msld 官宣 | Discovery Studio 2020 新功能揭秘~

与Discovery Studio 2019相比，Discovery Studio 2020在产品性能上做了一系列改进，增加了新的功能。这些功能进一步拓展了研究热点，如具有明确膜结构的跨膜蛋白的分子动力学和抗体药物性质的评价。

新的功能包括分子动力学(模拟)、药效团、蛋白质加工(大分子)、抗体设计(抗体)、受体-配体相互作用和毒性预测(TOPKAT)，这些功能都得到了更新和改进。

分子动力

仿真

新的多位点lambda动力学方法(msld)用于计算大型通用库分子的相对结合自由能，从而更好地优化先导化合物的筛选。

图1:用MSLD方法计算组合库中分子的相对结合自由能

新显式膜结构跨膜蛋白的分子动力学计算。提供各种类型的磷脂膜结构，支持定制膜类型；

图2:POPC显性膜中的溶剂化hERG离子通道

优化了分子动力学的计算步骤，每个计算步骤都可以通过作业提交系统进行分配；

将QM/mm升级到64位可执行程序。

药效团

药效团

添加整体药效团生成:从一组活性配体生成一组具有共同特征的药效团。使用2D指纹对活性配体进行聚类。对于每个聚类，从聚类中心选择5个配体，然后利用共同特征药效团算法创建药效团；

新的相互作用药效团生成:由受体-配体复合物的非键相互作用生成药效团模型；

图3:基于受体-配体非键相互作用的药效团模型

优化了三维QSAR药效团生成的验证方法。

更新了PharmaDB数据库，容量达到253，818个药效团模型。

蛋白质处理

大分子

优化Prepare Proteins模块:可以同时处理多个蛋白质分子，并增加并行计算，提高计算效率；

添加分析蛋白质界面的相邻距离截止参数，该参数用于确定两个氨基酸残基是否相邻。

抗体设计

抗体

抗体粘度和蛋白质溶解度的新计算；

优化抗体人源化计算的预测人源化突变模块的参数，可以同时定制重链(H)和轻链(L)的V基因和J基因；

用于计算聚集的工具面板被重命名为预测蛋白质配方属性。

分子对接

受体-配体相互作用

gold接口支持最新版本的GOLD程序，可以实现共价对接功能；

新核酸分子和配体分子的2D相互作用图:

优化了非键相互作用中配体疏水相互作用的定义方法。

毒性预测

计算机辅助毒性预测

增加了解释TOPKAT计算结果的内容，有助于更好的理解毒性预测(TOPKAT)和毒性预测(Extensible)的计算结果。

新操作教程

探索工作室2020

向跨膜蛋白添加显性膜结构:“向跨膜蛋白添加显性膜结构”

使用多位点λ动力学计算相对结合自由能:“MSLD计算相对结合自由能”教程

从大数据集生成整体药效团:“从一组活性配体生成一组具有共同特征的药效团”

从蛋白质-配体复合物产生相互作用药效团:“通过受体-配体相互作用产生药效团模型”

程序版本和库更新

探索工作室2020

支持管道试验2020

Charmm版本更新为c43b2

将modeler版本更新为v9.22

将dmol3版本更新到v2020

将blast+版本更新到v2.9

抗体模板库更新至2019年7月

客户端可以再次下载中断的作业

支持

探索工作室2020

客户端/服务器操作系统

完整的Discovery Studio系统需求，请参考创腾科技官网(www.neotrident.com)的咨询动态

增加了对OpenSSL1.1.1c的支持

增加了对SLURM的支持