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做科研的小伙伴或多或少都熟悉DNA甲基化，R语言复杂的代码和报错往往会让小伙伴怒砸键盘！今天，边肖将分享一个人工制品，让你轻松分析甲基化数据。当然，如果有朋友对甲基化概念不太了解，可以在文末手工查看！
首先还是在首页~依次有四个菜单:搜索、分析、浏览器、数据下载！
我们先看检索方法，有三种:基因检索、疾病检索、高级检索。
在基因搜索中直接输入基因名称，点击“搜索”。
在结果中，我们可以检查每个癌症物种中相同基因的病例组和对照组之间的甲基化平均水平的差异。
单击查看概况，查看基因序列和基因序列上的CpG、脱氧核糖核酸酶和转录因子的分布
在下拉页面，可以增加或减少样本，隐藏CpG、DNase、TFBS。
基因搜索的另一种方式是基因位点搜索，即输入起始位点和终止位点。
第二种检索方法是疾病检索。我们检查胃癌，输入“TP53基因”，点击提交。
我们可以检查胃癌和对照组之间TP53基因表达的差异。
另外，输出的是甲基化差异的热图。
第三种检索方式是高级检索，相当于更精细的检索条件。
分析之前需要设置参数，比如“胃癌”“TP53”，以及平台选择的450K芯片。其他参数都是默认的，也可以根据实际情况进行更改。然后点击“分析”。
跳转到页面后，检查甲基化位点，点击“分析”。
继续点击“分析”。
看看能做什么分析~差异分析，疾病基因关系，甲基化热图，生存分析，功能注释。
看下图，比较直观明显~
点击生存分析选项，提交后即可获得胃癌中TP53基因表达差异的生存曲线
跳转界面，大家应该都很熟悉吧~DAVID，可以参考之前的推文:DAVID & amp；Metascape:一个专注于基因功能注释和富集途径分析的网站
点击“卸载浏览器”加载之前分析过的界面。
下拉后可以在这里添加样品~
最后是DiseaseMeth数据库的下载功能，很酷。数据来自TCGA，GEO等数据库，下载起来很人性化。
对于疾病数据库的使用，用下图总结一下~
DNA甲基化是DNA甲基转移酶家族的酶催化的共价化学修饰，介导甲基(CH3)基团加到胞嘧啶的第五个碳上。DNA甲基化通常发生在称为CpG岛的区域。许多研究表明，DNA甲基化可以引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性以及DNA与蛋白质相互作用的改变，从而控制基因表达。许多研究报道，许多肿瘤抑制基因在癌症预防中起着关键作用(DNA修复、细胞粘附、细胞周期控制和凋亡)，并且它们在致癌过程中被其启动子的甲基化所沉默。
参考文献
1.《meth DiseaseMeth 2.0：给你一个甲基化分析神器，让你和R“Say Goodbye”!》援引自互联网，旨在传递更多网络信息知识，仅代表作者本人观点，与本网站无关，侵删请联系页脚下方联系方式。
2.《meth DiseaseMeth 2.0：给你一个甲基化分析神器，让你和R“Say Goodbye”!》仅供读者参考，本网站未对该内容进行证实，对其原创性、真实性、完整性、及时性不作任何保证。
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