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途径富集分析

近几十年来，系统生物学逐渐进入研究者的视野，重点研究细胞信号转导、基因调控网络和生物系统组成。多组学联合分析可以从外到内分析直接原因和根本原因，深入解释机理。在多组学的联合应用中，最终要解决功能注释和途径富集分析，其中基于途径富集分析的图形显示丰富多样，通过这种分析可以找到与研究相关的途径和关键基因/代谢产物，用于后续的数据挖掘。

富集分析的软件很多。本文主要介绍集群Profiler，它是一个专门用于GO、KEGG和GSEA浓缩分析的R包。我们以代谢组学数据分析为例，分析KEGG途径富集。

安装:

bio manager::install

负载:

库

Enricher是用于计算富集度的函数，其基本参数如下:基因指用于富集的差异代谢物ID；TERM2GENE是2列数据框，第一列是ko01230等途径ID，第二列是标注到该途径的代谢物ID，这个数据是背景集，即包含所有途径标注的代谢物。TERM2NAME也是2列数据框，第一列是路径ID，第二列是路径的具体名称。其他参数可参考官方文件。

查看输入

头部

# KEGG_ID代谢物_ID

#1 ko01230 meta4

#2 ko01230 meta20

#3 ko01230 meta23

标题

# KEEG_ID KEGG_name

#1 ko00010糖酵解/糖异生

#2 ko00020柠檬酸循环

head

#“元10”“元1017”“元1020”“元1024”“元1031”“元1034”

富集分析

#要显示所有结果，请将p值设置为1

充实<。-enricher

#查看浓缩结果

因为该软件最初用于基因分析，一些列名显示基因

head

绘制柱形图

条形图

富集分析是多组学联合分析的基础。基于此，白脉克可以实现三组学之间的联合分析，一键绘制高质量的图片。

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代谢物、基因和菌群的相关热图

*是p

代谢物、基因和菌群的关联网络图

线条颜色表示正相关和负相关，线条粗细表示相关强度

代谢物、基因和菌群之间的共同国家评估图

基因、菌群和起源之间的联系以及代谢物组成的夹角表明了它们之间的相关性