . fa GENOME . fa；构建数据库可能需要几个小时，建议在后台执行(nohup bow tie-buildgenome . fagenome . fa &:).

B.用法示例:

bow tie-f-a-m 20-v 1-al Reads _ aligned-un Reads _ unaligned-norc GENOME . fa Reads . fa Reads . bwt 2 & gt；日志

-f指定查询文件采用fasta格式

-a保留所有比较结果

-m指定基因组比对的最大数量

-v最大允许不匹配数为[0-2]

- al可以映射到GENOME的读数，fasta格式

-无法映射到fasta格式的GENOME的读数

- norc不输出与负链匹配的结果；如果不想输出匹配到正链的结果，请使用“- nofw”。如果未指定此选项，将输出正链和负链结果

依次编写GENOME索引文件、Reads文件、输出结果文件Reads.bwt和日志文件。

04

bowtie2的使用

a

A.build index:bow tie 2-build genome . fasta参考数据库索引

B.用法:bow tie 2[选项] *-x

示例:bow tie 2-x index-1示例sample2.r1.fq.gz，示例2 . R1 . FQ . gz-2示例sample2.r2.fq.gz，示例2.r2.fq.gz-ssample.sam-q

C.所需参数:

-x <。bt2-idx>。bowtie2-build生成的索引文件的前缀。首先在当前目录中搜索，然后在环境变量BOWTIE2_INDEXES中设置的文件夹中搜索。

-1 <。m1>。对应双端测序的文献1。它可以是用逗号分隔的多个文件；多个文件必须匹配-2

-2 <。m2>。双端测序对应于文件2。

-U & lt；r>。非双端排序对应文件。它可以是由逗号分隔的多个文件。序列文件中的读取长度可以不同。

-S & lt；点击。以SAM格式生成的文件前缀。默认为输入到标准输出。

更多参数:http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml

05

比较结果文件格式描述

输出结果为SAM格式，如下图所示。详细的格式描述，请参考之前的问题。

领结官方文件:

http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml

谢云基因微生物研究室宋德强供稿

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